B-36C模型的模糊照片，为了安装VDT发动机，螺旋桨改成了拖拉式
另一种4发布局的B-36C设计构型
可变流量涡轮（VDT）发动机叶之目的是为了充分使用活塞发动机的排气推力，这也是一个无奈之举
R-4360-51 VDT发动机原理图，注意CHM-2涡轮增压器的蛤壳状喷管
康维尔称VDT发动机能使B-36的最大速度达到660千米/时，实用升限达13710米，挂载4580千克炸弹时的航程达到16100千米。不过VDT发动机需要把推进式螺旋桨改为拖拉式，这样才能利用喷气推力，所以需要对整架飞机进行重大修改。
VDT发动机原本是为波音B-50的改型——XB-54研制的。1947年中期，康维尔提出把100架B-36订单中的34架改为安装VDT的B-36C，序列号从44-92065~92098。为了抵消把一架B-36改装成B-36C原型机的成本，康维尔建议砍掉生产合同中的3架B-36。1947年7月空军参谋长斯帕兹将军批准了这个计划。
波音B-54想象图
B-36C的VDT发动机舱木质模型
但是在美国空军飞机和武器委员会决定把B-36仅作为核轰炸机使用后，空军认为根本无需装备B-36C，而且改用VDT发动机还会使进一步推迟B-36的交付，进一步推高成本。1947年8月22日，空军砍掉了B-36C原型机。
这没有阻止康维尔继续推动VDT，1947年9月4日，他们再次建议把100架B-36中的最后34架改为B-36C。康维尔说34架B-36C增加的成本可以通过把100架B-36订单削减为95架来消化。康维尔声称B-36C对整个项目延误不会超过6个月，甚至建议把剩余的B-36A/B也升级成B-36C。
1947年12月5日，空军原则上接受了康维尔的建议，但否决了把61架B-36A/B升级成B-36C的提案。但此时康维尔把VDT发动机装在B-36上的尝试彻底失败了，他们发现散热系统并不能满足发动机高空运转时的冷却需要，限制了发动机的性能，这彻底粉碎了康维尔所宣传的B-36C性能预计。1948年初，B-36C项目被悄悄终止，44-92065~92098最后还是按B-36B规格交付。
B-36C想象图，下方是B-32和B-24轰炸机
B-36大战超级航母
1948年春，空军再次考虑取消整个B-36项目。此时战略空军司令部已经对把B-36当做远程战略轰炸机失去了信心，并认为这种相对缓慢的轰炸机只适合执行海上搜索和侦察任务。而执行这些任务也就没有必要安装VDT发动机了。此时康维尔已经生产了22架B-36A，虽然许多空军官员还是倾向于B-50，但是试飞表明标准型B-36以巡航速度飞行时的航程远超过B-50，而且升限更高、载弹量和作战半径更大。现在看来B-36也许比所有人预料的都好，任何草率的削减都可能是错误的，空军决定推迟做出最终决定。
也许是苏联把B-36项目从频临取消的边缘拯救了回来。1948年6月18日，苏联开始封锁柏林，面对苏联咄咄逼人的态势，空军部长W·斯图尔特·赛明顿在1948年6月25日决定保留B-36项目，因为该机是当时美国唯一的洲际轰炸机。肯尼将军也赞同了该决定。已经订购的B-36C VDT将改为B-36B交付，确保空军能获得100架B-36中的95架，5架B-36被砍以弥补通胀和B-36C项目来回折腾的成本。
在1948年秋B-36B开始进入战略空军服役时，空军已经拥有了59个大队，还想进一步扩展到70个大队。但美国政府开始遭遇严重的预算紧缩，哈里·杜鲁门总统希望把1949财年的国防预算控制在11亿美元以内。美国三军立即开始为争夺预算互相争吵，1949年1月中旬，空军被迫取消多种战斗机、轰炸机、运输机的订单。但1948年10月上台的战略空军司令寇蒂斯·E·李梅将军在此时建议增购B-36，将军表示需要加大B-36的机队规模，与即将到来的B-52一起使用才是正确的道路。后来还有人建议取消波音B-54项目来采购更多的B-36。总统在4月8日和5月4日先后两次批准了增订建议并追加了资金。
寇蒂斯·E·李梅将军
根据1947年的国家安全法，美国成立了国防部（詹姆斯·V·福莱斯特是首任部长）和独立的空军（1947年9月18日正式成立）。这引发了军种之间的许多竞争和争吵，尤其是美国海军和美国空军之间。海军不满空军对核武器的垄断，提出建造一级能作为移动基地实施核打击的超级航母。1949财年的造船计划中就包括一艘全新的“美国”号航母（CVA-58），这种超级航母能使海军拥有核打击能力，空军对此表示强烈反对。海军和空军在1949财年国防预算大削减中都被迫放弃了许多重要项目，他们之间的对立变得更尖锐。国防部长福莱斯特和参谋长联席会议试图调和两军的分歧，为此在佛罗里达州和罗德岛分别召开了特别会议，确认空军是战略作战的主力。
在1949年1月20日的杜鲁门就职典礼上，5架B-36编队飞过白宫，显示出美国空军对这种战略轰炸机的重视
