一个有趣的地方是，F-106A 在许多地方不遗余力地设置了加热除冰装置，比如在主翼和尾翼的前缘、进气口的前缘、风档玻璃外部、甚至机头雷达罩等部位。这也许和需要在高寒的北美地区使用是分不开的。另外一个有趣的东西是，在机尾的下面，竟然安装着只有舰载飞机才具备的减速钩，当然，它显然不是为“上舰”而配备的。
人们比较关心的机载军械系统和它的老大哥一样，依然纯粹是导弹和火箭。所不同的是 F-106A 可以在腹舱内携带一枚威力巨大的直径达 0.43 米的核战斗部无制导火箭弹，它可以是 AIR-2A“妖怪”、也可以是 AIR-2B“超级妖怪”（型号中的 R 代表火箭弹，而导弹一般用 M 来表示，但许多文章将它叫作空对空导弹，显然是不正确的）。这是美国空军唯一一种带核弹头的大口径空对空火箭弹，射程 11 千米、最大马赫数 3。AIR-2 研制于 1954 年、1957 年服役、1962 年停产。虽然作为一种无控火箭弹的 AIR-2 无法自动跟踪目标，但 1,500 千克 TNT 当量的爆炸威力足以撩倒几百米外的敌机。当然，核火箭在有限空域内万一真正投入使用后所带来的种种弊端是显而易见的，所以实际上从未应用过。除此之外，F-106A 的军械也可以改为同时携带 4 枚 AIM-4E“猎鹰”半主动雷达制导空对空导弹或 4 枚 AIM-4F“超猎鹰”红外制导空对空导弹。这些导弹不仅可以追尾攻击，也能够实施迎头攻击（当然必须是带一定偏角的）！由于导弹和火箭都是从飞机肚子里发射出去的，所以发射时必须利用压缩空气进行助推。当发射核弹头火箭时，通过程序还可以令飞机自动作“飞远”规避动作，以免受到核爆炸的种种不良影响。
无论 F-102A 还是 F-106A，它们都受到当时“导弹万能论”的影响，都属于那个时代纯粹的“导弹载机”（类似的飞机型号还可以报出不少）。但随着越南战争的深入，人们开始重新认识到空战近距格斗和航炮攻击的重要性，所以又逐渐恢复了射击武器在战斗机上的配备。后期的部分 F-106A 就加装了一门高效率的 20 毫米 M61六管“火神”机关炮，用于贴近目标时的补充攻击。
F-106A 的战斗高度可达 17,600 米，当以马赫数 2 的速度加速、并利用动能转变势能的原理向上拉杆，则可以在冲刷后爬升到 21,300 米的高空，以满足拦截特殊飞行目标的需要。F-106A 在高空的最大马赫数可达 2.3 左右。不过，为了保持截击机作战时的方向稳定性，作战手册规定它的高空极限速度不得超过 1.9 个马赫。在 12,500 米同温层高度，F-106A 的巡航速度为 0.92 马赫。当悬挂 2 具副油箱时，要达到上述高度和速度，自地面松开刹车以后，只需要 3 分 20 秒。这类指标对于一架截击机而言是很关键的。
无尾三角翼飞机在起飞和着陆时肯定是要以大迎角、呈“高昂首”姿势出现，同时，这类飞机的起降速度和与之相应的起落滑跑距离也比常规布局的飞机要大一些和多一些。但据说 F-106A 在美国的百系列战斗机大家族中间，其起飞和着陆时的低速安定性却是一流的。
长期困惑 F-106A 的唯一缺陷，是由于其电子装置过于复杂，所以不仅需要投入大量的日常维护检测时间与人力，而且稍有故障即影响全局，使第一线飞机的可动率仅为 50%，这在第二代喷气式战斗机中间确实是偏低的。道理很简单，如果引导数据显示因此而稍有差错，要拦截目标即成为空谈。也有人提出这么一个棘手的两难问题，即在飞机升空以后，所谓的全自动系统你到底能够相信它多少，万一系统的运作因为一个小小的未知故障而呈现的只是假像，那么拦截的成功率又如何保证？在过份依赖电子设备的情况下，人的主观能力和监控能力如何在 F-106A 的座舱中得到体现？
为达到最佳防空截击效果，美军认为，F-106A 与“赛琪”体系的“合二为一”显得绝对必要。而且由于该机的使用范围极其狭隘，所以 F-106A 根本不存在“多用途”使用方面的任何通融性。这在美国战斗机中也是极罕见的（一般战斗机几乎都具备对地攻击等其他用途，以实现一机多用的目的）。F-106A 属于那种“以高速一击完成任务”的专用机种，所以除了那些大型、中速、基本保持直进航路入侵的目标（指战略轰炸机）以外，要想拦截机动灵活的战斗机（比如可能出现的护航战斗机）则要困难得多。其原因不仅仅是 F-106A 的飞行机动性能有限，而且和它所依赖的那些攻击武器的使用包线有很大的关系。
不过不管怎么说，F-106A 仍然是 80 年代以前西方世界最好的、也最具特色的截击机。而且类似这样专一用途的机种，以后似乎再也没有出现过。