出于安全的考虑，JAS-39 飞机除了具有一套数字式三通道飞控系统之外，还有一套三通道的模拟式备份系统。当两个通道的数字式系统出现故障的时候，备份的模拟系统自动启动。飞行员也可以通过座舱中的一个按钮人为地转换到备份系统。备份系统启动以后，前翼就与操纵系统断开，可以自由浮动，这样可以提高飞机的纵向稳定性，使飞机成为中性安定的。“鹰狮”飞机采用一套新的导航着陆系统，使飞机获得良好的性能。该系统以霍尼韦尔公司的激光惯性导航系统为基础，综合了地形参照导航系统和全球定位系统，另外还利用大气数据计算机和其它传感器的数据。它利用了惯导系统和全球定位系统的优点，而避免了它们的缺点。比如，惯导系统的精度差，而全球定位系统容易受到干扰，两者结合，可以取长补短。
瑞典空军一直使用的是战术仪表着陆系统（TILS），这种系统不但已经过时，而且使用费用昂贵，不适用于分散的战时机场。为此需要研制一种系统，完全依靠机载传感器和机载设备，能够引导飞机至任何机场并保证在全时间、全天候条件下安全着陆。新系统采用了两种为“鹰狮”飞机研究的新技术，即新型综合导航系统（NINS）和新型综合着陆系统（NILS）。NILS 系统利用 NINS 系统的导航信息确定飞机在进场下滑过程中的位置，不需要象仪表着陆系统（ILS）、微波着陆系统（MLS）那样借助传统的地面辅助设备。另外，如果飞行员需要，NINS 也可以使用传统导航设备的信息，如测距装置（DME）、甚高频全向信标（VOR）和塔康系统（TACAN）。
NINS系统不但可以提供基本的地形导航信息，而且还具有详细的机场和跑道数据库。NILS 系统符合国际民航组织（ICAO）I 类着陆标准。在恶劣气象条件下，飞行员依靠该系统在距离跑道 1,200m 的地方可以将飞机降至 60m 的决断高度。
NINS 和 NILS 通过显示在平显（HUD）上的符号向驾驶员提供简单的操纵信息。NINS 在 HUD 上产生一个小圆点，这个小圆点必须保持在飞机的速度矢量符号内，才能保证正确的进场方向。飞机的自动油门系统可以提供理想的下降剖面。从实际使用来看，NINS 与现在的 TILS 相似，它建立合适的下滑通道和航向信标，并确定其极限范围，飞机必须位于正确的范围之内。除此之外，NINS 和 NlLS 还可以提供精确的飞行信息，改善飞机的安全性，提高飞行员的空情警觉性。
数据链
关于空战的统计数据充分地表明了空战中先敌发现的重要性，空战中的胜利者大多数是先发现对方的一方。在现代飞机上，利用先进信息技术和各种传感器提高飞机的空情警觉性。瑞典空军早在 50 年代就认识到了通过数据链传输信息的战术优势，从 60 年代就开始使用这种系统，主要是为了对付敌方对瑞典地面控制截击通讯系统的干扰。“鹰狮”飞机的数据链的性能更加强大，它不但可以在战斗指挥中心之间传递数据，最多可以使 4 架飞机实现数据共享，并且不受干扰。
一般情况下，在飞机起飞之前，将任务计划数据装载在飞机的任务计算机中，这些信息可以通过座舱中的多功能显示器提供给驾驶员。采用数据链的最明显的优势是，随着战术信息的不断增加，可以对任务数据进行随时的更新。实时信息带来的战术优势是极其巨大的，实时信息是多种多样的，如威胁的频率、目标位置的改变、最新目标的详细情况等，来自各种的信息源，如其他的“鹰狮”飞机、S100B 预警飞机、卫星和舰船等。从这一点来看，“鹰狮”飞机也可以向友方的作战飞机下载信息。为了减小飞行员的工作负担，数据控制是通过多功能显示器上的一个桢按钮和手控油门驾驶杆实现的。
S100B“爱立眼”预警机