1946 年两架 B-17G 被修改成涡轮螺旋桨发动机的测试机，波音公司赋予这些飞机公司型号Model299-Z。为此拆除了军用设备，飞行员座舱向后移，机鼻经过完全修改以适应安装实验用发动机。
第一架 EB-17G 改装自 B-17G-110-VE 44-85813，根据委托合同转交给赖特航空公司，“E”表示这个项目具有最高的技术优先级。这架飞机的机鼻处安装一具 5,500 马力的赖特 XT35“台风”涡轮螺旋桨发动机，比 EB-17 的四具“旋风”发动机的总功率还要大。“台风”发动机流产后，这架飞机又用于测试赖特的 XJ65 涡轮喷气发动机，发动机被吊装在流线型的机鼻结构下方，测试前进期口由整流帽所保护。
EB-17G 44-85813，其首部的螺旋桨处于顺桨状态
这架飞机在 1956 年 10 月型号被改为 JB-17G，“J”字母在 1955 年被引入型号命名体系，指航空器暂时性的用于测试用途。由于 E 前缀分配给了早期预警飞机，所以 EB-17 被改称为 JB-17。
JB-17G
1957 年赖特买下了这架飞机，民间注册号 N6694C。继续进行发动机测试。同一年，JB-17G 用于测试 R-3350 复合式涡轮螺旋桨发动机。最后飞机卖给一个灭火机飞行员，缺失的机鼻替以半球形的整流罩。N6694C 在 1980 年的一次灭火任务中在起飞时坠毁。
第二架进行改装的是一架剩余的 B-17G-105-VE，序列号 44-85734，被卖给普惠进行发动机测试，民间序列号 NX-5111N。飞机在西雅图进行改装，为了不影响气动性能，交付前机鼻被临时整流罩覆盖，随后转场至康涅狄格州哈法特（Hartford）的普惠工厂。普惠在机鼻安装了实验性的 XT-34 涡轮螺旋桨发动机。XT34 最后投产，并作为道格拉斯 C-133 运输霸王远程运输机的动力装置。普惠的 T64 涡轮螺旋桨发动机曾短期安装在这架 EB-17 上进行各种螺旋桨的搭配测试。
EB-17G 44-85734
在 1967 年测试任务完成后，NX-5111N 被捐赠给布拉德利（Bradley）国际机场的康涅狄格航空历史协会，1979 在龙卷风中严重损伤。
第三架进行改装的是 B-17G-110-VE 44-85747，被艾利逊租用作为发动机测试机。不像前两架飞机，这次改装没有将驾驶舱后移。最后以 JB-17 的型号退役。
其余 EB-17 包括一些 SB-17G 在 1952 年起转交给佛罗里达州帕特里克（Patrick）空军基地的空军导弹测试中心。这些飞机装备有喇叭和特高频无线电用于在导弹测试期间驱赶进入此区域的船只和飞机，一直在帕特里克服役到 1958 年。
战后由于客机的短缺，于是有一些 B-17 被改装成客机，但是 B-17 的机体设计不适合作为运输机，所以些改装都不很成功。
首先是一架剩余的 B-17G-105-VE 44-85728 被环球航空公司购买并在波音西雅图工厂改装成客机。所有的军用装备都被拆除，机身内安装了旅客座椅，并在机身两侧开出了的一排舷窗。由于波音已经为 Model299 系列的命名用完了 24 个字母，所以这架飞机的公司型号是 Model299AB。
命运多舛的 44-85728
Model299AB 的首个民间注册号是 NX-4600，很快改为 NL-1B，“L”是专门赋予那些退役军用飞机改装的民用机。由于这种原因，这架飞机只被颁发了 LTC-1 有限证书，不允许进行载客商业飞行。
环球航空将 Model299AB 用在中东的测量和联络工作上。1947 底飞机被赠予伊朗国王，伊朗的注册号是 EP-HIM，“HIM”代表国王陛下。1970 年辗转到法国塞瑞（Creil）机场并被拆解作为备件。
玻利维亚的民航机队战后总共获得了 26 架 B-17，其中大部分都是从民间市场购得的，但其中 8 架是 1956 年美国空军从剩余物资中直接调拨的，玻利维亚民间注册号从 CP-620 到 CP-627。图森（Tucson）市的汉密尔顿（Hamilton）飞机公司获得玻利维亚政府的合约为飞机进行改装并提供维修服务，有另外 7 个 B-17 机体作为备件提供给汉密尔顿公司以维持机队飞行。
唯一使用 B-17 进行载客飞行的国家是瑞典。战争期间，有 68 架轰炸德国的 B-17 迫降瑞典。由于瑞典是中立国家，扣留这些飞机和人员。1944 末，B-17 机组人员才允许返回英国。作为交换，美国政府同意瑞典以 1 美元的价格购买其中的 9 架飞行堡垒。
瑞典当局将其中的 7 架改装成民航机提供给 SAAB 航空公司，这些飞机拆除了军用装备并安装旅客座椅，机鼻被加长以容纳更多的乘客。这些 B-17 客机运营了多年。
瑞典注册号 型号 USAAF 序列号 SE-BAH B-17F-75-DL 42-3543 SE-BAK B-17F-115-BO 42-30661 SE-BAM B-17G-5-BO 42-31163 SE-BAN B-17F-70-DL 42-3490 SE-BAO B-17G-40-BO 42-97115 SE-BAP B-17G-35-BO 42-32076 SE-BAR B-17G-35-DL 42-107067
B-17 客机 SE-BAK
B-17客机机舱内部 舒适的座椅，扶手可调节 炸弹舱改为货舱，还配备了电动升降机
SE-BAR 和 SE-BAP 在 1945 末卖给了丹麦航空公司，编号改为 OY-DFE 和 OY-DFA。1948 年，OY-DFA 又转卖给了丹麦陆军航空队，军队序列号 67-672。1949 年，它又被转交给丹麦皇家海军，后在 1952 年转交给丹麦皇家空军。在空军中，它以 ESK-721 的序列号进行运输、绘制地图和联络等工作，1953 末被封存。1955 年丹麦空军将其卖给法国国家地理院（Institut Geographique National），加入其 B-17 机队进行遍及全球的照相和地球物理学调查任务。法国民间注册号是 F-BGSP。最后这架飞机被露天遗弃并作为备件提供机。1972 年，美国空军博物馆将其购回美国。修复一新后展出在俄亥俄州达顿莱特-帕特森（Wright-Patterson）空军基地博物馆并恢复了最初的涂装“Shoo Shoo Shoo Baby”。