更换了“北河二”的 BQ-7 恢复执行任务，首次袭击目标是赫里戈兰岛（Heligoland），但再一次出师不利，其中一架无人机的飞行员跳伞后降落伞没有打开坠地身亡，无人机完成了飞到赫里戈兰岛的全程，撞向在偏离目标 91 米处，可能摧毁了一门高射炮。下一次任务是袭击德国海德-赫明斯德特（Heide-Hemmingstedt）的目标。第一架无人机由于传输回控制机电视监视器的图像畸变，引起操纵员迷失方向而撞在了目标不远处，第二架无人机发生故障不得不在海上迫降。
10 月再一次对赫里戈兰岛发动袭击，但战果甚微：一架无人机被高炮击落，另一架失去控制，燃料耗尽后一头扎进北海，第三架无人机由于能见度低而丢失目标，气恼的操纵员索性操纵这架无人机朝柏林的方向飞去。只有第四架无人机撞在目标附近，并造成了严重的破坏和人员伤亡。
10 月 27 日，美国驻欧战略航空军总部认为 BQ-7 不适于攻击点状硬目标，于是将 BQ-7 的目标设定为德国大城市的工业目标。12 月 5 日，BQ-7 开始了一系列的对工业目标的袭击，首先是汉诺威（Hannover）西部的铁路码头堆场。由于天气糟糕，第一架无人机无法找到主要目标，在飞往次要目标的途中被高炮击落。第二架无人机撞向目标后却没有爆炸，使德国人获得了一架相对完整的飞行炸弹和整套遥控操纵系统。最后一次阿芙罗狄蒂任务是在 1945 年 1 月 20 日对奥尔登堡（Oldenberg）的一个发电厂的袭击，两架无人机都偏离目标几公里。在这次最后的努力之后，阿芙罗狄蒂行动因难于实施而终止。
现在回顾起来，阿芙罗狄蒂计划是一个代价昂贵的失败行动，并且志愿飞行员面临相当的危险。1944 年的科技水平还不足以支持电视制导的需要。
C-108
二战期间有一些 B-17 经过改装执行货物、燃料、要员运输等任务。其中 XC-108 是 1943 年间为麦克阿瑟.道格拉斯将军特别改装的一架 B-17E（序列号 41-2593）运输机。除了保留机鼻和尾部的机枪外，拆除了所有防护装甲和军械。机身两侧加装舷窗，内部装修成了麦克阿瑟的飞行办公室，并有完善的起居和厨房设施。后机身安装了可放下的舱门，背后装有台阶。
XC-108“巴丹”
YC-108 是使用一架 B-17F-40-VE 42-6036 改装的要员运输机，与麦克阿瑟的 XC-108 相似。
XC-108A 是 1944 年 3 月在帕特森（Patterson）机场将 B-17E 41-2595 改装的货机，这次改装作为一个寻求将老旧轰炸机改装成货机可行性计划的组成部分。所有的军械和军事设备被拆除，后机身安装了很大的货舱门方便货物进出。原先的内部布局都重新来过，无线电员和领航员的位置前移到飞行员后方，封住了腹部炸弹舱门，并将炸弹舱和后方的无线电报员舱打通，这样驾驶舱后方就形成了一个贯通的空间。机鼻经过重新设计，通过铰链连接在机身上，驾驶舱前的空间可以装人载货，人员可以通过驾驶舱下方的入口进入，货物可以通过打开的机鼻装入。
XC-108A
这架 XC-108A 派往印度飞驼峰航线，但是作为运输机来说不是很成功，XC-108A 的发动机在印度酷热的气候下持续不断地发生故障，日后再也没有飞行堡垒改装成货机。
XC-108B 是由一架 B-17F 42-30190 改装的燃料运输机，用于研究将轰炸机改装成飞驼峰航线的燃料运输机的可行性。这架飞机的所有防护装甲和军械被拆除，机身内安装了额外的油箱。
还有一些 B-17 被改装成 CB-17 和 VB-17 要员运输机。
B-17G 于 1943 年 7 月开始投产的，是飞行堡垒家族中数量最多的成员。B-17G 最显著的外形特征就是下颚增加了本迪克斯动力炮塔，内置两挺 12.7 毫米机枪，这个炮塔是 YB-40 留下的遗迹。波音原本打算将引入本迪克斯颚部炮塔的型号作为 B-17F 的 135 批次，但由于改动较大而赋予新的改型字母——B-17G，于是 B-17F-135-BO 成为了 B-17G-1-BO。
德国上空的 B-17G，弹舱已打开准备投弹
G 型后腰机枪窗口改为封闭舷窗，机枪通过下方的开口进行射击，使炮手免受风吹之苦。B-17F 后期型引入的颊部机枪窗口继续沿用在 G 型上，颊部机枪窗口是为改善前机身两侧机枪前向射界而设置的，前方结构呈“[”形，突出在气流中，上有三个小窗口，机枪从最下方的窗口中伸出，几乎可以直指正前方，加强了 12 点钟方向的防御火力。左右两侧颊部机枪窗口交错排列，左侧在前部舷窗位置，右侧在中间舷窗位置。由于有了颚部炮塔和颊部机抢，取消了机鼻和前机身的 7.62 毫米球形机枪座，全机的防御武器统一为 12.7 毫米口径机枪。G 型从波音的第 60 批次、道格拉斯的第 25 批次、威加的第 35 批次开始引入颊部机枪窗口。F 型则是从波音的第 55 批次，道格拉斯的第 15 批次开始引入，舷窗交错排列的方式与 G 型正好相反，但是从波音的第 75 批次开始就与 G 型排列相同了。颚部炮塔和颊部机枪的联合配置首先在一架 B-17F-115-BO 42-30631 上进行了彻底测试。
B-17G 的颊部机枪
现在 B-17G 的防御火力不少于十三挺 12.7 毫米——颚部炮塔两挺、两挺颊部机枪、背部炮塔两挺、腹部炮塔两挺、腰部机枪两挺、尾部两挺，顶部无线电报员一挺。
B.V.D.的三个成员都生产了 B-17G，其中波音的批次号从 1 到 110，道格拉斯的批次号从 5 到 95，洛克希德威加分部的批次号从 1 到 110。
1943 年末，B-17G 进入第 8 和第 15 航空军服役。1944 年 1 月，新出厂的 B-17G 开始取消涂装，对应的批次是：波音的 G-35-BO、洛克希德-威加的 G-20-VE、道格拉斯的 G-35-DL。这些飞机裸露着银光闪闪的铝制蒙皮投入作战，一方面可以减少工时，另一方面是因为德国空军已经很虚弱，盟军飞机在涂装上的重点是快速、容易地进行空中识别。
B-17G 的驾驶舱
第 94 轰炸机大队的 B-17G 在 1943 年末编队前往德境目标。注意每架飞机的翼下外部挂架都挂载了两枚 227 千克炸弹