蒙古内战艾因贾鲁之战中，怯的不花并没有当场战死，而是因战马跌倒被俘押到忽都思面前，忽都思很得意地侮辱怯的不花说:"你打倒了许多王朝，现在你落网了!"怯的不花对他说："如果我死在你手中，我认为这是天意，而不在于你。别为片刻的胜利而陶醉 ...

蒙古内战

艾因贾鲁之战中，怯的不花并没有当场战死，而是因战马跌倒被俘押到忽都思面前，忽都思很得意地侮辱怯的不花说:"你打倒了许多王朝，现在你落网了!"怯的不花对他说："如果我死在你手中，我认为这是天意，而不在于你。别为片刻的胜利而陶醉。当我死的消息传给旭烈兀汗时，他的愤怒将像沸腾的大海，从阿哲儿拜占(阿塞拜疆)直到埃及的大门口的土地将被蒙古马蹄踏平!"一般情况，蒙古人在遇到短暂的挫折失败后都会很快给予疯狂的报复。旭烈兀得知怯的不花战死的消息，大怒，他悲愤地说：“我从哪里能找到一个面对死亡表现得如此坚贞的臣下呢？！”。
1260年11月，旭烈兀乘拜巴斯杀掉国王忽都思而引发埃及内乱的有利时机，派遣约六千人的蒙古军队再次出征叙利亚，蒙古军又攻克了阿勒颇和哈马两城。但是，蒙古人的人数实在太少了，在继续进攻的路途上被埃及人个击败了，1260年12月，两军在霍姆斯交战，蒙古军伤亡惨重，被迫撤退。
为什么只派这么少的人呢？这时的蒙古人正在内战，腾不出手来进行报复。
蒙哥汗在钓鱼城死后，忽必烈和阿里不哥争夺汗位。戍守都城哈拉和林(今蒙古乌兰巴托西南哈刺和林)的阿里不哥(忽必烈幼弟)，欲乘长兄忽必烈率军攻鄂州(今武汉武昌)，次兄旭烈兀率军攻叙利亚之机，谋夺汗位。令左丞相阿兰答儿征兵漠北，燕京行省脱里赤征兵于河朔。蒙古人有幼子守产的习俗，支持阿里不哥继承汗位者不少。
当年，幼子拖雷虽然监国，但还是被窝阔台拿去了大汗位，忽必烈也有例可循，并且自持战功，在控制和调动进入汉地的蒙古军及汉军方面拥有莫大优势，因此，忽必烈立即率军北归争夺汗位。他在北方并没有直接回哈拉和林，而是和阿里不哥互派使者交涉，并且联络交好诸王。其中，成吉思汗幼弟斡赤斤的孙子、在东道诸侯中居长的塔察儿，成了最积极拥戴忽必烈的宗王，由他率先劝进忽必烈，其他宗室“相继劝进”，合辞推戴的诸王，还包括移相哥（合撒儿子）、忽剌忽儿（合赤温孙）、合丹（窝阔台子）、阿只吉（察合台曾孙）等。于是，1260年三月，在开平(今内蒙古正兰旗东北闪电河北岸)，忽必烈即大汗位，以《即位诏》颁行天下，诏书明确宣布：“祖述变通，正在今日”。它表明了新政权参用中原王朝的传统体制以改变“文治多缺”局面的决心。忽必烈又毫不迟疑地着手征调和组编忠于他个人的精锐部队，用以保卫大汗，戍守北方各地，尤其是燕京、开平一线心腹地区，并重建大汗的怯薛部队。
阿里不哥则在驻夏据地阿勒泰山中，召集留守漠北份地的诸王宗戚，举行大会，并在会上被拥立为大汗。出席大会的，有察合台子哈剌旭烈的寡妻兀鲁忽乃妃子、察合台孙阿鲁忽、窝阔台孙覩尔赤（合丹子）、海都（合失子）、术赤孙忽里迷失和合剌察儿、蒙哥子阿速台和玉龙答失、塔察儿子乃马台、别勒古台之子等。这样就出现了两大汗相抗衡的局面。站在阿里不哥一方的有影响的东道诸王很少，但他从西道诸王那里获得的支持，又要多于忽必烈。
所谓东道诸王西道诸王，指成吉思汗分封的诸王，当初成吉思汗分封诸王兀鲁思（即分封民户、土地)，共分封了四位兄弟、五个儿子。后来称汗的有八人，合撤的儿子也苦、合赤温子按赤台、斡赤斤、别里古台、术赤子拨都、察合台、拖雷子蒙哥、窝阔台，前四个是成吉思汗的兄弟系，后四个是成吉思汗的儿子系，另外成吉思汗庶妻生子阔烈坚，由于诸史都没有明确记载其封地故而未算。这八大汗国，成吉思汗兄弟的分地都在蒙古东面，大多分封于塞北东部与东北地区，从属性很高，合称东道诸王；而成吉思汗诸子的分地却在蒙古西面，因此称为西道诸王，比较独立。其中分封长子术赤于咸海、里海以北的钦察草原，二次西征后由拔都成立钦察汗国；封次子察合台于锡尔河以北的西辽旧地，史称察合台汗国；三子窝阔台分封于乃蛮旧地，后由海都建立窝阔台汗国；蒙古本部由幼子拖雷获得，后由蒙古大汗直辖。汉地的华北地区、阿姆河与锡尔河之间的河中地区、伊朗地区与吐蕃由蒙古大汗直辖。
