V./KG40（于 1943 年被重新命名为第 1 驱逐机联队第一大队）的飞机对反潜艇飞机是个严重的威胁，并担任较易受攻击的福克.伍尔夫 Fw 200 兀鹰轰炸机的护航战斗机。在 1942 年 7 月到 1944 年 7 月之间，KG40 和 ZG1 的 Ju 88 机群取得 109 次确认的空战胜绩，本身损失 117 架。它们最后于 1944 年 6 月被布署对付盟军的诺曼底登陆，在 1944 年 8 月 5 日被解编前，遭到严重的损失却鲜有战果。
重型战斗机与夜间战斗机
Ju 88C
Ju 88C 原本想藉在机鼻加上固定前向发射的机枪做为夜间战斗机及重型战斗机，同时仍保留 A- 系列轰炸机的某些携带炸弹能力。它在稍后被用做为夜间战斗，这也成为 Ju 88C 的主要角色。
Ju 88C 的第一种夜间战斗机版本是 C-2，其为根据 A-1 并在新的金属机鼻装备有 20 毫米 MG FF 机炮及三挺 7.92 毫米 MG 17 机枪。这些范例进入 KG30 的驱逐机中队服役，而该单位于 1940 年 7 月被更名为 II./NJG 1。
C-6b 版本是配备了 FuG 202 光石 BC 低 UHF 频空用拦载雷达的 C-6 驱逐机。最初四架的 C-6b 在 1942 年早期于 NJG1 中接受测试。试飞很成功并且下达了飞机进入量产的命令。1943 年 10 月，许多 C-6b 机型被升级为新的雷达系统。最初的新雷达设备是 FuG 212 光石 C-1，后于 1944 年被 FuG 220 光石 SN-2 取代。
少量 C- 系列战斗机将它们的新型全金属机鼻特别漆成类似 A 系列轰炸机之“昆虫复眼”多面透明视野机鼻玻璃，想欺骗盟军飞行员误认它为轰炸机型，“这种不寻常的“伪装”尝试真的在一开始造成一些盟军的空战损失。
Ju 88R
Ju 88R 系列夜间战斗机基本上是 Ju 88C-6b 版本而以 BMW 801 星型引擎为动力。R-1 装有 1,560 匹马力的 BMW 801L 而 R-2 装有 1,700 匹马力的 BMW 801 G-2 引擎。
于 1945 年 5 月在哥本哈根遭英军俘获的一架 Ju 88 R-1 夜间战斗机，天线显示装备了比 1943 年叛逃的 Ju 88 R-1 要新的光石后期型雷达
Werknummer 360043 的叛逃
R-1 系列最早进入服役飞机中的一架（Werknummer 360043）涉及一件纳粹空军所遇最重大的叛逃。在 1943 年 5 月 9 日，这架驻防于挪威 10./NJG3 的夜间战斗机连同全体机组和全套机上电子设备，飞到戴斯机场（现在的苏格兰阿伯丁机场）。喷火式战机为它末段航程护航之事实，指出对它的到来是有准备的。它立刻被转至范保罗（Farnborough）机场，接受了皇家空军的标记（PJ876）并被详尽加以测试。这架被保存下来的飞机目前在皇家空军博物馆展出。纳粹空军一直到下个月的英国广播中，才得知这次的叛逃。
从挪威叛逃至苏格兰的 Ju 88 R-1 夜间战斗机，现存于皇家空军博物馆
Ju 88G
在此之前的所有 Ju 88 夜间战斗机版本，都是用修改的 A 系列机体。G 系列机体是为夜间战斗机需求而特地建造的。G-1 机配备有 Ju 188 之加大方形直立舵尾部单元，更具威力的武装及 1,700 匹马力 BMW 801 G-2 星形引擎加上额外的 FuG 350 纳克索斯（Naxos）或 Fug 227 弗棱斯堡（Flensburg）制导装置以及当时标准的 FuG 220 光石 SN-2 90 MHz VHF 雷达。
G-6 版本配备了 1,750 匹马力的 Jumo 213A 直列 V12 引擎，加大的油箱以及常配有一或两挺的斜乐（Schräge Musik 爵士乐的俚语）装置 MG 151/20 机炮。机炮从上机身斜向朝上和朝前发射-通常是以 70 度角。
装于 Ju 88 机背部的斜乐双管机炮
有些最后的 G 系列机型接受更新了引擎，一具高高度 Jumo 213E 或是雷达，FuG 218 海神（NeptunV/R）或甚至更新型以中空磁控管为基础的 FuG 240 柏林 N-1，30 兆赫波段（厘米波）雷达。在欧战胜利日前大约只完成 10-20 架。
许多纳粹空军夜战王牌，像兰特（Helmut Lent，110 次胜绩）及威廷根斯坦（Heinrich von und zu Sayn-Wittgenstein，87 次胜绩）在他们的生涯期间都飞过Ju 88。
日本海军订购了以中型轰炸机为基础之反潜巡逻/护航舰队飞机的规格。九州岛公司依照 Ju 88 紧密翻造了九州 Q1W 东海（盟军代号“Lorna”）反潜巡逻/舰队护航机。
被美军缴获的九州 Q1W 东海
作战史
波兰战役
只有 12 架的 Ju 88 参与了波兰行动。试验航空团（Ekdo）单位负责新的轰炸机设计及它们的组员在敌对状况下的测试。他们选定了 12 架飞机及其组员并将他们配属给第 25 轰炸机联队第 1 中队。由于作战次数很少，该机型没造成什么影响。
挪威之战
纳粹空军为了威塞尔演习作战，于第十航空军下投入第 30 轰炸机联队第二大队参战。该单位配备有 Ju 88 飞机并以和盟军航运交战为其主要目标。在 1940 年 4 月 9 日，KG30 的 Ju 88 协同 KG26 的高空水平轰炸之亨克尔 He 111 机群进行俯冲轰炸并协助击伤战斗舰罗德尼号（HMS Rodney）及击沉了驱逐舰挝卡号（HMS Gurkha）。然而该单位在行动中损失了四架 Ju 88，是整场战役中最高单次战斗损失。
法国之战
1940 年时的一架 Ju 88A
纳粹空军在对法国的战斗中投入了除第一航空军外的所有 Ju 88。混编的轰炸机单位包括 51 轰炸机联队的 Ju 88（受第三航空队指挥）在 1940 年 5 月 10-13 日间宣称将 233 到 248 架之间的盟军飞机毁于地面。Ju 88 飞机在俯冲轰炸上特别有效。在 5 月 13-24 日之间，I.与 II./KG54 对铁路系统飞了 174 次出击，瘫痪了法国的后勤与机动力。在 1940 年 6 月 17 日，容克斯 Ju 88 在圣纳哂（Saint-Nazaire）外海摧毁了一艘万吨轮，16 ,243 吨的兰卡斯崔亚号（Lancastria），杀死近 5,800 名盟军人员。约有 133 架的 Ju 88 机被投入闪电战中，然而极高的战斗损失与意外迫使他们快速撒出行动，以保存机组人员来飞这种很高性能的飞机。有些机组人员据报害怕 Ju 88 更甚于敌人，并要求转调到 He 111 单位。至此，A-1 型暴露的重大缺陷导致一系列的重新设计。结果是从翼尖算起被加长至 20.08 米（65 英尺 10 英寸半）的翼展，进一步诞生了A-5。存活下来的 A-1 机则被依照 A-5 规格的新机翼，尽可能快的加以修改。