德国空军在二战期间并没有像英国皇家空军一样严格执行标准的涂装要求，所以其涂装也是千奇百怪，有标准的也有不标准的。以下是 Me 109 的一些涂装，以年代为序，从中我们也可以一窥纳粹德国的兴衰。
Me 109 彩色侧面图
Me109E-3
4. Staffel（中队），II. Gruppe（大队），JG 77（战斗机联队）
飞行员：Helmut Henz 中尉（中队长）
波兰，1939 年 9 月
这是一架早期涂装的 Me 109E-3，入侵波兰时使用过，机身上部和侧面的碎片迷彩是由 RLM70 墨绿和 RLM71 暗绿组成，机身底部是 RLM65 浅蓝。机身编号、II. Gruppe 的死神标志和螺旋桨毂盖都是白色，都说明这是一架 4. Staffel 的飞机。
作为识别标记，Me 109 在波兰战场上首次使用了黄色的机头涂装，以免在执行地面攻击任务时被友军的炮火击中；据我所知，德国空军在波兰被友军击中的飞机比比被敌军击中的还多。在之后的地面攻击作战中，黄色的机头被更广泛的使用。II/JG 77 的海鸥盾形标志两侧都有，而 4. Staffel 的死神标志则只在左侧。注意早期小型的十字标志，白边和黑边都很窄，以及初期万字的位置 。
注意黄色三角标注的燃料加注舱口的位置。这架飞机也显了位于机身后部的急救舱口（放有急救包），上面有白底红十字的正方形标志。
Me 109E-1
Stab（指挥部），JG 53
飞行员：Wilfried Balfanz 中尉
德国，洪斯吕克山（Hunsrück），基希贝格（Kirchberg），1939 年秋
这是一架入侵波兰到入侵法国期间的 109E-1，当战争早期飞机上部的 RLM70/71 已经被证明在波兰战场显得太深之后，德国战斗机部队使用了非常特殊的碎片迷彩，机身上部是 RLM70 墨绿，RLM02 灰和 RLM62 绿，底部仍是战争早期的 RLM65 浅蓝。机身上的十字仍是早期的样式白边和黑边都很窄，万字仍横跨垂尾和方向舵的中线。
注意在垂尾上有 1 次击落的标志,就在水平尾翼的前上方。机头上的 JG 53 的黑桃标志是很有名的。但这架 109 看起来相当不寻常：机身上有队部长机的标志（<II），但飞行员只是中尉军衔，有此标志的飞机通常由少校军官驾驶，不过也可以说是奖励王牌而设立的飞机，没有具体的限定。三角形仍由红色与黄色组成。需要提醒的是，德国战斗机的所有可操纵总面上的调整片都被涂成红色 ，以示警告，防止意外损坏。
Me 109E-4
3. Staffel，I. Gruppe，JG 2
飞行员：Franz Fiby 少尉
法国，勒阿弗尔（Le Havre），1940 年 7 月
这架 109E-4 属于著名的里奇特霍芬（Richthofen）（一战德国头号王牌）战斗机联队：JG 2。在不列颠战场时，其基本的涂装饰采用了入侵法国时的标准涂装：机身上部是 RLM71 暗绿和 RLM02 灰的碎片迷彩，侧面及底部是 RLM65 浅蓝。
在法国战场和不列颠战场期间，飞行员喜欢在机身上涂上各种杂乱的斑点和线条，这架 JG2 的飞机上的 RLM71 暗绿斑点看起来与众不同，应为这些斑点都是用短毛刷和碎布团涂上去的，而不是其他部队通常使用的喷枪，其伪装效果的确比使用喷枪更好。 注意这些斑点是如何涂在十字标志的黑边和白边之间的。
万字现在已经移到垂尾前部。螺旋桨毂盖是黑色，桨叶是 RLM70 墨绿。注意在风挡玻璃下边的银色盾牌，其中的著名的红色字母“R”代表里奇特霍芬；机头上是 3.Staffel 的剑形“HORRIDO”标志，这些标志机身两边都有。 机身上的黄色编号同样显示这是 3.Staffel 的战机。
Me 109E-3
Stab（指挥部），JG 53
飞行员：Hans-Jurgen von Cramon-Taubadel 少校（联队指挥官）
法国，维特尔-墨佩尔迪（瑟堡东部）（Thevile-Maupertus，Cherbourg-Ost），1940 年 8 月
关于这架 109E-3 的标志有一段很有趣的故事。由于 von Cramon-Taubadel 少校娶了一个犹太妻子，所以在法国战场期间，戈林他命令所有 JG 53 的战斗机必须去掉他们著名的黑桃标志，并涂上围绕整个机头的红色识别带，象征耻辱。1940 年秋 von Cramon-Taubadel 被免职，戈林允许他们恢复黑桃标志；但作为抗议，所有 JG 53 的飞行员不再使用万字标志。所以在不列颠战场的后期，有些 Me 109 的垂尾上没有万字。
这张侧面图显示了 JG 53 在瑟堡到海峡岛屿（泽西群岛）驻守期间，von Cramon-Taubadel 的战机。其基本的涂装是机身上部由 RLM70 墨绿和 RLM02 灰组成的碎片迷彩，侧面是由 RLM65 浅蓝和 RLM02 灰组成的斑点迷彩。使用了尺寸更大的十字，白边更宽，但黑边仍很窄。
螺旋桨毂盖和联队指挥官的标志（<-—）是黑色，后者由白色的窄边。桨叶是 RLM70。
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Me 109E-4
2. Staffel，I. Gruppe，JG 52
飞行员：Helmut Benneman中尉（中队长） 法国，卡菲尔斯（Caffiers），1940 年 10 月
我使用这架 109E-4 来说明大面积的黄色涂装源于 1940 年秋的不列颠战场后期。有些作者相信这预示着德军将入侵英国，当然，这一切并没有发生；我认为这只能说明德军想在激烈的空战中能更好的辨认敌友。这架飞机上，黄色在最平常的位置：机头和方向舵。当然有些飞机在更多的地方：包括翼尖，水平尾翼，升降舵，和副翼上都使用了黄色。
机头和螺旋桨毂盖是黄色，桨叶是 RLM70 墨绿。上部涂装是 RLM71 暗绿和 RLM02 灰的碎片迷彩，底部和侧面是 RLM65 浅蓝，侧面有 RLM71 的斑点迷彩，机身上的大型十字之后很常见，有更宽的白边。在十字的黑色部分有急救红十字，但底面已经不是白色方块，而是白色圆盘。2. Staffel 的编号是黑色 ，并有白边。机头标志两边都有。