Bf 110
Bf 110 的航程要远远超过 Bf 109，而 Bf 109 的灵活性又是 Bf 110 所不具备的。有一个人曾经问梅塞施密特，为什么你不能把二者的优点结合在一起生产一种大航程的单发战斗机呢？梅塞施密特先生揶揄提问的人说，你想要什么？快速战斗机，还是一扇沉重的谷仓后门？在后来在战争中，当梅塞施密特公司在 Augsburg 的飞机工厂被美军远程战斗机（P-47，P-51）掩护的轰炸机摧毁之后，还是当年的那个人反过来揶揄梅塞施密特说，恐怕这（P-47，P-51）就是你要找的谷仓后门吧。
1938 年对于巴伐利亚飞机制造厂来说是一个重要的一年。由于赢得了两个至关重要的战斗机合同，梅塞施密特以飞机设计大师身份被希特勒授予“德国国家艺术与科学奖金”，并建议用梅塞施密特的名字来代替巴伐利亚飞机制造厂。1938 年 7 月 11 日梅塞施密特公司正式成立，梅塞施密特担任公司的主席和行政主管。
梅塞施密特公司的标志
然而就在同一年，鲁泽尔也离开了公司，回到了他的老东家亨克尔公司。鲁泽尔在公司这几年，见证了公司从崛起到辉煌。他和梅塞施密特的合作可以用珠联璧合来形容，当他们分手之后，两个人都走向了事业的低谷。
梅塞施密特在战前又设计了 Me 209，它本来应该成为 Bf 109 的替代者，结果发现它的性能只比 Bf 109 有微弱的提高，而复杂性却远远超过 Bf 109。最后不得不放弃。
Me 109V1/V4 原型机
德国空军一直都梦想着拥有一款多用途重型战斗机，这种战斗机将替换 Bf 110，容克 87 斯图卡，和其他的一些双引擎轰炸机。最终梅塞施密特公司的 Me 210 项目中标，首席设计师 Waldemar Voigt 原来的设计机身干净修长。可能是因为梅塞施密特早期设计了很多滑翔机的缘故，他本人是一位机身结构轻量化的倡导者，对于 Me 210 的初始设计，他横加干涉，强行缩短机身以减轻重量。在第一架原型机首飞之后，针对飞行中的问题首席试飞员 Hermann Wurster 博士就提出了自己的建议，应该将机身延长 1 米。同年 10 月 12 日另一次试飞的时候，试飞员 Gustl Neidhard 又给出了同样的建议。但是梅塞施密特仍然没有采纳，最后梅塞施密特和整个德国空军为这种自负最终付出了代价。
对于这种全能型战斗机，起初德国空军的态度是全力支持。Me 210 还没有走下绘图板，原型机都没有试飞，德国空军就订购了 1,000 架。这在战前可是相当大的一个数字。为了给 Me 210 计划让路，德国空军只能小规模订购 Bf 110。而结果是这种号称全能型的战斗机自己飞行都很困难，服役时间一拖再拖。
有一些观点认为德国空军给 Me 210 赋予了过多的任务，使这种飞机无法达到要求。我个人并不赞成这种观点，我认为 Me 210 的悲剧完全是由梅塞施密特的能力和性格造成的。
Me 210 的预想作用和实际尺寸同皇家空军中的蚊式飞机很相像。蚊式飞机的任务和型号比 Me 210/410 更多。同 Me 210 相比，蚊式的初始设计晚了一年，但是服役却比 Me 410 早两年。至于生产数量（Me 210/410 不到 2,000 架，而蚊式 7,781 架）和实际作用更不可同日而语了。
由于 Me 210 的飞行问题迟迟不能解决，德国空军的高层领导对此极为不满。戈林有一次曾经无奈地跟人开玩笑说，要是有一天我死了，你们就在我的墓志铭上这么写，“要不是因为 Me 210，他（戈林）本来能活得更长”。1941 年 11 月尽管德军在东线仍然高歌猛进，但是很多人都知道这种短暂的胜利是维持不了多长的。乌迪特大将已经准确的预见到将来空中战争对于德国的残酷性，而作为主管德国空军装备和训练的自己又对此无能为力。11 月 17 日他在和女朋友电话聊天的时候开枪自尽。
乌迪特肖像
中间的是米尔西，最右边的是乌迪特
乌迪特生前对梅塞施密特非常友好，两次在关键时刻排除了米尔西的干扰，帮助了巴伐利亚飞机制造厂。一种观点认为 Me 210 计划的拖沓，造成了乌迪特自杀，这种说法不无道理。乌迪特自杀之后，梅塞施密特的老冤家米尔西接替了乌迪特的岗位，成为空军总监。德国空军的领导终于对 Me 210 项目忍无可忍了。1942 年 3 月 10 日，戈林当着其他公司代表的面，向梅塞施密特传达了终止 Me 210 计划的决定。随后梅塞施密特不得不从主席的位置上引咎辞职。
Me 210A 型最终解决了飞行稳定性的问题，但是它浪费的时间和因它而改变的计划是难以弥补的。这种恶果最终也影响到了 Me 210 的改进型 Me 410 上，尽管 Me 410 在战场上表现良好，到 1944 年中德国空军已经无力继续生产这种昂亏的飞机了。当 Me 410 最终在 8 月份停产的时候，令人啼笑皆非的是当年的被替代者 Bf 110 仍然在继续生产。
在 Me 210/410 之后梅塞施密特公司还设计了 Me 262 喷气战斗机，Me 323 巨型滑翔运输机和 Me 264 远程轰炸机，这些飞机都是公司的其他设计小组设计的，跟梅塞施密特本人没有太大关系了。
战后梅塞施密特本人因为在战争中使用奴隶劳工被起诉，最后在监狱里呆了两年。出狱后他重新建立了自己的企业，因为不被允许生产飞机。他的公司只能已生产缝纫机，微型摩托汽车（Bubble Car）勉强糊口。
梅塞施密特三轮微型汽车，驾驶舱设计让人联想起 Me 109 战斗机
由于名声在外，他应聘西班牙和埃及政府帮助他们设计战斗机（HA 200 和 HA 300）。1958 年他的公司重新获取生产飞机的权利，开始为北约合作生产一种意大利战斗机。接着开始引进专利制造 F-104 战斗机。
这个时候梅塞施密特先生的老朋友鲁泽尔又重新回到了公司，1938 年鲁泽尔离开了巴伐利亚飞机制造厂后，在亨克尔公司鲁泽尔设计了 He 280 和 He 219，作为一款喷气战斗机，He 280 败给了 Me 262，没有进入生产。He 219 作为夜间战斗机也因为生产太复杂被德国空军拒绝。两击不中，愤怒的亨克尔立刻解除了鲁泽尔的职务，把他轰了出去，亲自上阵简化 He 219 的设计，最终说服德国空军小批量生产这种夜间战斗机，一些历史学家认为 He 219 是德国最好的夜间战斗机。被解职的鲁泽尔后来去了 Fieseler 公司参与了 Fi 103（V1）飞弹的研制，负责设计 V1 飞弹的脉冲喷气推进器。战后他被带到了美国，开始时在美国海军的喷气实验室工作，在 1953 年又参加了冯布劳恩领导的火箭计划，并最终创立了衡量产品稳定性的鲁泽尔定律。