旭烈兀和拔都后王别儿哥，态度有些暧昧。替旭烈兀留守漠北份地的他的儿子药木忽儿，最初是支持阿里不哥的。而别儿哥冲制的钱币上刻有阿里不哥的名字，更表明钦察汗国在阿里不哥失败前一直认为只有后者才真正代表了蒙古大汗的统系。
成吉思汗直系各支宗王的政治态度对忽必烈颇为不利。为改变此种局面，忽必烈先派支持自己的察合台后王阿必失哈（阿只吉长兄）急驰西北，企图用他控制察合台兀鲁思的政局，使之与中原汉地势力为犄角，拑制漠北。阿必失哈一行在途经河西时为阿里不哥的军队截留，察合台兀鲁思落入阿里不哥派去的阿鲁忽之手。不久，阿鲁忽和旭烈兀渐与阿里不哥生隙。忽必烈抓住时机，以明确承认二者在各自势力范围内的既有权益为条件，争取他们对自己的支持。他宣布，自阿姆河西至马木鲁克疆界的塔吉克地面当归旭烈兀统治守卫，自阿勒泰山至阿姆河之地则由阿鲁忽镇守。至此，除术赤后王早已分治于钦察草原之外，突厥斯坦西部及河中地区、波斯和呼罗珊也正式从大汗直接领有的国土中分立出来，成为中央汗廷的守藩之国。建国次年，忽必烈与西道诸王的关系基本和解，遂使他得以全力对付阿里不哥。
1260年秋，阿里不哥兵分两路，大举南下。东路军由旭烈兀子药木忽儿、术赤后王合剌察儿统率，自和林逾漠南进。西路军由阿兰答儿统领，直指六盘山，意在接应从四川前线退屯该地的蒙哥攻宋主力，这支军队在蒙哥死后曾归阿速台节制，阿速台投奔漠北后，一直控制在阿里不哥的大将浑都海和哈剌不华手里。
阿里不哥的左路军以宗王为帅，而且直接威胁汉地政治经济中心燕京，因此忽必烈亲自领军逆之，而以移相哥、纳邻合丹为其前部。移相哥军击溃药木忽儿和合剌察儿，阿里不哥难以继续立足和林，匆匆退到由他继承的拖雷分地吉里吉思。忽必烈顺利进至和林。其时约在当年初冬。当时和林城的残破或许相当严重，所以到达不久，忽必烈便南至汪吉河（今翁金河）冬营地，以为短期休整。阿里不哥生恐忽必烈乘胜追击，乃遣使假意求宥，并称待马力稍复，再赴阙谢罪。忽必烈深以汉地政局为念，遂留移相哥镇漠北，自己冒严寒逾漠南返。
南指六盘山的西路军虽为偏师，但它牵动川蜀关陕，使那里本已化险为夷的形势又紧张起来。原来早在廉希宪受命宣抚京兆、四川时，屯兵观望于六盘山的浑都海就企图联络阿里不哥遣往关中的刘太平、霍鲁怀及川蜀军中亲阿里不哥的将领发难。廉希宪当机立断，捕杀刘太平、霍鲁怀，以处于弱势的秦巩世侯汪家的军队拒阻浑都海，“但张声势，使不得东”。浑都海果然中计，“闻京兆有备，遂西渡河，趋甘州”，采取了“重装北归，以应和林”的下策。关陕之危竟得安然解脱。可是当阿兰答儿提兵与北归途中的浑都海会师之后，这支军队重又折返东向，并派人约结陇蜀诸将，一时“人心危疑”，朝士至有捐弃两川、退守兴元之议。两军兵锋初接，朝廷方面又先失利，遂愈使“河右大震”。这时候，忽必烈增派的诸王合丹（窝阔台子）、哈必赤（合撒儿子）等率师与汪惟良、八春等“合兵复战西凉，大败之，俘斩略尽”。阿兰答儿、浑都海被擒杀。关陇遂安。
溃败远遁的阿里不哥，歇息于吉利吉思；至1261年秋天，元气稍有规复，又举兵东来。他事先遣使向移相哥伪称率众来归，使移相哥疏于防备，因而突袭成功。移相哥大军溃散，和林城再次失守。十月，忽必烈率诸路汉军与蒙古诸王所部再度北征。两军相遇于昔木土脑儿之西，阿里不哥先因所部外剌军队溃败撤兵。待阿速台率领的后继部队赶到，阿里不哥回军再战。其右翼被击败，左、中两翼与忽必烈军鏖战至夜仍不分胜负。自是双方引军后退，相峙于大漠南缘。
