斯大林似乎不大喜欢苏霍伊，不知道和先前苏霍伊没有爽快地接受喀山飞机厂和后来“出花头”要求投产苏-6 的事情有关。按照惯例，各大飞机设计局的总师都被授予将军的军衔。1943 年，各飞机设计局的 52 个杰出设计师被授予将军的军衔，其中包括苏霍伊设计局的两个副总，但苏霍伊本人没有，到死也只是沙俄时代的士官军衔。但苏霍伊德晦气还没有到头。
苏-6 在 1943 年还经过了最后一次改装，将技术始终难以过关的 M71 气冷发动机改成已经在伊尔-2 和米格-3 上成熟应用的米库林 AM42 水冷发动机。两门各自带弹 90 发的 37 毫米炮被两门各自带弹 240 发的 23 毫米炮所取代，炸弹的载弹量也增加到了 400 公斤。1944 年 4 月 28 日到 7 月 2 日之间作国家鉴定试飞，但试飞期间系统故障，燃油漏到发动机排气管里，引起发动机着火。损坏的飞机用了很长时间才等到后备发动机，等到修复的时候可以再次试飞的时候，伊柳辛的伊尔-10 已经定型投产了，毕竟伊尔-10 和伊尔-2 一脉相承，生产和使用上的连贯性更好。采用 AM42 后，苏-6 需要增加 200 公斤装甲防护，AM42 的马力又比 M71 小，所以苏-6 的速度从 M71 时代比伊尔-2 快 100 公里/小时到 AM42 时代慢于伊尔-2。苏霍伊的优秀设计再次出师未捷。
苏-5 采用混合动力，机头下面的进气口就是为喷气发动机用的，喷气发动机用螺旋桨发动机带动压缩机
二战结束前，苏霍伊还试演了几种混合动力的试验型战斗机。苏-7 是在苏-6 基础上去掉装甲和炸弹舱再增加火箭助推而成的。试飞表明，火箭助推的工作十分不可靠，而速度的提高没有预计的高，只增速 75-90 公里/小时。苏-5 则是另一种混合动力战斗机，用活塞式发动机驱动压缩机，在后机身的燃烧室里点火做功，和米格的伊-250 同出一辙。这些混合动力的战斗机最后证明都是死路，但苏霍伊从中获得了宝贵的高速飞机的经验，对日后喷气飞机的设计不可或缺。
苏-8 是一种大型双发远程攻击机，还是没有投产
此外，苏-8 是一种双发、双座的大型远程攻击机，用于攻击敌后纵深目标，夜没有投产。1946-47 年间，苏霍伊设计了苏-12，这是一架双发双座观察机，用于侦察、炮兵校射甚至轻轰。苏-12 可以单发安全飞行，操纵稳定中性，甚至可以在平飞中双脱手飞行，这在 40 年代的苏联战术飞机中是很罕见的。苏-12 的续航时间长达 4 小时，很受军方欢迎。这是苏霍伊最后的活塞式飞机。
云开雾聚
二战的乌云终于散去，但苏霍伊面前的迷雾反而更加浓郁。
第二次世界大战后期，德国的梅塞斯密特 Me 262 喷气战斗机改变了空战，一夜之间，世界各国的空军都疯狂地卷入了喷气化，苏联也不例外。由于苏联自己的喷气发动机尚未过关，苏联将缴获的现成的德国技术国产化，在 1945 年把推力为 900 公斤的 Jumo004 作为 RD10 投产，推力为 800 公斤的 BMW003 作为 RD20 投产。按照分配，苏霍伊设计用 RD10 设计双发战斗机，代号苏-9。
苏-9 是苏霍伊的第一个喷气战斗机设计，外形酷似德国 Me 262，这也成为日后霉运的一个缘由
苏霍伊在喷气时代的赛跑中落后了一步。苏霍伊在 1944 年就开始了喷气飞机的研究工作，但二战期间，苏联飞机设计师波利卡波夫和叶莫拉耶夫相继去世，他们的设计局解散，他们的设计和现有型号的改进、生产组织就交给了苏霍伊。二战期间，苏联最高领导层急需一架高速、舒适、安全的高干专用客机，以满足战时的交通需要。苏霍伊受命把叶莫拉耶夫 Yer-2 尽快按照这个要求改装。另一方面，图波列夫的图-2 轰炸机受到空军的高度评价，面对大量服役的图-2，缺乏机组人员的空军急需专用的教练机以加速训练，这个任务也交给了苏霍伊，最后设计出 UTB-2。这些临时任务的好处是苏霍伊获得了叶莫拉耶夫的伊尔库茨克飞机工厂，日后成为苏霍伊战斗机的重要生产基地。这些零时的紧急任务占用了苏霍伊大量的时间，但苏霍伊克服了重重困难，迎接了喷气时代的挑战。
双发战斗机的总推力大，对发动机的可靠性没有单发敏感，也可以具有更大的起飞重量，装载更多的燃油、武器，具有更高的速度和更大的航程。米格设计局也分配到 RD10 发动机和双发布局，米格-9 在走了一段翼下双发的弯路后，最后决定把两台发动机紧闭并列，放在机头。苏霍伊则依然把两台发动机放在传统的翼下。在喷气时代的早期，这是一个很流行的布局。这样的布局有利于空出机头布置航炮，甚至安装雷达，吊挂在翼下的发动机对机身尺寸没有要求，也容易处理换装不同发动机的情况。缺点是迎面面积增加，迎风阻力较大，而且沉重的发动机吊挂在远离机身中轴线的两侧，滚转惯性大，不利于机动性的提高。
这是一架酷似 Me 262 的双发喷气战斗机，当然针对苏联的战场情况和作战要求做了大量修改，如加强了起落架。为了减轻重量和增加速度，苏霍伊采用了较高的翼载，也就是说，单位翼面积需要产生较大的升力。这使得起飞、着陆速度较高，滑跑距离较长。苏霍伊采用火箭助推起飞和阻力伞缩短起落距离，其中阻力伞的采用是苏联第一。为了增加飞行员的生存力，苏霍伊设计局还自行设计，用火药助推实现了弹射座椅。
1946 年初，设计和全尺寸模型完成，图纸交给负责试飞飞机制造的工厂。7 月底面静态测试开始，发动机交付拖延，所以也正好等待。10 月中，地面静态测试完成，发动机安装完毕。11 月 3 日，苏-9 首飞。在以后的试飞中，试飞员希亚诺夫对苏-9 的一般飞行性能表示满意，操纵容易，单发失效时甚至还可以双脱手稳定飞行，但高速飞行时操纵较沉重。
1947 年 8 月 3 日，在苏联传统的土西诺航空节时，苏-9 参加了空中列队通过，有著名试飞员安德烈柯切托夫操控，他是米格设计局的米高扬的大学同学。8 月 18 日，苏-9 移交空军的试飞中心作国家鉴定试飞。基于试飞经验，苏霍伊在苏-9 上首次采用还采用了当时最新的液压操纵副翼等先进技术，以解决高速飞行时操控沉重的问题。带液压助力的苏-9 在 48 年 3 月 27 日到 5 月 25 日之间再次试飞，其间共飞行 5 小时 13 分钟，测试了带和不带液压助力情况下在不同高度下杆力和偏转角之间的关系。在 1946 年 10 月 12 日到 1948 年 5 月 26 日其间，共试飞 136 次，累计 58 小时 58 分钟，海平面速度达到 847 公里/小时，8,000 米高空速度达到 885 公里/小时，升限 12,000 米，航程 1,200 公里，续航时间 1 小时 44 分钟。