不列颠之战
至 1940 年 8 月正值战斗激化之际，A-1 机与 A- 5 机被交至作战部队。不列颠之战经证明代价甚巨。Ju 88 较快的速度没能防止它们的损失超越同僚的道尼尔 Do 17 与亨克尔 He 111，尽管部署数量要比前两者为少。在 1940 年 7 至 10 月之间，在英国上空损失的 Ju 88 高达 313 架。同时期的 Do 17 与 He 111 损失分别高达 132 架及 252 架遭摧毁。为使其较不易遭攻击而做出一系列的野战套件来，包括后机枪更换成双管机枪，及外加的驾驶舱装甲。
在不列颠之战的尾声期间，旗舰型的 Ju 88 A-4 进入服役。虽然比 A-1 要慢，但是所有 A-1 上的困扰都被改掉了，Ju 88 终于成熟化为一架一流战机。A-4 实际上受到额外的改进，包括更强力的引擎，然而不像纳粹空军中的其它飞机，它没有接到新的机型代号变动。Ju 88C 也受惠于来自 A-4 的变动，而在纳粹空军终于决定要一种新的重型战斗机时，Ju 88C 就是一架强力的、精炼过的飞机。
东线
1942 年夏，在 Ju 88A 旁小憩的德军组员
到 1941 年夏季，大多数装备道尼尔 Do 17 的单位都升级至 Ju 88。除了少数例外，大部份的德国轰炸机单位如今都飞 He 111 与 Ju 88。Ju 88 经证明是一种对于在东线纳粹空军非常能干且重要的资产。Ju 88 单位立即获致成功，从低高度攻击敌方机场与阵地，造成巨大的损失却只付出轻微代价。第 3 轰炸机联队第 3 中队在 1941 年 6 月 22 日清晨攻击了白俄罗斯的平斯克（Pinsk）机场。它逮到并宣称摧毁地面的 60 架苏联轰炸机。苏联 SAD 第 10 师的第 39 SBAP 团实际损失了 43 架图波列夫 SB 和五架贝里亚科夫 Pe-2。来自 51 轰炸机联队的 Ju 88 在派出 80 架 Ju 88 攻击机场后，摧毁了超过 100 架飞机。一般而言苏联飞机未被疏散而纳粹空军发现它们成轻易的靶子。一份来自苏联第 12 装甲军团第 23 坦克师的报告，报称于 6 月 22 日遭到 Ju 88 的低空攻击，造成 40 辆坦克的损失。然而 Ju 88 即将遭受稳定的消耗性损失。在 1941 年 6 月 22 日的 04:15，III./KG 51 攻击了在库洛维斯塔的机场。尽管摧毁了 34 架贝里亚科夫 Pe-2，但 Ju 88 机群受到 66 架 I-153 的拦截，在德国战斗机护航赶到对付威胁前，六架 Ju 88 被击落。在战役首日的结尾，Ju 88 的损失高达 23 架遭摧毁。由于缺乏足够数量的 Ju 87 斯图卡，Ju 88 被当成直接地面支持角色使用。这造成遭到来自地面炮火的严重损失。第 1 轰炸机联队、76 轰炸机联队和 77 轰炸机联队据报于 6 月 23 日在敌方领域上空损失了 18 架 Ju 88。KG76 和 KG77 又报告进一步损失了四架 Ju 88，这其中有 12 架是百分之百的被毁。
在北面，红军北部方面军团在地面受到 KG1 之 Ju 88 所造成的 465 架飞机损失，其中 148 架为轰炸机。还有 33 架受创。北部方面军军于 6 月 22 日所布署之总计 1,720 架飞机中，损失了 890 架，后续的八天内又有 187 架在战斗中受创。在 Ju 88 单位协助下，几乎全歼了北方地区的苏联空中兵力。
Ju 88 再度的展现了它俯冲轰炸的能力。连同来自 KG55 的 He 111 机群，来自 KG51 和 KG54 的 Ju 88 机群在 7 月 1 日摧毁了近 220 辆卡车与 40 辆坦克，协助驱退了苏联南部方面军的攻势。Ju 88 在该区域的遮断任务期间，摧毁了大部份的铁路连系，让坦克大队能保持其推进步伐。
1941 年 9 月 25 日飞行于东线上空的 Ju 88A
爱沙尼亚冲突时期于波罗的海诸国作战的 Ju 88 单位，运用在挪威、法国与英国所使用的相同俯冲轰炸战术，对苏联航运造成严重的损失。KGr806 于 1941 年 8 月 8 日在陶林港（Tallin）的罗克沙湾中击沉苏联驱逐舰卡尔马克斯号（Karl Marx）。于 8 月 28 日在 KG77 与 KGr806 击沉 2,026 吨的蒸汽轮维若尼亚号（Vironia）、2,317 吨之卢瑟尼号（Lucerne）、1,423 吨之阿提斯克容瓦德号（ Artis Kronvalds）及破冰舰克利斯扬尼斯瓦德玛斯（Krisjanis Valdemars）号（2,250 吨）时，Ju 8 8获得更多成功。苏联舰队的剩余舰只被迫改变航线。这让它们陷入了密布的雷区。结果 21 艘苏联战舰、包括五艘驱逐舰，触雷并沉没。在 8 月 29 日，Ju 88 造成运输船 Vtoraya Pyatiletka （3,974 吨）, Kalpaks （2,190 吨）和Leningradsovet （1,270吨）沉没。此外，Ivan Papanin、Saule、Kazakhstan 与 Serp i Molot 等舰只受创。约有 5,000 苏联士兵丧生。
芬兰空军
在 1943 年早期，正当芬兰对抗苏联在打后续战争之时，芬兰空军向德国购买了 24 架 Ju 88 飞机。飞机于四月转交给第 44 中队。第 44 中队先前曾经装备布利斯托的布莱翰机，但是这些被另行转移给第 42 队。由于 Ju 88 的复杂性，1943 年的大部份被用于训练机组人员，只进行了少许轰炸任务。最值得注意的是 1943 年 8 月 20 日对勒托游击队村落的袭击（全中队都参与），及对拉凡沙里（Lavansaari）机场的袭击（导致七架 Ju 88 因在严苛天候中迫降而受损）。在 1943 年夏季里，芬兰人注意到机翼上的应力损伤。这是在飞机用于俯冲轰炸中而发生的。限制紧接而来：俯冲减速板被拆除，而飞机只能以 45 度角度俯冲（相较于先前之以 60-80 度角）。他们试图藉此方式，让飞机免受不必要的磨耗。