F-35B 的喷流热量带来严重的烧灼问题
F-35B 的另一个问题是辅助进气门的损坏。在使用升力风扇时，升力风扇门打开，升力风扇工作，位置稍后的辅助进气门也打开，帮助发动机进气。在垂直模式时，升力风扇门全开；速度在 120 节（222 千米/小时）以下的低速模式时，机翼开始产生升力，升力风扇出力降低，升力风扇门打开至 65 度；速度更高时，打开至 35 度，直至不再需要升力风扇的助力，完全关闭。问题是，在低速模式时，辅助进气门受到的风压太大，造成损坏。改进办法是在 165 节（约 306 千米/小时）以下保持升力风扇门全开，为辅助进气门挡一下。但这样阻力大增，升力风扇门本身也需要加强。更大的问题在于发动机机框的疲劳损坏，可能来自于垂直状态喷管偏转的额外应力。在盖茨讲话中，机体的重新设计估计包括这个问题。F-35B 的机体重新设计已经不是第一次了。由于结构超重和升力风扇占用机体容积的缘故，F-35B 的机内武器舱已经被迫缩小，只能挂载 2 枚 1,000（约 454 千克）磅炸弹，而不是 F-35A 和 C 的 2 枚 2,000 磅（约 907 千克）炸弹。
F-35B 机背的升力风扇门与辅助进气口
问题在于 F-35B 的这些重新设计不可避免地要导致增重，而 F-35B 最怕的就是增重。美国的航空发动机工业是世界上最先进的，普拉特惠特尼在已经领先世界的 F119 发动机基础上，进一步“榨”出了推力更大的 F135，还研制成功了变态的升力风扇传动机构，但这对美国也是极限了，进一步增加出力已经不大可能。另一方面，F-35B 的着舰重量必须满足至少两枚 1,000 磅炸弹和两枚空空导弹的重量，加上最低限度的机内燃油量。在设计之初，F-35B 的空重为 1,3484 千克，基本和 F-35A 的空重相当，加上升力加升力-推力的动力配置，具有很大的重量余量。但是在设计过程中，空重逐步增加，最后超过了 F135 的直接升力能抬起的重量，只好继续修改，直到现在的 14,500 千克，但这是在海军陆战队被迫降低最低机内燃油量的限度后才做到的。现在 F-35B 再次面临增重，而 F135 发动机增推已经不行了，而且可能因为喷口重新设计而损失一些推力。英国皇家海军早就预计到 F-35B 可能会有着舰重量问题，已经在着手用短滑跑着陆解决这个问题。英国正在建造的“伊丽莎白女王”级航母在设计的时候就为弹射起飞、拦阻索降落预留了空间，所以有斜角甲板，F-35B 短滑跑着陆问题不大。美国海军的平甲板两栖舰艇都是直通甲板，要是不影响连续出动的话，没有短滑跑的空间，这个问题最后怎么收场还不知道。
F-135 是美国航空发动机工业变态实力的体现，但这对美国也是极限了，再要大幅度榨出更大的推力实在是勉为其难了
F-35B 本来是计划于 2012 年先于 A 型和 C 型首先交付使用的，现在被迫推到最后交付使用。F-35B 需要至少 40 次成功的上舰测试，才算达到可以交付使用的状态，现在连一次实际上舰都没有做过，最早要到 2011 年 10-11 月才可能开始。盖茨已经判了 F-35B 两年缓刑，如果在两年内还是不能解决主要技术问题，F-35B 就可能面临下马的悲剧。F-35A 和 C 的试飞也有问题，跨音速和中等迎角机动飞行出现问题，加力燃烧也有不稳定的问题。这还没有算入软件研发中的巨大问题，头盔瞄准具是 F-35 武器系统的重要部分，但在软件整合上出现了大问题。在最理想的情况下，F-35 家族也要到 2016 年才能完成系统研发和示范阶段，2017 年开始初始部署和验收。由于 F-35 计划的延迟，美国已经增购 45 架 F-18E/F，对 150 架 F-18C/D 延寿，所有 F-35 的初期制造被大大放慢，仅以不致关闭生产线为目的。原计划 2016 年前订购 446 架 F-35B，现在决定最多 124 架。
美国海军陆战队对 F-35B 寄予厚望。虽然现役的 F-18C/D 已经老化，还是顶着不肯采购 F-18E/F。在美国海军强烈要求海军陆战队采购 EF-18G 专用电子战飞机的时候，海军陆战队也依然坚持用并不适合电子战的 F-35B 承担。在美国海军建议海军陆战队将部分 F-35B 换成 F-35C，以和航母上的海军 F-35C 中队共型的时候，海军陆战队同样坚持清一色 F-35B。美国海军陆战队很清楚，F-35B 是一个 F-35A 和 F-35C 之间的夹缝型号，要是采购量降低，单价将剧增，将严重威胁 F-35B 的生存。但 F-35B 的研发问题已经严重推高单价，单价问题威胁生存，F-35B 已经陷入了一个死循环。据美国《航空周刊与空间技术》2010 年12 月 16 日报道，F-35B 的计划单价已经上涨到 1.094 亿，但首批单价实际上是 1.617 亿，这都是不包括单价 3,800 万美元的 F135 发动机和升力风扇（F-35A 和 C 的常规 F135 单价为 1,900 万美元）的洛克希德的价格。盖茨命令的设计改进只能进一步推高单价。除了美国海军陆战队，英国皇家海军本来打算用 F-35B 装备“伊丽莎白女王”级航母，但 2010 年 10 月，卡梅伦政府宣布，订单将转为 F-35C。英国将为此改装“伊丽莎白女王”级，增装弹射系统。意大利海军本来打算跟随英国，用 F-35B 换装“加里波地”和“加富尔”级航母上的“鹞”式，现在也犹豫了。国外订单的消失将进一步推高 F-35B 的单价，增加 F-35B 的生存压力。如果 F-35B 最后取消，美国海军陆战队将面临及其尴尬的地位，即使换装 F-35C 或者 F-18E，也将失去“鹞”式所代表的 STOVL 能力，“鹞”式的退役不能再推迟了。这将使海军陆战队的有机空中力量的概念陷入困境。联系到盖茨砍掉了 EFV 两栖战车计划，美国海军陆战队的转型或许是更大的问题，但这是另一个话题了。