华约解体后，捷克在 L-39 的基础上推出 L-59，但显然这只是一个渐改，不是全新设计。捷克指望前华约空军 L-39 机体寿命到期后的大量订单，但一来这些国家都陷入严重的经济危机，二来大家都“向西看”，结果 L-59 生意惨淡
全程教练机在技术上没有问题，但是在使用上出现训练成本过高的问题，连减少机型、缩小教练机队总规模都不能弥补。另一方面，早期超音速飞行时的稳定性问题在飞控问题解决后不再成为问题，超音速飞行和高亚音速飞行在飞行技能上不再有本质的差别，超音速教练机的必要性消失了，同型战斗教练机可以承担高级武器、战术和超音速适应性训练。教练机的发展再次进入困境。
90 年代后，全程教练机不再用于全程训练，而是恢复两级训练，用初教作基本飞行训练后，直接上高教。但初教和高教的划分又成为问题。
教练机对速度和高度的要求毕竟不高，活塞式螺旋桨飞机具有可靠、廉价的优点，现代涡桨发动机则可以达到高亚音速和相当高的高度，采用涡桨发动机的图-95 轰炸机在速度和高度上都接近采用涡喷发动机的 B-52。如果教练机不再要求超音速性能，采用涡桨发动机的教练机在很大的性能包线内，都可以匹敌喷气式的教练机。世界教练机发展开始向两个方向发展：一是用最简单的初教筛选和学习简单飞行后，然后直接上相当于过去全程教练机的喷气式高教学习主要飞行技能；二是用具有中教性能的初教，将初教和中教一气呵成，然后上高教锦上添花，甚至跳过高教而直接上战斗教练机。
美国开始时是走第一条路，用 Slingsby 双座活塞式初教，然后海军飞行员上 T-45（按许可证制造的英国“鹰”式教练机），空军飞行员上 T-38 超音速教练机（F-5 战斗机的前身，已经很老了，即将大批退役）。英国走第二条路，先上 Shorts Super Tucano（按许可证制造的巴西 Tucano 教练机）涡桨教练机，然后上“鹰”式。美国现在有向英国路线靠拢的趋势，正在装备雷锡恩 T-6“得克萨斯人”教练机（按许可证制造的瑞士 Pilatus PC-9），取代Slingsby。
瑞士的 PC-7/9 也非常成功
美国也按许可证生产，编号为 T-6
PC-21 是 PC-7/9 的进一步发展，号称 21 世纪的“终极涡桨教练机”
像 Slingsby 那样的简易初教通常由通用飞机发展而来，采用并列双座，教官可以手把手地教学员，便于交流。这种飞机速度慢，性能稳定，采购和运行成本低，对学员的心理压力也小。但这种飞机的性能潜力基本没有，学员要是养成对教官的依赖也不好，所以现在好像又不提倡了，至少作为军用教练机不提倡了。串列双座的活塞式或者涡桨教练机有利于养成学员独立飞行的习惯，成为现代军用教练机的主流。但是螺旋桨依然有反扭力的问题，功率增减必须相应地用副翼和尾舵补偿，否则要造成偏航。喷气式飞机没有这个问题。现代飞控系统可以自动补偿螺旋桨的反扭力作用，使学员不致产生坏习惯，在感觉上和喷气式飞机相似。德国的 FanTrainer 教练机采用后置螺旋桨，学员看不见螺旋桨，感觉上更加接近喷气式教练机了。这样一来，除了最大速度和高度，螺旋桨教练机在性能上已经媲美喷气式教练机，可以做难度相仿的斤斗、倒飞等特技，而起落性更好。更重要的是，经济性能更好。90 年代以来，涡桨教练机大有成为新一代的“全程教练机”的势头，有在很大程度上代替喷气式教练机的意思。巴西的 Tucano、瑞士的 PC-7/PC-9 是涡桨教练机中的典范，英国的 Shorts Super Tucano 是对巴西 Tucano 的进一步改进，同样，美国 Ratheon T-6 是对瑞士 PC-9 的改进，瑞士 Pilatus 本身也发展了更新的 PC-21，号称“终极涡桨教练机”。
从某种意义上说，巴西的 Tocano 是现代涡桨教练机中最成功的，可以达到喷气式教练机的大部分功能
英国版的 Super Tocano 可以挂载武器，用于反游击作战，巴西版的也有这个能力
先进涡桨教练机和同型战斗教练机的发展从两头挤压喷气式高教，使喷气式高教的日子十分难过。为了杀出重围，喷气式高教开始强调相对于涡桨教练机的多用性，和相对于同型战斗教练机的经济性。法德合作的“阿尔法-喷气”从一开始就是对教练机和攻击机同等强调的，在德国空军里，“阿尔法-喷气”就是标准的攻击机，法国空军也用“阿尔法-喷气”补充“美洲豹”攻击机。英国的“鹰”式教练机也是从一开始就具有对敌攻击能力，后来索性发展成单座型，供第三世界国家空军作为高亚音速战斗机使用。但是作为攻击机，教练机出身的飞机不够皮实，战场生存力有问题。作为战斗机，缺乏超音速能力也是一个很大的缺憾。所以 90 年代以来新研制的几种高教都具有超音速能力，比如欧洲的 MAKO、韩国的 T-50、中国的 L-15 等。这些新型教练机都声称具有不亚于现代战斗机的机动性，具有相当强悍的武器系统，可以做为中等性能的战斗机或者攻击机使用。
但这也是教练机定位混乱的开始。这个混乱对老资格航空工业国家是一个很大的困扰，对于新兴航空工业国家则可能成为致命的陷阱，尤其是借教练机入手，希望建立先进战术飞机研发能力的雄心勃勃的国家。这很可能成为一个滑溜溜的斜坡，一踩上去就身不由己了。
教练机以训练飞行学员为主业，以作战为副业，这一般都没有什么异议。但主业和副业的定义和两者的相对比重，这里面差别就大了。教练机的批量大，使用寿命长，出勤率高，对成本控制和使用经济性的要求几乎和民航客机一样苛刻，这样就需要尽可能减少不必要的重量、设备和飞行阻力，否则每天背石头上山，那什么经济性都免谈。但作为作战飞机来说，战场上只有两件事是最重要的：生存力和任务完成能力，其他都无关紧要。
教练机作为战术飞机，一般有两种：攻击机和战斗机。攻击机用于攻击地面目标，教练机具有良好的低空低速操控性能，后座可以用来帮助观察战场和操作武器系统，用作兼职攻击机好像是天然的选择。但仔细琢磨一下，问题就来了。攻击机需要暴露于敌人地面火力之下，需要具有一定的抗打击能力。美国 A-10 和俄罗斯的苏-25 都有钛制装甲“澡盆”，用于保护飞行员和关键设备，教练机要是也背上这么一个澡盆，那发动机推力和油耗的增加可就太多了。如果在设计时考虑战时可以增装装甲，而平时不装，这个问题小一点，但留有余地同样意味着设计死重，留得余地越大，死重越大。