V11、V12、V13 及其他原型机
V11、V12、V13 这三架预试生产阶段的飞机主要用来测试新的 DB 603E 发动机。该发动机带有一个巨大的增压器和 GM1 氮氧喷射紧急动力装置。
V11（W.Nr.310189）成为了 He 219A-0/R6，并且采用了与 A-1 系列相同的武器：翼根处的 2 门 MG 151 20 毫米机炮及腹部的 2 门 MK 108 30 毫米机炮。它后来在着陆时发生了事故，但得到了修复。并且和 V16 号机一起参加了 He 219A-5 项目的测试。
V12：最终 DB 603E 发动机由于生产方面的原因只安装在了 V12 号机上。
V13：安装是常规的 DB 603A 发动机。
V16：V16 最初用来对整体设备和武器作总体测试。后期则接替 V20 及 V22 号飞机进行 He 219A-5 项目的测试。后部的 MG 131 机枪被取消。
V19：第一架搭载“斜乐曲”（schräge Musik）系统的 He 219。该系统由两门成 65 度角向斜上方布置的 MK 108 30 毫米机炮（每门配弹 100 发）组成，专门由下方射击英军轰炸机防御较弱的腹部，配合“里希施泰因 SN-2”机载雷达一起在 43 年底-45 年成为了英军轰炸机群的噩梦。该系统测试于 43 年 8 月。它后来开始在 A5 系列上出现，到 A7 系列已经成为标准配置。
V20 及 V22：He 219A-5 项目的原型机。按照 R2 标准配置的装备。
V25、V26 及 V27：装备 DB 603G 发动机的高空夜间战斗机原型机。A7 型号。
V28：He 219A-5 项目的测试机，装备的是 DB 603A 发动机而不是 DB 603 E。R3 标准配置。
V30：He 219A-5 项目的测试机，R4 标准配置。
一架装备有“斜乐曲 schräge Musik”系统的 Ju 88
He 219A-2
当戴姆勒公司的 DB 603E 及 G 型发动机不能及时提供时，动力不足的 A1 型号（装备 DB 603A 发动机的侦察/轰炸机）被取消，A2 项目开始。1943 年 7 月，第一架 He 219A-2 的原型机，正式编号 He 219 A-0/R3 的“猫头鹰”完成了。A2 系列的特点：
• 延长的发动机舱（与 V3 相同）
• DB 603A 发动机
• 机体内携带 2,700 升燃油
• A-2/R1 的装备= 腹部武器舱下的一个 900 升副油箱挂架+ 2 门翼根处的 MG151 20 毫米机炮+ 2 门腹部武器舱里的 MG151/MK108 机炮+ “斜乐曲”系统。
由于生产方面的问题 A-2/R1 直到 43 年 10 月才开始装备空军部队。第一批的 10-15 架 A2 配备有 FuG 212“里希施泰因”C1 雷达（雷达有效距离约 4-6km，只能捕捉位于前方 70 度圆锥角内的目标。所以非常依赖地面引导及控制系统），后期的则配备 FuG 220“里希施泰因”SN-2 雷达（雷达有效距离约 4km，但可以破解英军的“谷糠”电子干扰措施），可以从后者那大大的四根鹿角状天线上看出来。有些先交付的 He 219 在后期安装 SN-2 雷达时保留了 C1 雷达，尽管机头的一大堆大小天线会严重影响飞行速度。到年底为止，共有 26 架 He 219A-2/R1 飞机交付作战单位，主要是 NJG 1。在 1943 年 11 月，西线夜空中的战争形势已经十分严峻。英军继在夏天里用“火风暴”摧毁了汉堡，成功突击了德国佩内明德武器发展中心、鲁尔工业区以后，将目标转到德国的首都柏林上来。NJG 1 也从荷兰的文洛转移到本土，参加柏林的空中防御。
He 219A-5
1943 年底第 12 夜间歼击航空军（Nachtjagdfliegerkorps XII 负责整个西线的夜间防御）解散，由此亨克尔丧失了卡姆胡贝尔将军这个最忠实的盟友和“猫头鹰”项目的最有力捍卫者。卡姆胡贝尔被派到北欧出任第 5 航空队司令，但手下一共只有 200 架飞机可以用。职务的重要性与以前不可同日而语。事实上是因为 43 年下半年的不利夜战局面而被降职了。
但由于当时的 Ju 88G 夜间战斗机还远未达到实用状态，所以米尔契对 He 219 的“死刑判决”延期了。43 年底的空军生产部门联席会议上。亨克尔接到了带有三项选择的“最后通牒”：1）达到每月 100 架 He 219 的生产能力；2）在施魏切特工厂每月生产 50 架，而在曼瑞纳亨工厂转产 Ju 88G；3）停止 He 219 的生产，在曼瑞纳亨工厂转产 Ju 88G，在施魏切特工厂则转产 Do335“箭”（当时甚至连一架原型机都没有！）。作为回复，亨克尔递交了 He 219A-3（装备 DB 603G 发动机的战斗轰炸机机型）及 He 219A-4（装备 Jumo 222 发动机的侦察机机型）的计划，主旨是改变 He 219 单一用途的印象，以躲避空军技术部门里那充满着病态情绪的横加指责。结果反而是把卡姆胡贝尔将军气得要死，唯恐进一步的夜间战斗机改进计划受到冲击而接连向帝国航空部提出抗议，当然也没有得到丝毫成效。
