在空军的要求下，YF-89 进行了大量修改。机鼻被完全重新设计，长度加长 91 厘米，变得更为尖削。武器除了 6 门机炮外还增加了 AN/ARC-33 雷达和休斯 E-1 火控系统。推力为 1,816 公斤的 J35-GE-3 发动机被推力 2,361 公斤的 J35-A-12 发动机取代，后者装有加力燃烧室，加力推力达 3,067 公斤。发动机进气道也进行了重新设计，附面层隔道改为外置，进气道外侧加装可开合的辅助进气口，以在地面运行时为发动机提供更多的空气。发动机的尾喷管同样进行了很多改进。工程人员认为，发动机喷射气流流向尾翼是造成机尾震颤的主要原因。为此，发动机尾喷管后方的机身上加装了导流板，以让喷射气流远离飞机尾翼。
YF-89A 后座雷达操作员座舱仪表
YF-89 身上的最后一项改进措施是将翼尖吊挂的 1,135 升可抛式副油箱换为更为流线的不可抛油箱，油箱容量不变。改进工作完成后，编号已经变为 YF-89A 的原型机于 1950 年 6 月 27 日成功完成试飞，F-89 的试飞工作得以恢复。
XF-89 原型机的坠毁直接导致了 YF-89A 的出现，后者的大量改进之处如下图
YF-89A 的两侧副油箱前部都安装了试飞用的空速管
多灾多难的早期机型
F-89A
由于美国空军急需截击机来应对苏联的核威胁，XF-89 和 YF-89 的试飞工作还未结束，F-89A 就迫不及待地投入了生产。美国总统哈里•杜鲁门于 1949 年 1 月下令订购 58 架 F-89A，同年 9 月又追加订购 27 架。XF-89 在 1950 年 5 月 22 日发生坠机事故后，调查组发现 F-89 身上存在大量问题，F-89 的试飞和生产工作被立即叫停。
18 架 F-89A 中的首机，在爱德华兹空军基地上空试飞
当时美国空军急切地希望尽快获得 F-89，因为苏联已经在 1948 年 8 月成功进行了原子弹试爆，并在此之前成功研制了图-4 重型轰炸机（苏联仿制生产的 B-29），初步具备了向美国投掷原子弹的能力，令美国本土防空压力大增。美国空军认为苏联轰炸机可以飞越北极上空向美国本土投掷原子弹。尽管心急如焚，但美国空军实在无法接受有安全隐患的产品。在 YF-89A 进行修改期间，空军停止了 F-89A 的生产，只接收了 3 架接近完工的 F-89A。并让这 3 架 F-89A 加入到试飞测试的行列中。与 YF-89A 的不同之处在于，F-89A 装上了包括 6 门 20 毫米机炮在内的全部武器。
第二架 F-89A 49-2437，主起落架的轮子真的很薄
第二架 F-89A 49-2438，注意机鼻侧面的三个机炮口
空军于 1950 年 9 月 28 日接收了 3 架量产型 F-89A 的第 1 架，剩下的 2 架在数星期后交付。这 3 架 F-89A 本质上同 YF-89A 完全相同，它们身上进行了所谓的“快速整修”改装。“快速整修”其实就是在水平尾翼升降舵和平尾铰接处上下加装多个角形阻尼。此外，3 架 F-89A 还对多种喷射气流导流板方案进行了测试。
这就是平尾的角形阻尼
在作了一系列改进后，机尾震颤的问题终于被解决。F-89A 的生产也在 1951 年 1 月恢复，但只生产了 18 架，剩下的飞机则转为 F-89B 和 C 型。在空军接收的 18 架 F-89A 中，8 架充当测试用机，剩下的飞机用来训练地勤人员。不过到 1952 年夏季，也就是 F-89B 开始服役将近一年后，还是有少量的 F-89A 交付给了作战部队。
F-89A 向地面目标发射 5 英寸 HAVR（高速机载火箭）火箭弹
F-89B
F-89B 同 F-89A 在外形上几乎没有什么差别，但内部设备却大有不同。B 型安装了利尔 F-5 自动驾驶仪、仪表降落系统、斯佩里零位指示器。由于早期的 F-89A 和 F-89B 的发动机经常出现故障，空军为这些飞机换装了推力为 2,315 公斤（加力推力 3,067 公斤）的 J35-A-21A 涡喷发动机。新发动机装有滑油净化装置，加力燃烧室也有所改进，动力控制更为顺滑。
