VFA-213 的这架 F/A-18F 前座装备了 JHMCS
“超级大黄蜂”可挂载雷声公司的共享式侦察吊舱（SHARP）。该吊舱是一种全天候侦察系统，可挂载在机腹挂架，用于取代 F-14 的 TARPS 侦察吊舱。
共享式侦察吊舱（SHARP）
“超级大黄蜂”还可挂载 ASQ-228 先进战术 FLIR 吊舱。该系统整合了前视红外传感器、激光光斑跟踪器和激光指示器，可在几乎任何气候条件下精确识别和跟踪目标。与之前的系统相比有更大的武器投射距离。该系统还具有持续自动视轴对准能力，提高了第一次通过就击杀的成功率。该吊舱还能与 APG-79 的新模式相整合，提供了高分辨率合成孔径雷达绘图能力。与 F/A-18C/D 一样该吊舱安装在机身左侧的进气道下方挂架。
为“超级大黄蜂”挂载 AN/ASQ-228 先进战术 FLIR 吊舱
“超级大黄蜂”具有新型多功能信息分发系统低容量终端（MIDS-LVT），通过综合不同来源的数据为飞行员提供了近实时的态势感知能力。该系统能通过高容量抗干扰的数据链与其他飞机交换数据。可提供敌我识别功能、增强战术空中导航能力，减少误击事故。
“超级大黄蜂”项目制定了定期升级计划。2001 年 Block I 升级项目启动，安装了新型 DMV-179 单板任务计算机，取代了 AYK-14。新计算机使用货架技术并采用开发的 C++架构，升级更加容易。同时引入了更先进的电子战套件、先进任务显示器和 JHMCS 头盔。Block II 升级始于 Lot 26 批次，继承自 F/A-18C/D 的两个多功能显示器被更先进的显示器取代，安装 APG-79 相控阵雷达，更先进的 F 型后座舱，采用了大型彩色显示器，增加了控制杆。
Block II 批次的 F/A-18E 166914，也是第一架安装 HAL 制造的机炮舱门的“超级大黄蜂”
2004 年 F 型引入了新的座舱，前后座飞行员可一起执行空空或空地任务，都可独立控制和引导多种武器和传感器。
“超级大黄蜂”单座型用于取代早期的 F/A-18A/C，双座型用于取代 F-14。在高峰时“超级大黄蜂”的生产速度为每年 48 架。一些批评指出该机的航程和带弹反舰能力仍然不足，并且成本过高。另外该机不是隐身飞机在未来战场上生存力不足。
VF-115 中队的“超级大黄蜂”在“持久自由”行动中首次参加实战，该中队在阿富汗上空没有投掷弹药，由于 F/A-18E 的带弹反舰能力，带回了多数未使用的弹药，没有造成浪费。在“南部守望”行动中该中队投掷了 22 枚 JDAM 攻击了 14 个目标，成为“超级大黄蜂”的首次对敌开火。该中队还参加了“自由伊拉克”行动，并投掷了激光制导炸弹和 JDAM。在任务中“超级大黄蜂”还挂载了空空导弹，但没有机会使用。另外在任务中 VFA-115 中队的一些“超级大黄蜂”在机腹还挂载了 A/A42R-1 空中加油吊舱，用于进行伙伴加油。在“自由伊拉克”行动该中队投掷了 172 吨弹药。
在阿富汗上空准备进行空中加油的 F/A-18E
2011 年 1 月波音公司推出国际版 F/A-18E/F“超级大黄蜂”，全面提升作战能力和隐身能力。在此次升级中，波音公司可提供的升级选择有通用电气的 F414 推力增强型发动机（EPE），联合低阻力保形油箱（CFT），提高了空对空作战中的加速性和续航能力。在空对地方面，CFT、武器吊舱和内部红外搜索追踪（IRST）传感器降低了雷达特征信号。另外还有隐身武器吊舱，红外搜索追踪传感器，以及导弹和激光预警系统。EPE 能够提供高于基本型 F414-400 发动机 20%的推力，可提高 F/A-18E/F 的跨声速加速度要求。因为该机的机翼是为低着舰速度设计的，EPE 并不能大幅增加“超级大黄蜂”的最大速度。EPE 在某些任务模式中能减少一半以上的作战加速时间，扩展了飞机飞行包线右上角的作战能力，所以能够应对更高、更快的威胁。
在印度航展展出的国际版 F/A-18E/F“超级大黄蜂”原型机
EPE 的特点是采用了一个全新的两级风扇和更耐高温的转子，使得发动机进气量增加了 10%。当 F414 运行在原设定温度工作时，这两项改进措施能够使工作热寿命增加三倍，达到 6,000 小时。
现有 F414 发动机也可以升级成 F414EPE
CFT 一共能储存 1,360 千克的燃油，与通常安装在机身下部的中心副油箱可用容积相同，但是它具有零巡航阻力和较低的跨声速阻力，使得中心挂架携带武器吊舱更为自由，而武器吊舱用来装载导弹和炸弹，以减小特征信号和阻力。CFT 可移动、可改装，连接在上机身的现有吊挂点上，并从机翼油箱延伸到燃油管道。它们的形状可以提高面积律及降低阻力。
国际版 F/A-18E/F“超级大黄蜂”安装了 CFT、隐形武器舱和机头内置 FLIR
对于空对空作战模式，CFT 把作战半径提高了 10%，可以达到 1,300 千米。在空对地方面，有一个单独的中心副油箱，外加 CFT，作战半径则超过了 1,500 千米，与装配三个 1,817 升副油箱的飞机相比，具有更快的巡航速度和加速度。有了三个油箱和 CFT，远距离攻击半径超过 1,700 千米。国际版“超级大黄蜂”的武器吊舱能装载 4 枚 AIM-120 大小的导弹或混合空对空/空对地载荷。在舱门内侧挂载 2 枚先进中程空对空导弹后，吊舱还可以容纳一枚 Mk 84 大小的 907 千克炸弹，或 Mk 83 大小的 454 千克炸弹和两枚 Mk 82 大小的 227 千克弹药，抑或 4 枚小型炸弹。