Ju 86 的研发
1932 年，德国空军决定了未来“中型轰炸机”的发展方针，并发往各主要飞机制造公司。到 1934 年初，德国空军对中型轰炸机作出了一些基本的要求：在装载 1000kg 炸弹时，作战半径 450km。首要的性能要求是飞行速度和载弹量，自卫武备和航程居于其次。最后，容克斯公司的 Ju 86 中选，同时入选的还有亨克尔公司的 He 111 以及道尼尔公司的 Do 17。
1934 年春，容克斯公司获得了制造 5 架 Ju 86a 原型机的合同——包括了军用和民用型号。在恩斯特•辛德尔（设计组主管）和他的代表赫尔曼•鲍尔曼的指导下，不到 5 个月时间容克斯的工程师们就设计、制造了第一架 Ju 86a 原型机。随后指定设计号为 V1，于 1934 年 11 月 4 日在德绍完成了首飞。由于计划中的 Jumo 205 柴油发动机还不能马上投入使用，改用两台西门子 SAM 22 发动机进行驱动。到了 1936 年 3 月，所有的 5 架第一批原型机都进行了试飞。和 Do 17 及 He 111 一样，第一批原型机同时进行了包括轰炸机和民航机的测试。
首架原型机 Ju 86V1。无线电呼号 D-AHEH。刚出厂状态，涂装尚未完成
Ju 86 原型机概况
Ju 86 客机三面图
早期 Ju 86 的军用型号
1934 年 4 月，Ju 86 的全尺寸模型完工，随后帝国航空部（RLM）对其进行了评估，并批准了这个设计方案。这时第一架原型机已经开始制造。
无武装的 Ju 86V1 原型机
经过一段短时间的工厂发展阶段之后，Ju 86 带着它独特的起落架与竞争者 He 111 一起，在 1935 年 7 月来到了位于雷赫林的空军试飞基地。最早生产的无武装 Ju 86V1 在第一次试飞中，暴露了相当多的问题，最主要的是它对操作的反应相当迟钝。另外跟 He 111 一样，当飞机进入失速姿态时，由于其机翼尖锐的前缘以及梯形的设计，Ju 86 的机翼有失速的趋向。这个现象在其他国家也非常普遍，是因为设计师错误计算了具有尖锐前缘的梯形或椭圆形机翼的外部截面的升力分布。在进行了更多彻底的空气动力学研究后，设计师们使用扭转的梯形设计，成功地避免了外部截面附近过早的气流分离，以及由此而来的机翼失速。Ju 86V1 的原型机试飞于 1935 年 10 月结束。
应用的翼型扭转设计的 Ju 86 机翼，目的是延迟翼尖失速
Ju 86 的机翼油箱
随后第一架原型机接受了一些改装后，在外观上可以看到一些明显的变化：安装了一个半遮蔽的背脊枪塔（B 型平台）和一个可收回的腹部枪塔（C 型平台，有时也称作“垃圾桶”）。从 1 月 6 日开始，以这架原型机作为试飞平台，对两台 Jumo 206 发动机进行了评估。
Jumo 205 柴油发动机
第二架军用原型机是 Ju 86 V3，有一个玻璃窗机鼻，在该位置上有一挺穿透安装的 MG 15 机枪，动力装置是两台大黄蜂 350 发动机。1936 年夏在进行工厂试飞。9 月开始在雷赫林进行试飞。 1936 年 11 月，由于沿着机翼的铆钉间出现了裂纹，这架原型机被送回容克斯工厂进行维修。这架原型机随后在容克斯工厂使用了一段时间，对机尾的操纵舵面进行试飞后被送回了雷赫林。原型机的机首布置都以 Ju 86V3 为标准。在进行了 233 小时的试飞后，这架原型机由于未知原因坠毁。
飞行中的 Ju 86A-1，注意机腹的伸缩炮塔
1936 年 3 月，第三架军用原型机 Ju 86V5 也做好了飞行的准备。该机不但是 7 架预生产型机的第一架，而且还是将要进行大批量生产的 A-1 型机的第一架原型机。该机由两台 Jumo 205 柴油机驱动。
1935 年末，容克斯公司开始制造预生产系列（V5 至 V11），其中生产号为 6002 的飞机被编号为 Ju 86V6。1936 年 3 月18日，Ju 86V6（登记号 D-ANAY）完成了首飞。为了改善稳定性，Ju 86V6（A-0）安装了超出机身末端整流罩，向外伸展 42 厘米的尾鳍。此外该机在雷赫林还作为发动机和起落架试验的试飞平台。1936 年 1 月 22 日由于右侧发动机连杆断裂引起的发动机失火，V6 被迫进行了一次应急着陆，使其退出试飞直至 9 月初修复完毕。
Ju 86V3 引入的机鼻机枪
接下来的原型机是一架引导机 Ju 86V7（A-0），该机装备了增强的无线电通讯系统，并增加了额外的乘员，以进行大编队轰炸机群的控制。Ju 86 V8（生产号 6004，D-AVEE）在 A-0 预生产系列之后推出，并于 1936 年 5 月飞往雷赫林进行进一步的试飞。
Ju 86V9（生产号 6003）是一架 A-0 型机，是作为“专用摄影机”而设计的，使用 Jumo 205C 发动机。这种飞机的发展计划早在 1935 年就开始了，容克斯公司在 12 月完成了原型机的制造。1936年夏由汉莎航空公司在柏林附近的斯塔肯进行使用。
接下来的是 V10（生产号 6006），由两台 Jumo 205C 发动机驱动，在随后的一段时间里，被用来当作自动驾驶仪的试飞平台。Ju 86V11（生产号 6007）是为了即将到来的 A-1 系列而制造的改进型原型机，借鉴了从 Ju 86V5 获得的经验。
1936 年春 Ju 86A-1 系列开始交付。几个星期之后第一架飞机交付给了 KG152“兴登堡”联队。尽管采用了改进设计的机翼，部队反映该机横滚稳定性仍然感觉不尽人意。
1937 年初 KG 235 的 Ju 86 三机编队
4 架 A-1 原型机经受了试飞的考验，第一架是 Ju 86V12（生产号 0055），安装了两台 BMW 132F（稍后为 BMW 132FD）星形发动机。这些原型机的试飞从 1936 年 10 月在雷赫林开始。接下来的原型机 Ju 86V13（生产号 0052）是生产型的前奏，也安装了 BMW 132F 发动机。V14 也是同样的结构，于 1937 年 5 月完成了试飞。第四架 A-1 原型机是生产号 0099，用来试飞 Jumo 207C 发动机，大约在 1936 年底开始进行试飞。