由于机身中间被发动机占据，所以X-32的弹舱只能布置在两侧
而机身材料方面，X-32起初采用热塑性树脂为基底生产的新型复合材料，此种材料具有耐热的优点，同时也十分坚固，但最后却发现加压釜中会产生裂痕，而被迫放弃此种材料。
后勤部分波音下足了功夫，得益于长期经营民航机市场的经验，波音对于后勤维修方面深具信心，除了X-32本身的诸多设计便可降低维修成本外，搭配JDIS联合信息分配系统及多种商用软硬件而成的X-32维修体系都大幅降低了成本、人力及时间，波音宣称还能在24小时内将零件提供至全美任一地方，48小时内零件则可运达求全任何一个角落。
在1997年JSF项目公布JIRD-2标准，主要阐述了JSF项目所需的支持性及成本需求，以及后勤维修部分，来年1998年公布的JIRD-3则要求航电需求，海军方面还将燃料与载弹量自3630千克提高到4080千克，同时要求 降低着舰速度。
然而1997年年底，X-32细部设计完成时，波音却惊觉X-32大面积三角翼所提供的升力不足以满足军方对于JSF的性能要求，其中最为严重的部分在于航舰起降的性能。
X-32的无尾三角翼布局因海军降低了着舰速度而变成鸡肋
对于将战斗机部署于航舰上的美国海军而言，三角翼战斗机往往带来许多麻烦，过去唯一一款无尾三角翼设计的舰载机F4D天光仅仅服役8年就退役。
无尾三角翼虽然有着高速、大升力、高爬升率等优点，但缺点也是显著的，早期低空性能奇差，直到1970年代线传飞控系统问世才补救了该构型的低空性能，但由于只依靠机翼后缘的襟翼控制俯仰，无尾三角翼战斗机的起降距离往往会较长，着陆/着舰速度也较高，而航舰的有限空间明显无法容忍此缺点。
对于军方更动JSF性能需求，使得升力不足这一点，洛克希德选择将X-35舰载型的机翼面积增加，在透过折叠的方式节省航舰机库空间，但波音厚实的三角翼设计却无法折叠，至使波音不得不大幅修正X-32，推出373构型，该构型将主翼大幅修正，翼前缘后掠角不变，但主翼后缘自前掠20度改为后掠20度，并增设水平尾翼，缩小了主翼面积，并向后延伸遮蔽了二维矢量喷管，但整体而言的翼面积仍比原先多上许多。
X-32从无尾到有尾的进化
波音JSF最终量产型想象图
除主翼设计的更动外，机首起落架重新设计，进气口位置较为前移，以后掠式进气口取代了前掠式进气口。诸多研改下，X-32 373构型的重量有所减轻，高攻角飞行能力及隐身性能则上升，但外观上X-32粗短的特色并未改变。
373构型在1999年2月正式公开，但即便373构型修改后符合了军方的性能需求，对于X-32的原型机仍无太大帮助。当时X-32两架原型机已组装八个月，这些修改全无法套用在完成度相当高的X-32原型机上，故两架原型机是沿用370构型的设计进行制造。
X-32的整体机翼复合材料蒙皮
波音则表示，一旦X-32在JSF案胜出，正式量产型将以374构型——373构型的进一步修改版——生产，而370构型已经能达到美国军方的性能需求，374构型只会更上一层楼。
波音JSF的最终设计定格在了988-374构型上
988-374构型全尺寸模型
但这样宣称是毫无说服力的，X-32立刻面临外界的质疑声浪，多数人认为，原型机和量产型有着如此大差距的情况下，即便原型机表现出不俗的性能，也根本无法保证量产型会有同样优秀的表现，且量产型还得再重新飞过验证一次，徒增成本，风险及开发时间将大幅上升。
虽然美国政府对于这项临时更动设计的决定表示同意，但这项临时改动一般被认为是波音落败的重要因素之一。
撇除这项不利因素，波音在起初还算一帆风顺的。
1999年年底，波音在记者会上展示X-32，令人震惊的是X-32的组装速度，波音不仅仅开工了一架X-32，而是两架，包含已经组装完成、安装发动机的传统起降型X-32A及仅尚未安装发动机的STOVL型X-32B，当时X-35的原型机仍距完工还有一段距离。
发布会上同时展出的X-32A/B
X-32A在2000年9月18日成功首飞，进度领先洛克希德的X-35A整整一个月，而试飞过程中也展现出不错的机动性，有趣的是舰载型X-32C和X-32A是共享同一机体的，透过先进到令飞行员叹为观止的模拟技术，X-32A/C两款不同功能的型号能在同一架机体上展开测试。
