匈牙利“鹰狮”在2006年至2007年之间交付，2008年开始服役。目前，匈牙利“鹰狮”正执行15分钟快速反应警戒任务，一架飞机配备了两名飞行员，可挂载AIM-9L“响尾蛇”、AIM-120C-5先进中程空空导弹、“利特宁III”瞄准吊舱和电视制导AGM-65“小牛”导弹。匈牙利正在寻求让“鹰狮”执行近距空中支援的其他弹药，其中可能会有GBU-39 SDB。2012年1月30日，匈牙利政府把租赁协议延长10年至2026年。
泰国于2007年订购了2架萨博340“爱立眼”预警机，然后在2008年2月订购了2架“鹰狮”C和4架“鹰狮”D，2010年11月又增订了6架“鹰狮”C。首批“鹰狮”在2011年2月22日素叻他尼空军基地的第7联队。
泰国JAS 39C/D
“鹰狮”的另一个用户是英国帝国试飞员学校，于1999年开始使用该机进行快速喷气机高级训练和评估，成为学校固定翼研究生课程的核心。学校的“鹰狮”在林雪平的萨博试飞基地飞行，为萨博和瑞典空军培训试飞员。
英国帝国试飞员学校租用的“鹰狮”D
新一代“鹰狮”
2017年6月15日星期四当地时间上午10:32，“鹰狮”E 39-8号原型机在瑞典林雪平萨博机场起飞，进行了持续40分钟的首飞。原型机首飞中完成多个特技，并测试了起落架收放。萨博试飞员马库斯·旺德表示“首飞正如预期，飞机表现与模拟器体验相符，加速性能令人印象深刻，操作流畅。”
首飞中的“鹰狮”E 39-8号
“鹰狮”E瑞典萨博JAS-39战斗机的最新改型，与“鹰狮”C/D相比出现了脱胎换骨的变化。该机具有以下改进特点：
与C型相比，“鹰狮”E的一个重大变化是载油量增加了40%以上，使最大起飞重量也相应增加到16.5吨，比C型重了2.5吨。
“鹰狮”E与C/D型的数据比较
“鹰狮”E还更换了新的F414发动机，增加了两个武器挂架，安装了主动相控阵雷达、红外搜索和跟踪传感器、新的电子战系统。F414的加力推力9980千克（97.86kN），比“鹰狮”C/D的RM12（F404）提高了20%，也就是1800千克。额外的推力能使“鹰狮”E不开加力进行超音速飞行。
“鹰狮”E的主传感器是塞莱克斯公司的“乌鸦”ES-05有源相控阵雷达，其天线大约安装了1000个收发模块，连接到全数字多通道激励器/接收器和处理器上，架构与诺斯罗普·格鲁门和雷声公司的设计相似。ES-05的天线大小大与“鹰狮”C使用的爱立信PS-05多模雷达的天线相当，不过ES-05的天线被安装在一个旋转机构上，以实现全方向上的100°扫描角度。据塞莱克斯的说法，这允许“鹰狮”E在发射导弹后就转身离开，同时保持与导弹的数据链连接。汉斯·艾纳特表示这种雷达使飞行员能够探测垂直下方的零多普勒威胁，他还认为ES-05给“流星”导弹也带来了好处，凭借大扫描角度，在发射导弹前甚至无需把机鼻对准目标。
塞莱克斯公司的“乌鸦”ES-05有源相控阵雷达
E型前机身的风挡根部安装了塞莱克斯的“天空-G”红外搜索和跟踪传感器和敌我识别系统的天线，在两侧进气口的鸭翼根部还安装了分布式导弹预警系统的传感器。“天空-G”已经与雷达和其他传感器完全集成在一起，使“鹰狮”E具有仅依赖被动传感器发现目标的能力。
“天空-G”红外搜索与跟踪系统
“鹰狮”E的机身结构也经过了重大修改，机翼与机身的连接点外移以增大机身油箱的容量，在机翼连接点处的机身采用新型铝锂整体隔框设计，主起落架现在收入机翼而不是之前的机身。前起落架改为单轮，使“鹰狮”E可在具有拦阻设备的跑道上紧急降落。
“鹰狮”E的主起落架现在收入机翼而不是之前的机身
“鹰狮”E加大了进气口以适应F414发动机，并且为了有源相控阵雷达的散热在垂尾根部增加了一套新的二级环境控制系统（ECS）。修改后的翼尖集成了新的电子战天线。
“鹰狮”E还配备了具有新输弹系统的弹药箱，该机沿用了C/D型的机炮，但在射击时不再抛出弹壳，因为弹壳会撞到新的机腹外侧挂架。“鹰狮”E的翼尖挂架也不同于C型，集成了电子战系统的传感器阵列。
垂尾接近顶部的位置安装了一个新的天线罩，能容纳更多的电子战系统天线。在整流罩正下方靠近垂尾前缘的位置有两个水平刀片天线。
由于新的挂架设计和机身重量分布的改变，萨博的设计师把机翼之后的机尾加长了370毫米以帮助维持重心。“鹰狮”E保留的C型的机腹中线挂架，但在其两侧个增加了一个新挂架。
“鹰狮”E的机腹挂架增加到三个
“鹰狮”E基本上可以说是一种全新的战斗机，全面提升机动性、作战能力、电子战性能，这也就是萨博把该机称为下一代鹰狮的原因。
巴西于2014年10月27日正式与萨博签订正式合同，购买36架“鹰狮”E/F型战机（28架“鹰狮”E和8架“鹰狮”F），价值45亿美元。萨博将在未来几年内将在巴西建立一条“鹰狮”生产线，在当地组装这些战斗机。