是年冬末，忽必烈师还，“诏撤所在戍兵，放民间新签军”。形势似乎缓和下来。1262年，据守和林的阿里不哥因粮饷不继，而由他派往察合台兀鲁思的阿鲁忽又拒绝听命，截留他征集的货物，因此愤而移兵西讨阿鲁忽。阿里不哥自知一旦挥兵西指，和林终将不守，所以临行指令和林城诸长老，许其举城归降忽必烈军。阿里不哥西徙后，忽必烈所部果然不战而收复和林。
1262年冬，阿里不哥在击败阿鲁忽后驻营于阿力麻里。他肆行杀掠，伊犁河流域为之残破不堪。1264年春，阿力麻里大饥，军心愈亦涣散。阿里不哥计出无奈，被迫向忽必烈输诚。长达五年的汗位纠纷由此结束。这次纷争，客观上为蒙古军事贵族中主张“祖述变通”以“补偏救弊”的一派把统治中心从漠北移至漠南。
在忽必烈与阿里不哥激战时，旭烈兀和别儿哥在高加索地区也打起来了。旭烈兀得到忽必烈的许诺，全面倒向忽必烈。但他需要应付来自阿姆河和高加索两方面的威胁。在阿姆河对岸，阿里不哥任命的察哈台汗阿鲁忽正在集结军队。在高加索山脉以北，术赤系的别儿哥也是阿里不哥的支持者，并且别儿哥与偏爱基督教的旭烈兀不同，他偏爱伊斯兰教，在旭烈兀攻占巴格达后，别儿哥公开指责旭烈兀滥杀和平居民，并责备旭烈兀未经和宗王商议就擅自处死了哈里发。两兄弟为基督教和伊斯兰教闹起了矛盾。
敌人的敌人就是朋友，敌对兄弟的敌人也是朋友，别儿哥与埃及苏丹拜伯尔联系起来，1262年，别儿哥和拜巴斯开始互派使者，并且别儿哥向旭烈兀宣战。别儿哥派他的侄儿那海率领三万人马，越过高加索山脉进攻旭烈兀的伊利汗国。旭烈兀大怒，召集伊朗境内的军队，前往高加索山脉迎敌。1262年8月，旭烈兀派出大将失烈门为先锋，又派大将阿八台紧随其后。
先是那海的军队战胜了失烈门，但阿八台的军队赶上来，打败了那海。旭烈兀下令追赶，一直追到了西亚和欧洲的分界线高加索山脉。1262年12月7日，旭烈兀的军队来到隘口城市打耳班，这是旭烈兀的伊利汗国和别儿哥的钦察汗国的分界线。那海据守在这个险峻的关卡，阻止旭烈兀的军队向钦察汗国进攻，坚守了七天就顶不住弃城逃走了。
旭烈兀到了钦察大草原上，别儿哥放弃家庭和财产，只带着军队逃走了。旭烈兀的军队毫不客气住进别儿哥他们的营帐、抢劫他们的牲畜，和他们的妻子女儿娱乐，过起了占领军的快乐生活。别儿哥听到旭烈兀的军队抢劫了自己的家庭和财产后，怒不可遏，组织一支大军反扑过来。1263年2月14日，两兄弟的主力部队在俄罗斯草原的捷列克河边进行了决战。旭烈兀惨败逃回高加索山脉南边，别儿哥的军队收回打耳班后也撤回钦察草原。第二年本来两兄弟准备再打，但这时东方局势已经明朗，忽必烈已经大势已定，就各保边境为上了。1265年1月，旭烈兀在连续几天的狩猎和宴饮之后，旭烈兀生病了。2月8日，旭烈兀去世，终年48岁。基督教各派对旭烈兀的去世深感惋惜，他们这样评价旭烈兀：他是“基督教的两颗巨星”，“又一位君士坦丁，又一位海伦。”
旭烈兀去世后，他的长子阿八哈继位（1265－1282年在位），阿八哈像他的父亲一样，对基督教会表示善意，他赞成与基督教世界联合反对埃及和叙利亚王朝。1266年春，别儿哥的侄子那海又恢复攻势，穿过打耳班关隘和库拉河，向伊利汗国进攻，但是，在这时候别儿哥去世了，他死后，他的军队撤退回钦察汗国。在东边，他的另外一个堂兄察合台汗国的八刺汗也在向他进攻。八刺于1269年至1270年入侵伊朗东边，阿八哈于1270年7月22日击溃八刺。在阿八哈两个堂兄国虎视眈眈下，从阿哲儿拜占直到埃及的大门口的土地就很难被蒙古马蹄踏平了。