在这次空袭中，当情报报告显示预定目标不在时，计划中对诺列加住所的攻击被取消。然而，飞816号飞机的格雷格•费斯特（Greg Feest）少校和他的僚机驾驶员戴尔•汉纳（Dale Hanner）少校在哈托河军营附近的一片空地上投下了两枚2000磅重的GBU-27炸弹。之所以选择这一目标，是因为在F-117空袭90秒钟后美军游骑兵部队就会跳伞抢占哈托河简易机场，投弹是为了震慑还在呼呼大睡的敌军士兵并引发混乱，而不是炸死他们。在行动开始前3个小时，诺列加的部队收到了美军即将入侵的预警，并部署到了哈托河简易机场。在这种情况下，轰炸结果并不像计划的那样有效。在攻占哈托河简易机场的交火中，美军有数名游骑兵阵亡，十几人受伤。至于诺列加，他最初在一所教堂中避难，最后还是被抓获并被带到了佛罗里达州。
“沙漠风暴”行动
F-117真正接受战火的洗礼始于1990年8月20日。在伊拉克入侵科威特之后，第415“夜行者”战术战斗机中队被命令从弗吉尼亚州的兰利空军基地起飞，部署到沙特阿拉伯海米斯•穆谢特（Khamis Mushayt）附近的哈立德国王空军基地。这是一次前所未有的出动：18架F-117隐身战斗机在短短15个小时之内就完成了向沙特阿拉伯的转场。哈立德国王空军基地远远超出了伊拉克“飞毛腿-B”导弹的射程，但由于距离巴格达较远，因此每次空袭需要接受3次空中加油，一次典型的任务将持续5个小时以上。
当第415战术战斗机中队部署到哈立德国王空军基地执行“沙漠盾牌”任务时，其创造了“团队隐身”（Team Stealth）一词。照片中的这架821号飞机绰号“潜行攻击”（Sneak Attack），是韦斯•威里克（Wes Wyrick）少校的个人坐骑。威里克少校在“沙漠风暴”行动中完成了32次战斗任务，在“联军力量”行动中完成了19次战斗任务
伊拉克的一体化综合防空系统颇为先进，摧毁它对于废掉萨达姆•侯赛因的中心指挥控制系统至关重要。伊拉克军队有400多个观察哨用于将基本的航向和高度数据发送到指挥所，这些数据将得到来自73个雷达报告站的补充，并提供给17个拦截作战中心。4个战区作战中心控制着这17个拦截作战中心，在这些三层楼高的钢筋混凝土枢纽建筑中，可以精心筹划伊拉克的防空工作。从一开始，F-117就系统地“肢解”了伊拉克的防空网络；接着，其他非隐身空中力量解决了关键的预警雷达和通信链路。
1990年12月4日，“幽灵骑士”中队也部署到了海米斯•穆谢特。1991年1月17日0点22分，三个攻击波次的F-117飞机相继升空，其中第一个攻击波次将拉开“沙漠风暴”行动的序幕。这次空袭活动不仅证实了F-117飞机和隐身技术的成功，而且将彻底改变空战的形态。
F-117正面照
在接下来的43个晚上，41架F-117隐身战斗机共飞行了1247个架次，总飞行时间6905小时。它们飞越了伊拉克防护最严密的目标，取得了前所未有的轰炸效果。更重要的是，这一切发生在没有一架飞机被击落或击伤的前提下。
移师霍洛曼
随着F-117的惊人战斗力在全世界面前的展示，当决定将机队从托诺帕测试靶场移师到新墨西哥州的霍洛曼空军基地时，“夜鹰”又从阴影中向外迈出了踌躇的一步。在这种情况下，1992年7月8日，之前的第37战术战斗机联队正式解散，其装备被移交给第49战斗机联队。移师霍洛曼取消了Key Airlines航空公司让2500多名人员每周往返工作地点的75次通勤航班，每年可节省数百万美元。此举还使F-117机队能够完全融入作战计划，并允许其参加一系列演习。
日落时分，从霍洛曼空军基地起飞的两架F-117。起初，在托诺帕测试靶场的任务只在夜间进行，以保持该项目的机密性
1992年8月4日，霍洛曼空军基地的一架F-117A首次在一次事故中损失。这架序列号为82-0801的飞机在进入不受控制的横滚并起火后，飞行员安全弹射。对坠机情况的调查发现，事故原因是不正确地重新安装了引气管，导致飞行控制系统的液压管路发生故障并失火。
霍洛曼空军基地的F-117A
1993年7月，装备F-117的部队又一次改了番号，第415战斗机中队和第416战斗机中队分别改名为第9“飞行骑士”（Flying Knights）战斗机中队和第8“黑羊”（Black Sheep）战斗机中队；不久，第417战术战斗机训练中队也在12月被改番号为第7“恶魔”（Screamin）战斗机中队。
在1993年7月开展的一个代号为“高级土豆”（Senior Spud）的低可观测性计划中，这架“784”号F-117飞机进行了四次飞行，可见飞机的左侧机身和尾翼内侧覆盖有带纹理的金属表面，能够以独特的方式反射光
另一起霍洛曼基地的“夜鹰”坠落事故发生在1995年5月10日。不幸的是，这架序列号为86-0822的F-117的飞行员死亡，随后的调查得出结论称，飞行员空间定向障碍似乎是最可能的原因，这是继之前的夜间试飞之后，再次有飞行员因为空间定向障碍而坠机。
飞行在霍洛曼空军基地上空的F-117
折戟巴尔干
冷战的结束引发了南斯拉夫血腥内战。尽管联合国通过了好几项决议，还派出一支联合国保护部队（“联保部队”）前去提供人道主义援助，但内战仍愈演愈烈，并最终迫使联保部队撤离。1995年8月30日，北约发起了“审慎力量”（Deliberate Force）行动，对南斯拉夫境内的特定目标进行了20多天的精确空袭，并导致有关各方于1995年12月14日在巴黎签署了所谓的《代顿协议》。
不幸的是，1998年，科索沃再度爆发敌对行动。1999年1月30日，北约表示将采取包括空袭在内的一切必要措施，随着北约部队不断部署到该地区，美国空军第8战斗机中队也向意大利阿维亚诺（Aviano）空军基地部署了12架F-117。当和平谈判失败后，欧洲北约联军最高指挥官韦斯利•克拉克（Wesley Clark）上将下令对南斯拉夫联邦共和国发起空袭，这标志着“联军力量”（Allied Force）和“贵族铁砧”（Noble Anvil）行动的开始。这些空袭始于1999年3月24日。然而，政治因素对空袭所采取的行动方式的严重干预，以及国防预算削减带来的一系列电子对抗措施的不足，给F-117造成了可怕的后果。