Me 163S 双座教练机：将 T 液箱（瓦尔特液体燃料火箭发动机的燃料分为两部分：分别为 T 燃料——过氧化氢和稳定剂和 C 燃料——肼/甲烷的水合物，这两种燃料一旦混合就会自燃）改为教官座舱，无动力。总产量：少量。
Me 163S（模型）
Me 163C 改进型：使用 Walter HWK 509C-1 发动机，有主燃烧室和巡航燃烧室，燃料箱增大以提高续航时间，机身中段重新设计使之更加流线形，座舱加压，有气泡形的座舱盖。总产量：5 架（2 架原型机和 3 架量产型）。
Me 163C（模型）
Me 163D 改进型：163D 是进一步的改进，有可回收的三点式起落架。因为容克公司之后被委派的这个发展任务，所以这个系列之后也被称为 Ju 248，最后计划又回到梅塞施密特公司，结果就是 Me 263。总产量：1 架。
Me 163D
Me 163D（模型） Me 263
侧面图对比
Me 163B 三面图
驾驶 Me 163 绝对是要冒生命危险的，这种危险并不是来自敌人，而是来自 Me 163 本身。1942 年末，EK 16 在佩纳明德（Peenemunde，德国东北部一村庄，位于波罗地海一海岛上。二战前和二战中(1937-1945年）是研制V-1和V-2飞弹等导弹的中心基地。）成立，目的就是要训练出能熟练驾驶 Me 163 的飞行员。
事实上，Me 163 的飞行性能和操纵性能都十分出色，但由于使用了火箭发动机，很多问题也就不可避免的出现了。首先是起飞和降落，由于没有螺旋桨，Me 163 在起飞的时候垂尾上没有冲流，所以在低速时方向舵的性能十分低下 ，不能很好地控制起飞方向，而且滑车上也没有转向装置，唯一能用的只有一个小小的尾轮。所以 Me 163 只能在迎着风向起飞，否则侧风会很容易得使 Me 163 偏离跑道。降落的时候也有问题，因为硬制跑道会损坏滑橇，所以 Me 163 一般是在草地上降落,但如果飞机撞到了凹凸不平的地方，也会导致飞机侧转。此外，滑橇也有问题，它的功能主要是在起飞（起飞时滑橇也伸出，滑车就架在下面）和降落时吸收震动，但效果很差，很多飞行员就是在这种类似于迫降的地面冲击下受伤的。
Me 163 在起飞之后能以大于 70 度角爬升，只用 2 分钟就可以达到攻击高度，在这个阶段护航战斗机的拦截成功率很小（P-51 的最大速度和爬升率分别是 Me 163 的 65% 和 10%）。不过速度太快对于 Me 163 来说也未必是好事，首先遇到的就是空气压缩效应，也就是飞行速度过快而导致的空气阻力急剧增加，随后激波的产生会使气流提前分离，使飞机失去升力并导致尾旋（为了提醒飞行员注意速度，Me 163 的座舱内装有一个红灯，后期在飞行员右后方安装了一个喇叭，因为飞行员经常不注意红灯的闪烁）。使用航炮攻击时也有问题，当飞行员瞄准并开火后才发现，他们的目标早已在他们身后了，所以要想击中必须预留一段提前量，即使如此，也只有几秒钟的时间向目标开火，但光靠这点时间就想把如 B-17 之类的轰炸机打下来实在是异想天开。而如果想盘旋一圈回来再打，燃料又很快就用完了（Me 163B 的作战时间只有大约 6 分钟），所以 Me 163 的战术很简单，就是一上一下，打几下就撤了，这也解释了 Me 163 的战损并不高的原因：由于作战时间太短，它很难将敌机击落，反过来，敌机也很难将它击落。
有经验的飞行员也有一些创新的战术，比如在爬升阶段就向开始向轰炸机开火，这样做至少有两点好处：不用考虑太多的提前量；不会被护航战斗机或是轰炸机的上部和侧面的航炮击中，唯一的威胁来自轰炸机腹部的旋转炮塔，但这种旋转炮塔很不灵活，面对高速爬升的 Me 163 就更是如此。当然，也有一些不惜浪费宝贵燃油的护航战斗机会对 Me 163 死缠烂打，它们一般会在 Me 163 返航的时候发起攻击，因为这时的 Me 163 已经耗尽了燃油，想必只有挨打的份。不过 Me 163 也不是吃素的，其优异的滑翔性能在此时能起到关键的作用，即使是在无动力的状况下，Me 163 的俯冲速度也可以达到 500 公里/小时以上，而且能很容易地改出俯冲，以超低空飞回基地，这是普通飞机万万做不到的。于是还有一些盟军的战斗机就专门等在 Me 163 的基地附近，在其减速准备降落的时候进行攻击，一些有经验的飞行员会以高速飞回基地，在己方的火力圈内边盘旋边降低速度，面对地面强大的炮火，盟军飞行员也只有干瞪眼的份了。
Me 163 使用了整体式风挡，飞行员因而也有很好的视野，但问题也接踵而来。当 Me 163 在高速飞行时，巨大的风阻使得飞行员很难打开座舱盖，即使飞行员能跳出座舱，后边还有温度高达 1,900 摄氏度的尾流在等着他，所以飞行员一般不会冒险使用降落伞逃生，而是会坚持到迫降，这也导致了飞机在着陆时损毁的增加。（起飞和降落阶段 Me 163 的损失占总损失的 80％，由空气压缩效应和空中着火导致的损失占 15％，空战损失之占 5％）
由于 Me 163 过快的速度使得传统的航炮很难展开有效的攻击， 所以德军曾计划 R4M 火箭，Me 163A 也曾在乌德特菲德（Udetfeld）进行了成功的发射试验。但不久，武器工程师郎威勒（Langweiler）博士提出从轰炸机的下方发射重型炮弹的想法：当 Me 163 通过轰炸机的阴影时，一个光学装置就会控制电子点火系统自动发射炮弹，飞行员唯一要做的是从轰炸机下方飞过。 这个系统被命名为“Sondergerät（特殊装置）500 Jagdfaust（也可写成 Jägerfaust，意为猎人的拳头）”，它实际上是一种经过改装的迫击炮，可以从轰炸机下方垂直发射重型的 50mm 榴弹。这种武器的发射管垂直装在翼根处的枪舱里，两边各有 5 个发射管，伸出机翼表面 2 到 3 厘米，一发炮弹就足以击落一架轰炸机。SG500 已经在 Fw 190 上试验过，准备装备 Me 163B 和 Me 262B。有报告说有大约有 12 架 Me 163 经过改装，并且至少有一架轰炸机被这种武器击落。