比较值得注意的任务之一是于 1944 年 3 月 9 日对圣彼得堡附近卡西莫夫机场的袭击，及于 1944 年 3 月 22 日对位于 Petsnajoki 之 Aerosan 基地的袭击。在苏联的第四次战略攻势作战期间，整个轰炸机团都参与了防卫作战。在天候许可下，所有的飞机每天不分昼夜的飞行好几次的任务。在拉普兰战争期间，第 44 中队隶属于 Lentoryhmä Sarko（当时为对抗德军），而 Ju 88 被用于侦察和轰炸双方面。目标大多为车辆纵队。同时也对挪威北部进行了侦察飞行。最后一次战争任务是在 1945 年 4 月 4 日飞行的。
在战后，芬兰被禁用有机内弹舱之轰炸机。因此，芬兰的 Ju 88 飞机被用于训练直到 1948 年。在后续年间飞机陆续被报废。没有一架芬兰 Ju 88 被留存下来，但在中部芬兰航空博物馆有一具引擎供展示，及在凡塔（Vantaa）的芬兰航空博物馆有保存一具德制 Ju 88 座舱盖的框架。
芬兰航空博物馆所保存之 Ju 88 后座舱盖结构
衍生型
Ju 88A
装有 Jumo 211 引擎的主要轰炸机机型。
Ju 88A-0
预产型机。
Ju 88A-1
最初生产衍生型。配有 895 千瓦 （1,200 马力） Jumo 211B-1 引擎。
Ju 88A-2
Jumo 211G-1 引擎。
Ju 88A-3
转换教练机。双重操控系统。
Ju 88A-4
改良衍生型。长翼展。修改新型投弹装备以制进一A-15“特殊”轰炸机衍生型。RLM 因木制弹舱“突起”导致阻力过大进而使速度减缓而拒绝准予量产。
Ju 88B
装有全新全面“无接缝”玻璃乘员舱机鼻的原型机，被发展为 Ju 188。
Ju 88B-0
装有“平顺无棱”全玻璃机鼻的十架预产型机。
Ju 88C
驱逐机、战斗轰炸机及夜间战斗机，以 A 系列为基础，但装有金属面机鼻。
Ju 88C-1
计划之战斗机衍生型，以 BMW 801MA 引擎为动力。未被建造。
Ju 88C-2
最初量产衍生型。
Ju 88C-4
重型战斗机、侦察机衍生型。
Ju 88C-5
改良之重型战斗机衍生型。
Ju 88C-6a
Ju-88C-5 之改良衍生型。
Ju 88C-6b
夜间战斗机衍生型。
Ju 88C-6c
夜间战斗机衍生型。
Ju 88C-7a
入侵者衍生型。
Ju 88C-7b
入侵者衍生型。
Ju 88C-7c
重型战斗机衍生型。
Ju 88D
长程照相侦察机衍生型，以 Ju 88A-4 为基础。
Ju 88D-1
长程照相侦察机衍生型。
Ju 88D-2
Ju 88D-3
Ju 88D-4
Ju 88D-5
Ju 88G
夜间战斗机、新机身、尾部来自 Ju 188、可选装斜乐。
Ju 88H
长程照相侦察机、战斗机衍生型，以加长之 Ju 88G 系列机身为基础。
Ju 88H-1
长程照相侦察机衍生型。
Ju 88H-2
战斗机衍生型。
Ju-88H-3
长程照相侦察机衍生型。
Ju-88H-4
战斗机衍生型。
Ju 88P
反坦克与反轰炸机衍生型装有单管 Bordkanone 系列 50 或 75 毫米或是双管 37 毫米机炮，小量系列，为 A- 系列轰炸机所改装。
Ju 88P-1
装有一 75 毫米 PaK 40 加农炮之反坦克衍生型。
Ju 88P-2
Ju 88P-4
Ju 88R
装有 BMW 801 引擎之 C 系列夜间战斗机。
Ju 88S
以 Ju 88A-4 为基础之高速轰炸机但拆除了下腹 Bola 吊舱，有平顺机鼻和 GM-1 氧化亚氮加力器，是所有衍生型中最高速的。
Ju 88S-0
装有两具 BMW801D 引擎，一挺 13mm 机背机枪及 14 枚 SD65 （65 公斤/ 143 磅）炸弹。
Ju 88S-1
装有两具 BMW801G 引擎、GM-1 加力系统，且能携带两枚 SD1000 1,000 公斤炸弹与机身外部。
Ju 88S-2
装有两具涡轮增压之 BMW801TJ 引擎，如同用于 Ju 88A-15 上之木制弹舱延伸部。
Ju 88S-3
装有两具 1,671 千瓦 （2,240 马力）Juma 213A 引擎及 GM-1 加力系统。
Ju 88T
S 系列之三座照相侦察机版本。
Ju 88T-1
以 Ju 88S-1 为基础但炸弹舱装有 GM-1 油箱之附加燃料。
Ju 88T-3
以 Ju-88S-3 为基础。
使用国家
芬兰
芬兰空军接收了 24 架 Ju 88A-4 机。
芬兰空军所用的 Ju 88 A-4，芬军赋予 Ju 88 的飞机代号为 JK
法国
法国空军使用过从土鲁斯修理场所俘获的飞机，及其它由英美所俘获而转交给法国的飞机。
英国
使用过被俘获的飞机。
苏联
使用过被俘获的飞机。
西班牙
西班牙空军购买了十架飞机，并将战争期间所扣留的 15 架用于服役。
幸存机
大约还有 14 架飞机留存着，虽然其中许多只比从坠机现场所搜集的残骸堆略胜一筹。近年来从坠机地点的水下寻获一些还算完整的机体，这些飞机有些正在进行修复以供静态展览，像是在挪威的 WNr.0881203 与 WNr.088119。
Ju 88 D-1/Trop，Werk Nr. 430650
服役于罗马尼亚空军之长程照相侦察机，展示于俄亥俄州戴顿之美国空军国家博物馆。在 1943 年 7 月 22 日，一位想叛逃至英国的罗马尼亚飞行员将它飞至塞普勒斯岛。它被名为 Baksheesh，随后被交给美国空军，美国将它飞越南大西洋至莱特机场供检查及试飞。该机于 1946 年被储藏于亚利桑那州。它在 1960 年被运往博物馆。该机目前被整修成原本形式罗马尼亚军事涂装。该机展示在博物馆之空权画廊。
保在于亚利桑那州之被名为 Baksheesh 的 Ju 88 D-1/Trop，其涂装并非正确的纳粹空军式样
Ju 88 R-1，Werk Nr. 360043