AN/APG-73雷达
部分lot 27-29批“超级大黄蜂”安装了雷神AN/APG-79有源相控阵雷达，并全面引入Lot 30批的生产线。波音公司于2005年4月在圣路易斯公布了首架安装相控阵雷达的“超级大黄蜂”，雷达的固定天线阵列和电控敏捷波束能实现同时对空空和空地目标进行探测和跟踪。
相控阵雷达还大大提高了武器系统的探测距离，并具有高分辨率合成孔径雷达地形测绘和瞄准能力。130多架较早出厂的Block II飞机后来升级了AN/APG-79，目前机队中有约85%的飞机配备了该雷达。
AN/APG-79雷达
“经典大黄蜂”最初配备了AN/AAS-38“夜鹰”前视红外瞄准吊舱（TFLIR），需要配合AN/ASQ-173激光光斑跟踪器/攻击摄像机（LST/SCAM）吊舱使用，后者最后被AN/AAR-50前视红外导航吊舱（NAVFLIR）的夜间攻击型取代。
AN/AAS-38“夜鹰”前视红外瞄准吊舱
AN/AAR-50前视红外导航吊舱（NAVFLIR）
AN/AAS-38后期型升级了激光目标指示/测距（LTD/R）和激光光斑跟踪功能，能独立引导激光制导弹药。
“超级大黄蜂”最初装备AN/AAS-46前视红外瞄准吊舱（TFLIR）和前视红外导航吊舱（NAVFLIR），最后被AN/ASQ-228先进前视红外瞄准吊舱（ATFLIR）取代，把传统的双吊舱功能合二为一。
AN/ASQ-228先进前视红外瞄准吊舱（ATFLIR），就是最近拍下UFO的那个
最近，AN/ASQ-228 ATFLIR吊舱升级了向远程作战视频接收（ROVER）地面站下传实时视频的能力，让“超级大黄蜂”能够执行非传统的情报、监视和侦察（ISR）任务以及近距空中支援（CAS）任务。
尽管美国海军的“经典大黄蜂”最终整合了ATFLIR吊舱，但海军陆战队在2004年为自己的机队选择了AN/AAQ-28 LITENING AT瞄准吊舱。
由于没有适配挂架，陆战队只能把AN/AAQ-28挂在机腹中线
陆战队还装备了具有侦察能力的F/A-18D（RC），该机在机鼻内安装了托架式AN/ASD-10先进战术机载侦察系统（ATARS），取代了M61机炮。侦察系统包括一部低空光电传感器（LAEO）、一部中高度光电传感器（MAEO）、一部红外行扫描仪（IRLS）、两台数字录像机和一个吊舱式数据链。1999年5月，该机首次参加了“盟军”行动作战。
具有侦察能力的F/A-18D（RC）
美国海军的“经典大黄蜂”不具备侦察能力，而“超级大黄蜂”则可挂载雷神AN/ASD-12共享侦察吊舱（SHARP）。这种高分辨率数字战术空中侦察系统首次部署于2003年，具有昼夜和全天候能力。
AN/ASD-12吊舱挂载于中线挂架，这种高分辨率的多传感器吊舱能提供近乎实时的双波段光电/红外（EO/IR）中高空远距离图像。
挂载AN/ASD-12侦察吊舱的“超级大黄蜂”
“超级大黄蜂”刚投产时，其航电系统与F/A-18C约有90%的通用性。座舱的改进在于具有新的彩色多功能显示器（MFD），增加了发动机/燃油显示器及一个单色前上方控制显示器（UFCD）。“超级大黄蜂”还配备了AN/USQ-140多功能信息分发系统（MIDS），通过Link 16数据链进行抗干扰保密数字语音和数据通讯。
“超级大黄蜂”（下）的前座舱与F/A-18C（上）区别不大
“超级大黄蜂”是美国海军第一种装备联合头盔提示系统（JHMCS）的战斗机，能在多种任务中增强飞行员的态势感知，并支援大离轴角发射AIM-9X。MIDS和JHMCS两个设备目前已经集成在“经典大黄蜂”上。
