2014年6月，波音报告了2.72亿（一说4.25亿）美元的额外开支，这是用于布线重新设计问题的。波音767像很多民航飞机一样，有大量的机内走线，其中一部分是电力电线，更多的是信号电线。民航飞机有很严格的安全要求，电线的布线很讲究。70年代道格拉斯DC-10接二连三坠毁，最后查明，部分原因在于电线集中布置在机舱地板下。虽然这样布置很经济，占用有效空间最少，但一旦由于任何原因地板坍塌，就会切断所有电线，造成失控坠毁。这以后，所有布线都从机舱顶棚里走，避免地板坍塌导致失控的问题。但军用有另外的要求，尤其是抗战损要求。美国空军规定，有些系统的电线需要双重甚至三重冗余。不仅如此，还要求电线之间有足够的物理间距，确保不至于因为战损而一损俱损。另外，军机对于屏蔽有较高要求。这是双向的，屏蔽不仅确保本机电子系统相容性，也是对电磁攻击（包括核大战条件）的基本防护。这是民航飞机没有的要求。
波音按说对民航和军航的差别很熟悉了。且不说从麦道那里接收过来的C-17运输机，波音研发的KC-767就是按照军标研制的。但出于尚不清楚的原因，波音犯了很低级的错误，全然没有意识到电线间距的要求，至少有5-10%的电线间距不符合美国空军的要求，或者是屏蔽达不到要求。布线不像隐身涂料那样高大上，但机体内空间有限，不是什么地方都可以走线的，也不是什么地方都可以提供有效屏蔽，如何在安全、可靠而又有足够间隔的条件下走线、提供屏蔽，并不简单。波音767基本型有大约70英里（约113公里）的布线，波音767-2C再增加50英里（约80.5公里）的布线，工作量可观。2014年9月，波音证实，布线重新设计将推迟首飞，从2014年6月推迟到11月，最后在12月28日实现首飞，从西雅图北郊的佩恩机场飞到南郊的波音机场，当然途中还做了基本的适航性检查，历时3.5小时。波音本来计划在2014年完成400小时的试飞，结果这3.5小时成了2014年的全部试飞。如果不是死活赶在年底之前首飞，可能就一点试飞时间都没有了。这还是波音767-2C的标准，还未装上加油系统和军用电子系统，不是全规格的KC-46首飞。
2015年7月，波音宣布，另外拨款8.35亿，用于纠正综合燃油系统的设计错误。在测试中发现，综合燃油系统的分配总管不符合设计要求，在受压耐久性测试中出现裂纹和泄漏，要重新设计。虽说不影响短期使用，但寿命大大低于设计寿命，不能交付。综合燃油系统是原有机上燃油系统的扩充，整体管理本机使用的燃油与可供向其他飞机输送的燃油。除了加油系统（KC-46有美国空军标准的硬式和美国海军标准的软式两种系统）外，这是加油机的核心系统了，也是波音自诩的传统强项。综合燃油系统是最后装上飞机的，要改动设计，牵涉面也最大。波音已经增调人手，甚至从民航机部门抽调燃油管线部门的人员，加速设计修改、新零部件的制造、改装和认证过程。波音已经在制造4架试飞飞机和2架早期生产型飞机，这些飞机统统要按照新的综合燃油系统改装。
KC-46A的飞杆采用了更复杂的控制翼面
加油控制台采用了3D显示技术，操作员需要佩戴3D眼镜
这还是在全规格KC-46尚未首飞的情况下，不能排除试飞过程中发现新的问题的可能性。美国空军和波音签订KC-46研发协议时，特意预留6个月的余量，以防万一。在很长一段时间里，波音信心满满，认为可以提前完成协议。但布线问题已经把6个月的余量吃得差不多了，综合燃油系统的影响现在还不清楚。美国空军依然认为，2017年8月前交付18架可供作战使用的KC-46还是做得到的，只是波音已经没有任何差错的空间了。
对于波音来说，综合燃油系统差错造成的计划推迟也是非常地恼人。为了赶时间，波音采用平行研发和初始生产的做法，在KC-46还没有首飞的时候，不算4架试飞用飞机，已经开始最初两架生产型的制造。但正式的低速生产（简称LRIP）还是需要美国空军批准才算数，此前波音投产的两架飞机在拨款和规格上都是波音自己的事，美国空军没有责任认账。波音在这里冒了一点风险，但并不是很大的风险。波音在美国海军P-8巡逻机（以波音737为基础）项目上也是这样，还没有得到LRIP合同就开始生产了。这使得波音更有把握可以满足交货进度要求。但首飞推迟使得这一切复杂化了。
对于KC-46来说，“里程碑C”（Milestone C）现在从2015年8月推迟到2016年4月了，涉及合同价值30亿美元。“里程碑”是美国国防采购系统里的说法，“里程碑A”指启动技术实用化与风险控制研究，相当于技术验证阶段；“里程碑B”为启动工程研发，这是具体型号研制；“里程碑C”为启动低速生产。对于KC-46来说，“里程碑C”将包括2016年交付的7架LRIP第一期和2017年交付的12架LRIP第二期。现在看来，在最好的情况下，总数达2400小时的试飞中的大部分也将在“里程碑C”签订之后进行，大大增加了大批返修的风险。现在综合燃油系统之外的各种测试已经完成90%，问题是，原计划2015年9月要进行KC-46首飞，但7月30日《西雅图时报》报道，综合燃油系统测试又出了蹊跷。波音在测试的时候，用了不规范代用品。更糟糕的是，代用品不符合规格，导致测试结果作废，进一步推迟了已经晚点的计划。又是一个低级错误。所幸KC-46的空中加油测试需要与19种（第一阶段8种，第二阶段11种，包括KC-46之间的互相加油）飞机对接、加油，但不包括F-35，至少不必担心受到F-35进度的拖累了。
KC-46A不仅需要测试飞杆，还需要测试锥套系统
近几十年来，美国新型军用飞机研发计划大多遇到严重的进度和成本问题，但通常技术难度都是重大因素。F-22、MV-22这样的突破性项目就不说了，C-17运输机将战略运输机的运力与战术运输机的起落能力结合在一起，F-35将隐身、高度态势感知、STOVL和低成本结合在一起，都具有很大的难度和技术风险。但一般认为，KC-46不属于开拓技术前沿的高难度项目，波音也从来没有以技术难度或者技术不定性为自己开脱，可波音还是一次又一次地被低级技术错误所困扰。对于这样“成熟技术的低风险组合”项目，为什么老资格如波音会一再出低级错误，众说纷纭。有一个可能的原因是深层的技术实力流失。