雅克-36 虽然首飞成功，但是仍然暴露出了很多问题。首先就是在垂直起降时机体下方的气流控制。飞机在悬停的时候，高温的气体从发动机喷口喷出，到达地面后便向外扩散。这样就在机体下方形成了一个显著的低压区。这个低压区会把飞机牢牢“吸住”，即所谓的 suck down 效应，实际上这也是雅克-36 首次试飞时没能起飞的原因。而且更糟的是这个低压区极不稳定，在机体运动或有空气流动的情况下都会造成压力突变，最终造成飞机失控。要解决这个问题，首先需要对喷出的气体流向进行计算。并实行有效的控制和修正，尽量使气流在到达地面时不向外扩散而是向机腹聚拢，以再次会合上升来弥补因此所产生的低压区，这就是“喷泉效应”。不过进行这部分工作需要很长的时间。
还有一个问题就是从地面返回的高温气流有可能再次被进气道吸入，造成发动机推力损失，经过实验表明，这一问题在高度 1.5 米时至少造成发动机推力减少了 800 磅。为了解决高温气流再次被吸入的问题，雅克福列夫的设计者们在机首的空气进气口下面增设了一个很大的可折叠板，该折叠板在飞机起飞的时候打开以防止排出的空气被发动机再次吸入。
试飞中的雅克-36，这是证明猪也能飞的最好证据
从这个角度可以清楚的看到雅克-36 自行车式起落架和升力发动机喷口，以及……猪的大鼻孔
同样是由于喷流的影响，平尾区的流场非常复杂，平尾所在的位置有强烈的气流下洗，而气流到了平尾上方又变成了侧上洗。所以雅克-36 将平尾改成了下反式，利用有利的侧上洗增加平尾效率，同时为了避免喷流对尾翼的干扰，以及在较低速度下平尾仍能提供操纵力矩，雅克-36 还改动了平尾位置。
雅克-36 和美国 X-14 遇上共同的问题是：为了确保垂直升力的作用点在机体重心附近，发动机必须尽量往前安装，这样就需要一个长长的后机身来平衡发动机的重量，后机身有一个显著的“阶梯”形，大大增加气动阻力，全机布置也极不平衡。
为了提高反作用姿态控制喷口的效率，设计者们还把喷口改在了两翼的翼尖，机体后端以及机首长杆的尖端四个离重心较远的位置。西方情报机关一开始对机头长杆的作用十分困惑，有人甚至开玩笑地说，这该不是苏联恢复了海军在风帆时代的冲撞战术，要用这杆“长枪”把敌机捅下来吧？
机头、机尾和翼尖有姿态控制喷嘴，其中机头的姿态控制喷嘴在延长杆的顶端，从这个角度看，雅克-36 像不像被砍去后腿的青蛙？
虽然进行了上述的几点改进，但是雅克-36 的飞行仍然不是一件容易的事情。1963 年 1 月 19 日的最初飞行仅在离地面 1~2 米的高度向前飞行了 40 米，整个飞行过程不过几十秒。后来试飞员尤里•加鲁那耶夫也在不断摸索和适应，飞行时间不断加长。终于在 1963 年 9 月 16 日成功地完成了从垂直起飞到水平巡航的首次转换飞行。
不过在 1974 年 7 月 16 日，尤里•加鲁那耶夫试飞卡-22 大型运输直升机的时候，由于飞机坠毁而受到重伤，所以雅克-36 的下一步试飞只能由巴莱第姆夫来接替了。
幸运的是雅克-36 一直没发生什么重大的事故，最严重的一次也不过是在 1966 年时由于液压系统出现故障而造成辅助起落架损坏。
1966 年秋，布莱第姆夫驾驶着雅克-36 在政府要员面前进行了表演飞行，1967 年 7 月 9 日，布莱第姆夫再次在莫斯科附近的特莫代托堡机场的航空展览会上进行了公开飞行。飞机在垂直起飞后，于 40 米高度处悬停，并转换到水平前进飞行，然后围绕机场盘旋，在空中停止进行了机体 180 度回转，垂直着陆。展示结束后，北约为这架神奇的，灵活自如的新飞机取名为“自由画”。
那次展览会上只有两架机首号码分别为 37 和 38 的雅克-36 出场。而另外的机首编号为 36 的 3 号机在中央航空力学研究所内用于静力试验而摧毁了，1 号机则在莫斯科莫尼诺航空博物馆展出（它现在的机头编号为 36）。
雅克-36 三视图
不幸的命运
由于苏联政府对于雅克及其垂直起降飞机一直漫不经心，所以雅克-36 的进展非常缓慢。但是 10 年前曾令雅克夫列夫震惊的英国，现在已经远远走在了他的前面。早在那次航空展的 3 年前，英国垂直起降战斗机 就开始正式立项，1 号机（XP381）在 1960 年 8 月 17 日完成总装，1961 年 9 月 12 日进行了首次成功的推力转换飞行。然而这时雅克夫列夫还没有回到莫斯科。
P.1127 的 2 号机（XP386）于 1961 年 7 月完成，12 月 14 日因为操纵系统故障坠毁．而改进工作也在紧锣密鼓的进行着。随后，该机转为英、德、美三国合作，测试工作也在飞速的进展。1965 年 P.1127 正式决定装备，并被命名为“鹞”GR.1。
其他各国的脚步也从未停滞。1963 年 5 月，西德的 高速垂直起降歼击机验证机进行了首次公开飞行。1965 年 10 月进行了转换过渡飞行并取得了成功。这种飞机翼尖装有两台可以进行 90 度转动的 RR RB145 型发动机，垂直起飞的时候发动机竖起来以提供动力，而水平飞行的时候发动机则将该发动机放倒以提供飞行的推力。
西德 VAK 191B 垂直起降战斗机 1 号原型机
1967 年 11 月，二次大战曾经闻名遐迩的道尼尔公司开发的 垂直起降战术运输机进行了首次转换飞行，该机装备有 8 台 RB.162 型发动机以提供动力。
1971 年 9 月 10 日，西德的 VAK 191B 垂直起降战斗机进行了首飞。这种飞机在技术上已经非常成熟，甚至已经进入了装备论证阶段。但是西德对此不感兴趣，该机计划随之终止。
雅克夫列夫不愿意落在世界的后面，不过其实更令雅克夫列夫难受的是它的老对头米高扬，在二次世界大战间米格设计局就承揽了设计高档战斗机的任务，采用了雅克福列夫想用而不能用的大马力优质发动机，但是他自信自己的设计比米格好。然而战后，米高扬在米格-21/23 基础上发展起来的 和 （MiG-23PD）垂直起降战斗机先后试飞成功。所以虽然雅克-36 是作为验证机而制造的，但雅克设计局也希望能够把它当作战斗机来使用。但遗憾的是所装备的 R-27-300 发动机推力不足，燃料装载量小，而且其中大部分都在垂直起降时消耗掉了。因此雅克-36 的航程只有可怜的 300 海里，载重不过 600 磅，根本不能当作战斗机来使用。尽管苏联曾在航展上为雅克-36 象征性地安装过武器，但想使之实用化却根本不可能。