亨克尔的苦心毫无收益，计划被拒绝了。但继续发展 He 219A-2/R1 后继型号的努力已经开始了，那就是 He 219A-5。预试生产的原型机是 V16 号机。A5 也是主要的 He 219 生产型号。
A5 拥有以下特点：
• 2 门翼根处的 MG151 20 毫米机炮+2 门腹部武器舱里的 MK108 机炮+ “斜乐曲”系统中的 2 门 MK 108 机炮。
• DB 603E 发动机（第一架交付时依然使用 DB 603A 发动机)，使用 C3 燃油时为 1,800 马力，使用 B4 燃油时为 2,150 马力。
• 起飞时使用 MW 50 喷射系统以使发动机达到 2,400 马力的输出功率，但实际上没有一架 A5 飞机达到过这个数字。
左：安装在 He 219 机翼中的 MG151 机炮，贯通机翼主桁，炮口突出于机翼前缘 右：He 219A-5 机身下部武器舱特写，显示了 MG151 机炮的检查孔
A5 系列不同型号的装备
• R1 2门腹部武器舱里的 MK108 30 毫米机炮
• R2 2 门腹部武器舱里的 MK151 20 毫米机炮
• R3 2 门腹部武器舱里的 MK103 30 毫米机炮
• R4 三人座舱，带有向后发射的 MG 131 13 毫米机枪，前机身延长 80 厘米（最大速度损失了约 35 公里/小时）
• U2 DB 603G 发动机代替了 DB 603E
“蚊子猎手”He 219A-6
专为对付极端讨厌的英军“蚊式飞机”而设计，拥有以下主要特点：
• 撤除防护装甲板（以提高速度、升限和机动性能）
• “L108 Z”武器组 = 2 组 MK108“斜乐曲”系统（45°及 85°斜向布置)
• DB 603L 发动机 = 在 DB 603E 的基础上增加两级增压器，配备 GM1 和 MW50 喷射系统，1,400马力
• 满载起飞重量 11.95 吨
• 最大速度 650 公里/小时
He 219A-7
1944 年春天。“猫头鹰”的春天也来到了——米尔契的职责被军备部长阿尔伯特.斯佩尔取代。而亨克尔的宠儿出现在了新任军备部长的优先生产武器名单里。可这时盟军的轰炸几乎已经使得 He 219 的生产基本停止了，满足前线的需求成为根本不可能的事。
同时在这时，戴姆勒.奔驰公司已经可以正常交付 DB 603G 发动机了。这使得 A7 系列的诞生成为现实。A7 系列拥有双座增压座舱，带有重型防护装甲。新的座舱防弹玻璃和防护装甲板使得飞机重量上升了 200 公斤。弹射座椅也成为标准配置（但实际上许多飞行员都不敢使用它，而宁愿爬出座舱。引爆座椅下的火箭在当时看来跟自杀一样）。航空电子学方面也有很大改进，除了 FuG 220 机载雷达及 FuG 101 无线电高度仪外，还配备了 FuBl 2F 归航方向指示系统——今天的机场盲降系统就是在其基础上发展起来的。
A7 系列的装备
• R1 2 门翼根处的 MK 108 机炮+腹部武器舱里的 2 门 MK103 机炮和 2 门 MG151 机炮
• R2 2 门翼根处的 MK 108 机炮+腹部武器舱里的 2 门 MK108 机炮和 2 门 MG151 机炮
• R3 2 门翼根处的 MG151 机炮+腹部武器舱里的 2 门 MK103 机炮和 2 门 MG151 机炮
• R4 2 门翼根处的 MG151 机炮+腹部武器舱里的 2 门 MG151 机炮，这是主要生产型号。还配置有后部预警雷达
• R6 装备 Jumo 222 发动机的实验型号
He 219A-7/R2 线图
He 219A-7/R4 线图
整个 He 219 项目最终在 44 年 5 月被全部终止了，但亨克尔却依然在施魏切特工厂小批量地生产 He 219（主要供应第 1 夜间战斗机联队和第 10 夜间战斗机大队）。甚至在 1945 年他还造了 54 个机体，使得 He 219 的机体制造总数达到 294 个，其中 268 架最终投入使用。1944 年 11 月 2/3 日夜里，1 架 He 219 还在 12 分钟里击落过 6 架轰炸机。
可是随着时间流逝，飞机的损耗日趋严重。1945 年 1 月 10 日，第 1 夜间战斗机联队所属第 1 大队编制里有 64 架 He 219，但实际只有 45 架可使用。事故率上升很快，以至于后期的 He 219 使用手册里甚至包括如何从坠毁的飞机残骸里抢救飞行员的规程。因为飞机紧缺，而 He 219 的装配又不是很复杂，所以据资料记录存在着 6 架没有“出生证”（出厂记录）的、由空军机械师在野战机场上用损坏飞机的部件及备件拼装的 He 219 投入过战斗。其中的 2 架最终被苏军缴获，1946 年在捷克以 LB-79 的代号进行过试飞。
战争结束时被丢弃的 He 219