由于大部分火控系统的整合工作已在B-58上完成，所以把AN/ASG-18和GAR-9（现在被称为AIM-47空中拦截导弹）安装进YF-12A的过程很快，这套系统的性能表现也超出预期。虽然生产型飞机将能在弹舱挂载3枚AIM-47，但装满试验仪器的原型机从来没有装满过导弹。
虽然生产型飞机将能在弹舱挂载3枚AIM-47，但装满试验仪器的原型机从来没有装满过导弹
在第一次导弹分离试验中，机载摄像机显示导弹分离姿态异常，如果发动机点火的话，AIM-47导弹就很可能撞到前机身底部。经过调整后，后续测试一切顺利。最终，YF-12A共在测试中发射了12枚实弹，其中7次由埃斯罕驾驶，其余的是美国空军机组。
AIM-47与YF-12A的超音速分离
洛克希德机组YF-12A/AIM-47导弹射击记录：
日期 任务编号 YF-12A编号 速度 高度 目标 目标高度 1965年3月18日 G-11 935 M2.2 19812米 Q-2C 12192米 1965年5月19日 G-13 935 M2.3 19812米 Q-2C 6096米 1965年9月28日 G-15 934 M3.2 22860米 Q-2C 6096米 1966年3月22日 G-18 936 M3.15 22708米 Q-2C 457米 1966年4月25日 G-19 934 M3.2 22860米 QB-47 457米 1966年5月13日 G-16 936 M3.17 22555米 Q-2C 6096米 1966年9月21日 G-20 936 M3.2 22555米 QB-47 海平面
在1966年3月22日的测试中，Q-2C被AIM-47直接撞击尾部
1966年4月25日，与QB-47擦肩而过的AIM-47
整套系统的作战潜力可以从1966年4月25日，60-6934从佛罗里达州埃格林空军基地起飞后在墨西哥湾上空的一次测试中看出来。埃斯罕回忆道：“起飞后，我们向西南方向加速飞行，然后右转向东飞向靶场。乔治·帕森斯是我的火控操作员，他截获到241公里外正在约300米高度以0.6马赫的速度向西飞行的靶机。当时我们的速度是3.2马赫，高度是22860米。尽管是在地面站的引导下飞行，我们仍凭借ASG-18的近距离控制功能接近目标，对正好位于12点的前方目标进行跟踪。我们的相对速度足有3.8马赫，高度差22860米。我们完成了射击准备后在距目标约98公里处发射了导弹，导弹直接撞击了QB-47靶机的左平尾。撞击时我们的雷达仍下视73°锁定着目标。”
埃斯罕（左）和他的火控操作员
这枚没有战斗部的导弹撞掉了QB-47约1.2米长的一块平尾。洛克希德机组进行了7次试射有6次取得了成功，失败的那次是因为导弹陀螺系统故障，这给美国空军留下了极为深刻的印象。防空司令部估计需要采购96架这种大型截击机来取代老化的F-102和F-106截击机机队，生产型编号F-12B。防空司令部准备在马里兰州奥的斯空军基地部署三个F-12B中队来保护美国东海岸，在华盛顿州潘恩空军基地部署另三个中队来保护西海岸，每个中队都装备16架飞机。空军相信凭借这种规模的F-12B机队，他们能保护整个美国本土不受苏联低空轰炸机群的突袭。
F-12B生产型的前机身模型
结局
F-12B的另一大重要亮点就是速度，它比康维尔F-106快得多，后者在拦截苏联亚音速轰炸机时从起飞到发射导弹所需的时间是F-12B的两倍，拦截超音速轰炸机时则是4倍。尽管所有人都看好F-12B，但当时的国防部长罗伯特·麦克纳马拉力挺F-106X方案（后被F-15“鹰”式战斗机项目吸收），仅仅因为有份国家情报评估报告说F-106X是对付苏联轰炸机威胁的最符合成本效益的解决方案。
鸭式布局的F-106X风洞模型，该机的资料可以点击这里
于是，麦克纳马拉在三年中的三个不同场合否决了美国空军要求国会拨款9000万美元启动F-12B生产的提案。1966年7月，“凯利”·约翰逊被指示终止YF-12试飞。形势随后继续恶化，1966年8月5日，约翰逊在他的日志中写道：“我们已经撤出了半数YF-12A试验人员，只维持封存飞机或把它送回伯班克的基本人手，这个项目快完蛋了。”
最终，“臭鼬工厂”在1968年1月5日收到美国空军终止F-12B项目的正式通知，YF-12A项目也在2月1日被正式终结。就在4天前，美国空军命令洛克希德销毁A-12/F-12/SR-71的所有工装，大型夹具被切断作为废品出售。约翰逊在日志中写道：“从现在起的十年内，这个国家将会对停产这一系列3马赫飞机的决定感到非常遗憾。”
YF-12A后来被移交给NASA进行飞行研究