海湾战争后在执行伊拉克“禁飞区”巡逻和波黑维持和平任务期间，美国空军的 F-16 也都表现出极高的可靠性，在此期间也多次击落敌机；1994 年 2 月 28 日，两架美国空军的 F-16C 战斗机在波黑禁飞区上空击落 4 架塞族武装的 G-4 攻击机，其中 1 架 F-16C 还创下击落一次空战击落三架敌机的战绩。但 1995 年 6 月 2 日，美国空军一架 F-16C 战斗机被波黑塞族部队发射的萨姆-6 防空导弹击落，飞行员身陷敌后 6 天后被安全救出。
F-16 战斗机最近一次参战记录是参与了 1999 年 3 月底开始的“联盟力量”——北约空袭南联盟的作战行动。北约各国装备的 F-16 战斗机大举出动，轰炸地面目标。而荷兰空军刚完成改装不久的 F-16A MLU 则更创下新的空战战绩；在整个空袭行动过程中，只有 1 架美国空军的 F-16C 战斗机被南联盟防空力量击落。
1999 年 3 月 24 日开战首夜，4 架荷兰空军的 F-16A MLU 跟随北约机群进入南联盟领空，数分钟后便击落一架升空迎战的米格-29 飞机，创下了荷兰空军自二战以来的首次空战胜利记录。
这次空战的过程如下：4 架荷兰 F-16A MLU 于当地时间 19：30 起飞，保护执行第一波攻击任务的北约机群，在亚德里亚海上空接受空中加油之后，横越阿尔巴尼亚进入南联盟领空。在进入敌空域之前，E-3 预警机传来 3 架米格-29 飞机自贝尔格莱德附近的贝塔吉尼卡基地起飞的信息。
贝塔吉尼卡基地是南联盟空军唯一驻防米格-29 的基地。接到敌机起飞信息之后，4 架 F-16A MLU 加速前往拦截，并开启机上雷达探测目标。4架飞机全部跟踪到同一架米格-29，等目标进入导弹射程之后，领队长机发射一枚 AIM-120 先进中距空空导弹，导弹飞行了约 33 公里之后直接迎头命中这架米格-29，此时目标距离领队长机约 18 公里，长机飞行员目击了爆炸的闪光。在同一时间，E-3 预警机发现其他 3 架米格-29 逃逸，后来其中的两架又被两架美国空军的 F-15C 战斗机击落。
到目前为止，全球各国装备的 F-16 战斗机的空战成绩总和为 72：0，没有任何一架 F-16 在空战中遭敌机击落，所有的战斗损失均是由地面防空火器、机件故障或人为因素造成的。