在部署B-29轰炸机之前，阿诺德四处奔波，以确保对B-29单位有作战控制权。据第二次世界大战中陆军航空队的官方记录推测，阿诺德之所以想指挥第20航空队，是因为他以前没有指挥过作战部队。在他的回忆录中，阿诺德说他不愿意做这个决定，但是太平洋地区缺乏统一的指挥，迫使他亲自指挥B-29单位。正如欧洲战场的情况一样，进行远程战略轰炸同时也带来了特殊的组织和指挥问题，阿诺德不希望B-29单位由肯尼的上司，战区指挥官道格拉斯•麦克阿瑟将军（Douglas •MacArthur）、切斯特•W•尼米兹上将（Chester W• Nimitz）或约瑟夫•W•史迪威将军（Joseph W• Stilwell）控制，他们都想按自己的计划用这种轰炸机。

　　在太平洋战区指挥B-29单位的柯蒂斯•E•李梅将军（Curtis E• LeMay）这样解释阿诺德的决定：“阿诺德将军这样做是为了让我们在太平洋有一个独立指挥部，在那里我们可以自由地飞越任何战区，以便全面统筹工作，完成任务。毋庸置疑，尼米兹上将想要他能得到的一切；麦克阿瑟将军也想要他能得到的一切；而史迪威将军也不落后于他们。我们都要飞过他们三个的战区，我们需要在这项事务上进行统一协调。”

指挥权问题

　　1943年，阿诺德将军和他在华盛顿的参谋人员权衡了在战区指挥官控制之外组建战略航空队的利弊，阿诺德认为利大于弊。根据美国陆军的官方史料记载，陆航的人员提出了一个“彻底脱离现有的指挥体系”的思路。根据这一新思路，第20航空队作为美国参谋长联席会议的下属机构接受阿诺德将军指挥。1944年1月，随着美国陆军战略航空兵（US Strategic Air Forces）在欧洲的建立，也出现了一种类似的安排。该单位由卡尔•安德鲁•斯帕茨（Carl Andrew Spaatz）指挥，卡尔•斯帕茨将军负责过第8航空队从英国出发的远程轰炸和第15航空队从意大利出发的战略轰炸。英美联合参谋部（the Combined Chiefs of Staff）通过皇家空军总参谋长查尔斯•“彼得”•波特尔元帅（Charles “Peter” Portal）对美国陆军战略航空兵行使控制权。

　　然而，太平洋地区的战事都由美国人负责，阿诺德将军希望美国继续控制远程轰炸机部队，问题是如何说服马歇尔和海军作战部部长欧内斯特•约瑟夫•金上将（Ernest Joseph King）。一般来说，对军队的统一指挥是由一个战区指挥官来完成的，他在该战区内拥有指挥作战的权力。美国海军舰队由海军作战部长指挥，他是舰队司令，向参谋长联席会议负责。英国提议第20航空队和随后的英国轰炸机部队像欧洲战场一样，由英美联合参谋部指挥。美国参谋长联席会议反对这一提议，英国很快放弃了这一想法。根据第20航空队首任总参谋长海伍德•汉塞尔准将的说法，马歇尔和金已经答应了B-29的作战由华盛顿统一指挥，不受战区指挥官的控制，而且马歇尔几乎立刻接受了阿诺德的想法，但为什么金这么容易就同意了，就不得而知了。

　　1944年4月4日，参谋长联席会议成立了第20航空队。战争部授权阿诺德“执行参谋长联席会议相关部署和任务的重大决定，也包括第20航空队的目标。” 这一前所未有的指挥安排，使陆军航空兵与太平洋战场上的陆军和海军平起平坐。这个新组织反映了阿诺德的战略理念：航空兵的巨大航程能够从远离战场的地方出发，攻击敌人，摧毁敌人的战争潜力。陆军航空兵指挥官想展示其独立的力量，航空兵在战争中的重要性已经反映在阿诺德对参谋长联席会议和英美联合参谋部的立场上。他在一份备忘录中指出：“陆军航空兵越来越多地由参谋长联席会议和联合参谋部直接控制，因此陆军航空兵在联合规划人员中的代表权对我来说至关重要。”

　　除了任命阿诺德为第20航空队司令外，参谋长联席会议还命令各战区指挥官“协调战区内的B-29单位与其他单位一起作战，建设和保卫B-29基地，并为B-29单位提供后勤支持和共同行政管理。如果出现战略或战术方面的紧急情况，需要使用B-29单位执行参谋长联席会议分配的任务以外的其他任务，战区指挥官有权使用B-29单位，并立即将行动通知参谋长。”根据开罗会议的决定，阿诺德于1943年11月成立了第20轰炸机司令部，负责监督B-29在美国的训练。他任命肯尼斯•B•沃尔夫准将（Brig• Gen• Kenneth B• Wolfe）为指挥官。1943年12月，空军先遣人员抵达印度，视察印度和中国的机场建设。到1944年4月，共有8个机场做好了接收B-29的准备。

莱曼.B.洛克伍德少校正在监督机场的建设任务，中国缺少机械，机场的小石块就是这样敲出来的。中国人民为B-29能够进驻中国付出了巨大代价

出征日本

　　阿诺德将军任命第20轰炸机司令部为第20航空队的一个下属作战单位，沃尔夫率领该单位前往印度。根据马特霍恩峰计划，沃尔夫于1944年6月5日开始对日本在泰国的铁路设施实施轰炸。对日本本土第一次直接打击发生在6月15日，当时B-29轰炸了九州的帝国钢铁厂。在参与行动的68架轰炸机中，只有47架B-29轰炸了预定目标，有10架B-29轰炸机因为机械故障未能参加轰炸， 7架B-29轰炸机轰炸了次要目标，1架B-29轰炸机被击落，5架因为机械故障坠毁。

　　这次行动把基地储备的油料和炸弹消耗一空，导致下一次攻击推迟了近一个月。到那时，阿诺德已决定用曾指挥第8航空队第305轰炸机大队的李梅取代沃尔夫，他曾在测试新的战争理念和战术方面取得过成功。后来阿诺德说：“虽然我尊重沃尔夫，但李梅的成功使沃尔夫显得非常业余。”李梅使第20轰炸机司令部的战果有所好转，但行动仍受到后勤供应困难的限制。补给必须“飞越驼峰”——他们必须越过喜马拉雅山，这是世界上最高的山脉，而且从中国到日本遥远的距离也是一个主要障碍。东京距离中国的B-29基地有2000多英里，超出了轰炸机的航程。