B-47E-III引入了第三阶段电源。
从第862架B-47E开始的B-47E-IV进一步加强了起落架，升级了电子设备，其中包括MA-7A轰炸雷达、AN/ASP-54告警雷达、AN/APG-39炮瞄雷达。B-47E-IV的起飞重量增加到104326千克，比早期型足足增加了12700千克。增加的重量主要是燃油，使作战半径增加到3797千米，几乎是5年前问世的B-57A“堪培拉”轰炸机的两倍。最大载弹量11340千克。
1955年2月，美国空军开始接收B-47E-IV。1955年3月，美国空军决定把所有现役B-47都升级到IV标准。
在1956年苏伊士运河危机爆发的刺激下，美国战略空军司令部在12月展示了短时间内发起大规模打击的能力，起飞超过1000架B-47在美国大陆和北极上空进行了不着陆作战模拟飞行，平均每架飞机飞了12875千米。
1955年初，战略空军司令部要求B-47增加低空轰炸能力，使用拉起投弹战术，也就是说B-47低空进入轰炸航线，在目标前方急跃升进入半筋斗，在爬升中由低空轰炸系统自动释放炸弹，然后飞机在筋斗顶端做半滚装动作改平脱离。炸弹从释放点以高抛物线轨迹飞行相当一段距离后击中目标，由于飞机此时已经在向相反方向加速飞行，所以能与冲击波保持足够的安全距离。战略空军司令部认为B-47采用这种低空高速战术后能提高生存力，而且敌人还会面临着同时来自高空和低空B-47的威胁。
拉起投弹战术示意图，当然B-47的过载没有这么高
1955年6月，一架B-47E以2.6g的拉起动作成功甩投了一枚2722千克重的训练弹。B-47E在另一次测试中还以2.5g的过载成功甩投了一枚4014千克的训练弹。尽管战略空军司令部有些担心B-47在这种剧烈机动下的结构强度，但在1955年12月还是下令为低空轰炸任务改装125架B-47。
正在甩投炸弹的B-47
战略空军司令部还需要对机组进行特别的低空轰炸训练，在1955年12月启动了“理发推子”训练项目。但是因为恶劣的天气、重度维护的要求、低空轰炸系统的严重缺陷、以及几起事故导致“理发推子”项目在1958年3月被正式终止。但该项目的终结并不意味着战略空军司令部就此放弃低空轰炸，他们又引入了“急跃升”训练项目，由于采用了武器系统的最新发展成果，所以表现更佳。B-47在“急跃升”战术中从低空进入轰炸航线，然后爬升到高空投弹，最后急剧俯冲以躲避敌方雷达。1958年4月，一些B-47被检查出存在机翼裂纹，“急跃升”训练项目在所有B-47接受检查期间只能暂时中止。9月项目恢复，1959年末训练完成。
“急跃升”战术示意图
1957年1月25日，一架B-47从加州马赤空军基地起飞，耗时3小时47分飞到马萨诸塞州汉斯科姆机场，该机的平均速度在强顺风的帮助下达到1143千米/时。1957年8月14日，第321轰炸联队的一架B-47创造了一项不着陆飞行纪录，从关岛安德森空军基地直飞法属摩洛哥西迪苏莱曼空军基地，经过4次空中加油耗时22小时50分钟飞行18427千米。1959年11月，莱特航空发展中心的一架B-47在空中飞行了3天8小时36分，航程62764千米，打破了之前的时间-距离纪录。
1958年4月的机翼裂纹事件和1958年初的几次事故促使美国空军开展规模巨大的“奶瓶”检查和维修项目。3家制造商和空军装备司令部都参加了“奶瓶”项目，第306和22轰炸联队的低空战术B-47是首先接受检查的，因为机翼裂纹对他们来说事关生死。1959年7月项目结束，虽然“奶瓶”项目没有解决B-47的所有问题，但的确使B-47飞起来更安全。
战略空军司令部最初想改装1000架低空轰炸B-47，这意味着几乎整个“同温层喷气”机队都要安装绝对高度表、地形回避设备、多普勒雷达。但由于“奶瓶”维修项目、低空轰炸系统的测试进度、以及因资金问题而退役了一些B-47，战略空军司令部被迫把改装规模缩减到500架。到了1963年，改装项目已变得非常急迫，因为此时B-47还不能进行低空轰炸的话将变得极为过时。但由于资金问题，战略空军司令部最终把改装规模进一步削减到350架。
1957年最后一架B-47E（53-6244）交付堪萨斯州席林空军基地第40轰炸联队第44轰炸中队，之后该机服役于内布拉斯加州的林肯空军基地，最后被美国空军博物馆收藏。
当最后一架B-47E交付时，B-47也开始退役。1957年第93轰炸联队开始从B-47换装B-52。1961年3月，肯尼迪总统命令加速淘汰B-47，但由于7月爆发的柏林危机减慢了该机的退役速度。在接下来的几年里，B-47陆续抵达戴维斯-蒙森空军基地的飞机坟场，1966年2月11日，战略空军司令部的最后两架B-47在此封存。（待续）