随着“大黄蜂”服役经验的积累，也出现了无法预料的问题。“大黄蜂”在高迎角飞行时边条拉出的强力涡流冲击垂尾，导致垂尾出现疲劳裂缝。1984 年末 F/A-18 机队停飞等待问题的解决，麦道为此设计了改装套件，包括安装在垂尾根部的 10.16 厘米长的钢制加强片，并使用加强型整流罩取代了垂尾根部的非结构性整流罩，后来又在边条上方安装了翼刀，使涡流方向偏离垂尾，这样飞行员就不必冒着损坏垂尾的风险进行大迎角飞行了。
1985 年 2 月—8 月，美国海军的“大黄蜂”中队进行了首次战斗巡航，“星座”号航母搭载 VFA-25 和 VFA-113 中队在西太平洋和印度洋进行了巡航。这次巡航证明了“大黄蜂”是一种维护量比 F-14A 和 A-6E 都少的可靠飞机，任务出动率达 89%。
接下来 VFA-131、VFA-132 和 VMFA-314、VMFA-323 作为 CVW-13 联队的一部分由“珊瑚海”号航母搭载进行了第二次巡航，编队预定前往大西洋和地中海，但是由于 1986 年利比亚危机的爆发，“珊瑚海”号前往利比亚外海。F/A-18 从“珊瑚海”号上起飞执行战斗空中巡逻任务以保护航母舰队免遭利比亚飞机的攻击。“大黄蜂”频繁被呼叫去拦截前来骚扰的 MiG-23、MiG-25、Su-22 和幻影 F.1，经常贴近对手，随时准备予以击落。
1986 年 3 月 24-25 日的“草原烈火”行动中，“大黄蜂”首次参战，执行了数次舰至岸的空袭，轰炸了威胁舰队的利比亚岸上军事设施。在行动中“大黄蜂”攻击了苏尔特的 SA-5 导弹阵地，这是“大黄蜂”的首次实战亮相，也是 AGM-88A HARM 反辐射导弹的首次实战使用。“大黄蜂”在恶劣天气中以浪尖高度进行了攻击，并安全返回。
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Armstrong
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1986 年 4 月 15 日“黄金峡谷”行动展开，美国空海军联合轰炸了的黎波里和班加西周围的目标。“大黄蜂”与 A-7E 从航母起飞编队使用 HARM 导弹攻击了利比亚的萨姆导弹阵地，数枚 SA-2 朝“大黄蜂”发射，但都没有命中。“大黄蜂”再一次全身而退。
1985 年 9 月美国海军首个后备中队装备了“大黄蜂”，这是加州勒莫尔航空站的 VF-303“金鹰”中队。
1986 年 9 月 23 日美国海军接收了首架 F/A-18C，由中国湖海军武器中心进行试飞。
1987 年 5 月 15 日第 500 架“大黄蜂”交付南卡州波弗特陆战队航空站的 VMFA-145。1989 年首批 F/A-18A 中队开始换装 F/A-18C，他们是 VFA-25“舰队之拳”和 VFA-113“毒刺”。
1989 年 11 月 1 日首架夜攻型 F/A-18C（BuNo 163985）交付帕图森河海军试飞中心。
1991 年海湾战争中，美国海军和陆战队 190 架“大黄蜂”参战，其中 106 架部署在航母上，陆战队有 84 架部署在岸基基地。战争中一架“大黄蜂”被击落，两架损失于事故，3 架 F/A-18 被红外地空导弹击伤，但都返回航母和基地，维修后继续参战，显示了该机的抗损能力。“大黄蜂”在战争中执行了 6 种任务——舰队防空、敌防空火力压制（SEAD）、遮断、自护航、进攻性和防御性制空、近距支援。在典型的 SEAD 任务中，“大黄蜂”挂载两个副油箱，两枚 AGM-88A HARM 反辐射导弹，两枚 AIM-7“麻雀”导弹，以及两枚 AIM-9“响尾蛇”导弹。遮断任务的典型挂载是 3 枚 MK 20“石眼”集束炸弹，两个副油箱，两枚 AIM-7 和两枚 AIM-9。在攻击“蚕”式反舰导弹阵地时，“大黄蜂”挂载 AGM-142“白星眼”、SLAM 导弹、以及 Mk 80 系列通用炸弹。
两架 F/A-18C 获得了空空战果，1991 年 1 月 17 日“沙漠风暴”行动第一日，从“萨拉托加”号航母上起飞 4 架 VFA-81“阳光”中队的 F/A-18C 战斗机编队正在执行第二波攻击。当地时间下午 14:00，正飞到沙特伊拉克边境以北 40 英里时，他们接到 VAW-125“虎尾”中队 E-2C 预警机的通报：发现附近有一架伊拉克空军的米格-21。
F-18 编队如下：
比尔“蛆”麦基中校（VFA-81 的主任参谋）编队长机 尼克拉斯“蒙古人”蒙吉洛上尉（VFA-81 飞行员） 查克“巨人”奥斯本少校（VFA-83 作战军官） 马克·厄比“MRT”福克斯少校（VFA-81 作战军官）
当时编队中马克·福克斯少校正驾驶 AA401/163508 F/A-18C，福克斯中校当时已拥有 2,700 个 A-7 和 F/A-18 飞行小时，其中包括 100 战斗小时。编队中其他 F/A-18C 的外挂武器为一个机腹副油箱、3 枚 Mk 84 炸弹、两枚 AIM-9M 空空导弹、一个 ALQ-167 吊舱；福克斯则挂了 4 枚 Mk 84 炸弹。F/A-18C 编队附近还有一架 VF-103 的 F-14，挂载 TARPS 吊舱进行武装侦察。