挂载Kh-58U反辐射导弹的米格-25BM
米格-25BM的机鼻内安装了复杂的“美洲虎”反辐射系统
“狐蝠”最后的岁月
米格-31从上世纪80年代开始逐步取代米格-25截击型，苏-24MR也在摩拳擦掌的准备接替米格-25侦察型。但由于苏联的解体，米格-25R的淘汰计划被暂时搁置。
苏联解体后，由于俄罗斯经济拮据，俄罗斯空军不得不在1992年决定淘汰一批维持费用昂贵和耗油率高的飞机。大部分苏-15、米格-23P的和米格-25截击机都退出了现役，装备米格-25的侦察团也屈指可数了。
到1999年，俄罗斯空军的全部米格-25只剩下沙塔洛沃空军基地第47独立近卫侦察航空团的46架米格-25RB、蒙切戈尔斯克基地第98侦察团的26架米格-25RB，以及利佩茨克训练中心的4架米格-25BM。米格-25BM的遭遇最为悲惨，这种反辐射战斗机只生产了很小批量，在1986年服役后被部署在东德韦尔诺伊亨、波兰布热格和白俄罗斯休钦空军基地，每个基地12架。东德和波兰的米格-25BM在1989和1990年撤到休钦，白俄罗斯独立后拒绝交出这批飞机，1992年成色还很新的米格-25BM全部在巴拉诺维奇飞机修理厂拆解报废，结束该机的短命历史。
国土防空军第790歼击航空团是俄罗斯空军最后一个装备米格-25PD的部队，1994年换装双座的米格-31“猎狐犬”。少数双座米格-25PU在俄罗斯空军米格-31歼击机团中一直服役到本世纪初，执行气象侦察和仪表飞行考核。
米格-25PU教练机
苏联解体后俄罗斯内部纷争不断，因谋求地区独立导致的冲突频繁爆发，这使米格-25RB再次忙碌起来。由于苏-24MR在1992年11月的印古什冲突期间表现地不如人意，所以米格-25RB在第一次车臣战争期间复出，于1994年9月被部署到莫兹多克，在年底前飞了22架次侦察飞行，为莫斯科提供了详尽的车臣叛军情报。1996年这种快速的米格侦察机又在车臣上空飞了88架次。在1992-2000年期间，第47团的米格-25RB已经在俄罗斯内部冲突中实施了302架次侦察飞行。
米格-25RB再次证明了自己的价值，让在低空侦察中带着几个弹孔返航的苏-24MR相形见拙。
但米格-25RB还是没有逃过俄罗斯空军2010年重大结构调整，沙塔洛沃基地被取消，其米格-25RB转入第7000空军基地（原沃罗涅日空军基地）。
2012年10月，第7000空军基地的米格-25做了最后一次飞行，被苏-24MR取代。俄罗斯空军最后一个操作米格-25RB的部队是远东地区蒙切戈尔斯克第6964空军基地的第98独立近卫侦察航空团，混合装备了苏-24MR、苏-24M和米格-25RB，2015年9月在基地开始翻新跑道后，米格-25RB也随之退出了现役。
2012年8月，退役前夕第7000空军基地的米格-25RB
米格-25是苏联第一种装备了强大雷达和远程导弹的高速战斗机，毫无疑问是一种了不起的冷战战斗机，能面对任何高空/高速威胁。取代米格-25RB的苏-24MR在飞行性能上大幅退步，即使有了图-22MR的帮助，俄罗斯空军的空中侦察能力在米格-25退役后还是明显下降了。