CH-47D 吊运火炮
然而耀眼的光环不会长久的存在，高强度的使用对于装备的损害也是很厉害的。部分 CH-47D 在接受大修检查时，机械师发现了传动齿轮崩裂的异常情况。1999 年 8 月 9 日陆军下达了停飞命令，“契努克”开始趴窝。阿拉巴马红石兵工厂的美国陆军规划执行办公室，会同费城的波音公司的技术人员一起研究了所有飞行单位的飞行记录，以找出所有值得怀疑的传动齿轮的类型和设计方案。军方的领导人把此次事件当作维护士兵生命安全的措施，他们也的确做到了，解决问题的传动装置没有导致任何事故和灾难。规划执行办公室协同波音公司及陆军航空器与导弹司令部也对所有类似设计的传动装置的情形进行了调查。最终得出的结论是制造时对球面轴承表面加工不够精细造成的，在运转中会造成表面破裂，是事故的潜在威胁。
911 灾难成为阿富汗反恐战争的导火索，CH-47D 来到中亚高原继续为美军发光发热
CH-47SD 或者称 "超级 D"契努克，是“契努克”的最新标准型号。虽然主要是面向国外用户，但也不排除被美军吸收入役的可能性。这种波音的新机于 1999 年 8 月 26 日首次进行测试飞行。2001 年九架超级 D 作为对台军售的一部分，进入台军服役，合同金额超过三亿美元。
台湾陆军的 CH-47SD
CH-47SD 为三人机组，货舱内额定载员 37 人。机身上可以安装多种设备，武器，甚至通过加装设备可以使“契努克”具备在水面和雪地执行任务的能力。“超级 D”的动力为两台 T-55-714A 涡轮轴引擎，持续输出功率为 4,075 轴马力，比 D 型装备的 712 多了 8%。714A 引擎使得“契努克”的最大起飞重量达到了 54,000 磅，高海拔地区性能也优于 CH-47D。
新出厂的 CH-47SD，还未涂装
CH-47SD 保留了原 CH-47D 的外形，但是扩大了油箱，使活动范围增大了一倍。此外，“超级 D”还使用了较长的机鼻，以容纳雷达天线。“超级 D”把以往的许多重要的改进转化为了标准装备，比如带自动飞行控制系统的综合玻璃座舱，以及数字引擎控制系统。CH-47SD 的座舱设计和相关设备，使得驾驶员能够在各种飞行条件和不利天气条件下执行任务。SD 的座舱也是技术发展水平的体现，先进的综合座舱管理系统，多功能显示器和自动化设备也大大减轻了飞行员的工作量。新契努克还是家族中第一种采用全彩数字显示器的型号。其他装备还包括由波音和霍尼韦尔联合研制的带有雷达高度计的数字式 GPS/INS（惯导）导航/通信设备。座舱还提供了数字地图，前视红外成像仪，抬头显示器，气象雷达，数字传输系统。另外，为提高生存能力也加装有雷达和导弹告警装置，干扰箔条/曳光弹撒布装置。
SD 机鼻雷达罩加长，以容纳雷达天线
CH-47F 改进型运输直升机（ICH）是 CH-47D 的改进型，采用两台 T-55-GA-714A 引擎。CH-47F 单台造价为三千二百万美元，如果将 CH-47D 改进成F型，则单台改造费用为八百五十万美元。ICH 计划最初是延长 CH-47 机身寿命，同时减少运行和维护的费用。
CH-47F
当前的 CH-47D 不能满足美国国内的要求，当前的直升机没有经过改进以提供更强的工作能力，但却需要提供大量的维护费用，因而大受诟病。报告指出，当前的运输直升机虽然在过去的使用中非常完美，但是，随着直升机装备的老化，运输能力也在不断缩水。最初的 CH-47D 已经达到了 20 年的使用寿命，持续增大的每飞行小时的维护工时，只会使直升机使用单位和国防部陷入恶性循环。而且这些费用同不断增涨的货物重量、增加的运行强度，以及防空武器的威胁，使得现有的 CH-47D 显得力不从心了。而且 CH-47D 的通信系统也不能和新的陆军 21 号战场数字网络兼容。因而改装和延寿势在必行。
CH-47F 座舱
按照新的要求，ICH 将继承原运输直升机的衣钵，为机动作战、火力支援、空中防卫等任务区内的单位提供给养与支援。ICH 的首要任务是：作为地面部队，三级和五级补给单位的运输工具，以及在未来的任何突发危机中作为战地应急运输力量。而且，ICH 的任务范围被指定为全世界，这也就以为着--只要美军需要希望它出现在哪里，哪怕是在南极北极，ICH 就必须具备在该处执行任务的能力。尽管速度和敏捷性稍差。ICH 可以满足全天候作战要求，亦可以在不利天气条件下以及极端环境下作战，从支援盟国的行动，主要的地区冲突到高强度战争，ICH 将无处不在。
2001 年 6 月 25 日 CH-47F 进行首飞
ICH 计划的主要内容是修复 CH-47D 机身，延长飞机的寿命，使其能再多服役 20 年，直到 2025 甚至是 2030 年。计划中将重新对 CH-47 的机身进行改造，减少飞行时的震动，以期减少运行和维护的费用，并且通过对电子设备的升级，加装 1553 数据总线，实现与军用 21 号数字网的通信，并具备实时战地态势感知能力。军方要求 ICH 能携带 16,000 磅的货物在五十海里的作战半径内，海拔 4,000 英尺和华氏九十五度的条件下活动。
正在进行修复的 CH-47D 机身，准备升级成 CH-47F
ICH 可以为除战争外所有行动中的战斗单位输送武器、弹药、装备、人员以及其他货物在内的一切常规补给。作为未来的主力战场机动平台，ICH 可提供对部队精确到点的补给。
CH-47F 的概念最早提出于海湾战争之后。最初的概念是陆军希望装一种称之为“空中货运工具”的四叶旋翼的运输载具，要求其有长距离的外挂油箱，内部自带装卸系统，不使用滑油的桨毂。不幸的是这一概念由于过于昂贵而最终放弃。军队需要新的重型运输工具，却没有足够的钱来从头开发一种新型飞机。因此，国防部最终选择对现有的 CH-47D 进行延寿，为军方提供一种经济的解决方案。开发 CH-47F 的意图也很明确，就是在新型飞机研制成功之前作为过渡，填补陆军运力不足的空隙。运输直升机现代化计划中，CH-47F 被定义为陆军运输力量过渡时期的方案，直到新的“联合运输旋翼机”开发成功。