2009年1月26日，二架美国陆军的OH-58D“奇奥瓦”（Kiowa）战场观察直升机在巴格达机场北边约250公里处坠毁，机上4人全部丧生，伊拉克游击队宣称是被他们击落的，但遭美军否认。
这些屡次发生的攻击事件，清楚显示慢速飞机已成为敌人最易攻击的目标，运输机的自我防护因而成为整体性能需求的一部分，新一代的运输机如：C-17、C-130J、A-400M，已将上述情况列入设计考虑中，现役旧型运输机也有多样化的返厂改装计划，以安装自我防护系统。具备最大程度的生存性已是今后运输机的基本需求。
美国空军C-17运输机发射热焰弹的壮观场景
战场威胁
战场上对军用运输机的威胁程度，根据战区的情况一般分为轻、中、高这3级：轻度威胁是指具有中、小口径（不超过14.5毫米）的重型机枪，以及红外制导肩射防空导弹。这是非常普遍的威胁，一般就是特种部队在机场附近活动的场景。当敌军无法维持一定的兵力部署时，这就是最典型的布置，也是维和任务最可能碰到的情况。
中度威胁是指具有较精密的自行防空火炮以及地对空防空导弹，一般搭配有跟踪搜索雷达以及光电支持装备，战场上或多或少有些正规部队。自行防空火炮的机动性高，可能以自动模式操作，也可能纳入中层级的指挥、控制架构下。在标准作业程序下，运输机不应靠近中度威胁战区，不过现今的部队运动非常迅速，因此难免有失算的时候。
重度威胁是指具有精密的防空指挥架构，指挥高性能的面对空导弹及战斗机。此种等级的威胁是激烈冲突中的典型场景，运输机绝对不能飞临其上空。
要减轻运输机执行任务的风险，所采取的反制措施取决于战区情况和威胁程度，与运输机的性能及飞行计划也有关。
运输机先天生存能力就比战斗机差，体型大、速度慢、动作迟钝、还有大的雷达截面积（Radar Cross Section）、显著的红外信号特征…等。这些弱点有的可在设计阶段设法加强，有的就只能在机上安装自我防护系统，针对威胁的攻击跟踪、制导方式，设法削弱其危害程度。
要装何种系统，得先对预期的威胁程度有正确的评估。配备一些基本防护装备后，运输机就能应付轻度威胁，若再增加一些先进装备，也可以对付中度威胁，但在重度威胁的战区，实在没有运输机活动的空间。
自我防护
运输机的基本自我防护架构，至少要能对付红外制导面对空导弹的轻度威胁，因此基本配备就是导弹发射警告器（Missile Launch Warner）。此处要注意“发射”这两个字，这种警告器为全被动式监测，因此无法发现地面是否有导弹，但能在导弹发射的瞬间，察觉导弹火箭推进器耀眼的红外信号。导弹发射警告器通常会与箔条弹及热焰弹相搭配，由警告器控制箔条弹及热焰弹的抛投时机。
这套基本自我防护架构还可以扩充，增加较复杂的装备以跟踪导弹的轨迹，在最适当的时间进行反制。譬如美国的先进威胁红外反制（Advanced Threat Infra-Red Counter Measures，ATIRCM）系统，就是以搜索跟踪传感器和激光或红外线光源，对导弹的引导头进行干扰。
英国空军C-17运输机舱门后方是大型飞机红外反制系统跟踪传感器及激光干扰器机座，舱门正前方是导弹逼近警告器
导弹发射警告器的反应必须非常迅速，以一飞行于4,500米高度的运输机为例：当一距离约8公里外的肩射防空导弹以它为攻击目标时，目视确认耗时3秒钟、启动武器约1到2秒、让陀螺仪旋转3秒钟、再用3到4秒钟的时间来瞄准、发射。总计在发射前约耗时10到12秒，导弹飞行的时间约为3到7秒，因此当敌方发现我方运输机后大约13到19秒，导弹就会击中我机，导弹发射警告器必须在导弹发射后的短短数秒内，实时提出警告。
至于来自轻型武器的威胁，目前尚无任何系统可预先警示，唯一的反制方式就是远离（这点说比做容易），并在机上加防弹装甲以防护机舱及其它重要的部位。
美国空军的C-17在派遣到科索沃执行运输任务前，就在驾驶舱的内部装上由卡维拉（Kevlar）和陶瓷（ceramic）复合材料制成的装甲以抵挡轻武器攻击。美国空军也由1993年起在C-130的驾驶舱内加装由英国气动顾问公司（Aero Consultants）所发展的装甲罩（Armour shield）和防弹座椅，它由防弹级陶瓷和芳香族（Aramid）纤维强化复合材料制成，防护驾驶舱需80到100片。
C-130驾驶舱内机组人员的防弹座椅
自我防护系统也需有适当的战术动作来配合，例如苏联运输机在阿富汗战场上就采用高空巡航和大角度进场方式，减少暴露于肩射防空导弹和轻型武器面前的时间。机场周遭的安全管制也同样重要，必须经常进行直接监视和重复性的长距离地面巡逻；当然，这些战术动作和地面防护行动是已经全盘掌握战区整个情况及威胁可能位置的结果。在维和任务的初期阶段，对当地的各种武力尚不清楚时，这种防护方式的成效甚微。
对付中级威胁要有雷达警告接收机（Radar Warning Receiver），当发现敌方雷达站时会警告机员此雷达的位置、型态、指挥的武器种类，并建议一较安全的飞行航线，弥补运输机动作迟钝的缺点。雷达警告接收机也能与箔条弹，热焰弹、诱饵（decoy）相搭配。
此处要注意诱饵的特性，因为大多数的诱饵都是为战斗机而设计的，而运输机和战斗机的雷达截面积差异甚大，彼此动作特性也不同，例如运输机经常会做绕圈（circling）飞行，在空中形成一相当大的乱流面，若又是四螺旋桨大型运输机，乱流与螺旋桨尾流产生的合成效应会让诱饵的效果大打折扣，所以诱饵在运输机上的使用会有所限制。比较全面的自我防护系统还应包括主动式干扰器，例如激光警告接收机对激光制导导弹、激光测距仪、及激光指示器就很有效。
战斗机使用的拖曳式诱饵并不适合运输机
红外反制
不论是面对空、空对空红外制导导弹，都使用被动红外制导原理，根据目标的红外信号自动完成目标的搜索及跟踪。
根据英国航宇系统（BAE Systems）一份解密的文件，在1973年到2002年的这30年间，全球共有1,650架的军机（包括：战斗机、直升机、运输机）遭导弹及地面防空炮火击落，其中遭红外制导导弹（包括空对空及空对地）击落的占49%，遭防空炮火击落的占29%，遭雷达制导导弹击落的占14%，原因不明者占8%。红外制导导弹击落的战斗机最多，清楚显示红外制导导弹的危险。