南京大屠杀日本侵略者占领上海后，由于下达撤退命令过于仓促，后方国防工事交接发生失误，加上中国抗战初期的军队训练素质极低，引致撤退演变为溃败。蒋介石在日记中军民关系：“其间有接到命令时已至翌晨四时，不惟毫无准备，甚至部队尚未开始撤退， ...

南京大屠杀

日本侵略者占领上海后，由于下达撤退命令过于仓促，后方国防工事交接发生失误，加上中国抗战初期的军队训练素质极低，引致撤退演变为溃败。蒋介石在日记中军民关系：“其间有接到命令时已至翌晨四时，不惟毫无准备，甚至部队尚未开始撤退，而各路桥梁早已破坏，以至各部无法通过。”许多部队失去控制，原有序列无法维持，日本飞机跟踪轰炸，桥梁破坏，大军拥塞，不少重武器丢弃，形成溃退的局面。“原定计划，前方淞沪抗战，后方应在吴福线及锡澄线留置有力后续部队固守阵地，于前线退却时，拒止敌追击部队之前进，掩护我后续部队，但留置军队到达不久即调淞沪前线，钢筋水泥机枪巢的钥匙几经转手不知去向。到这个时候，退到国防工事线上的部队，在已筑的工事上打几枪就跑，花了多少人力财力的工事，竟丝毫不起作用”。当时在上海作战的第七十八军军长宋希濂在回忆录中慨叹道：“这次撤退十分混乱，以这样大的兵团，既不能进行有组织的逐次抵抗，以迟滞敌军的行动，又无鲜明的退却目标，造成各部队各自为政，拼命地向西奔窜。战场统率部，对许多部队都不明白其位置，遂使敌军如入无人之境。弄到这种地步，最主要的是蒋介石妄图依赖国际联盟和九国公约签字国，对日本施加压力，与日本进行和谈，以谋求结束战争。”中国军队向南京方向溃退，位于上海和南京之间的多处军事要塞无人防守，军队几乎全部撤退到南京外围。中华民国首都南京处于日军的直接威胁之下。
中国统帅部深感事态严重，在17日和18日三次开会讨论南京防御的问题。会议上多数将领认为部队亟需休整，而南京在军事上无法防御，建议仅仅作象征性的抵抗，只有唐生智以南京是国家首都、孙中山陵寝所在，以及国际观瞻和掩护部队后撤等理由，主张固守南京。中国最高统帅蒋介石期望保卫首都的作战对德国的外交调停有利，并且以为能够等到苏联的军事介入。出于内政和外交上的考虑，蒋介石最终采纳了唐生智的建议，决定“短期固守”南京1至2个月，于11月26日任命唐（为南京卫戍军司令长官，负责南京保卫战。副司令长则为罗卓英及刘兴。
中国统帅部在12月初日军接近南京城之前共调集了约13个师又15个团共10万余人（一说约15万人）的部队保卫南京。这些部队中有很多单位刚刚经历了在上海的苦战和之后的大溃退，人员严重缺编且士气相当低落，而新补充的数万士兵大多没有完成训练。唐生智多次公开表示誓与南京城共存亡，对蒋介石则承诺没有命令决不撤退。为了防止部队私自过江撤退，唐生智采取了背水死战的态度。他下令各部队把控制的船只交给司令部，又将下关至浦口的两艘渡轮撤往武汉，还命令第36师封锁从南京城退往下关码头的唯一通道挹江门，这一“破釜沉舟”的命令给后来的悲剧性撤退埋下了隐患。
11月20日，中国政府发表《国民政府移驻重庆宣言》，政府机关、学校纷纷迁往内地，很多市民也逃离了南京。在6月有101.5万城乡居民的南京市，到了12月初的常住人口据估计还有46.8万至56.8万人，这还不包括军人和从前方逃亡到南京的难民。 22日，本着人道主义精神留在南京的二十多位西方侨民成立了南京安全区国际委员会，他们提出在南京城的西北部设立一个给平民躲避炮火的安全区。29日，南京市市长宣布承认安全区国际委员会，并为安全区提供粮食、资金和警察。唐生智还承诺将部队撤出安全区。12月5日，国际委员会收到日本政府模棱两可的回复，随即开始了安全区的工作。
1937年11月17日，日本侵略者成立最高统帅部-大本营，直接受命于天皇，12月1日，大本营决定编成华中方面军，以松井石根为司令官，并下令攻占南京。而在此之前，由于在淞沪会战中，侵略军受到了惨重的损失，在是否直接进攻南京的问题上产生了分歧，也因为顾虑苏联在北方的军事威胁，日军参谋本部次长多田骏等人主张“不扩大”战事。11月7日东京将上海派遣军与第10军临时编组为华中方面军，并将作战区域限制在苏州、嘉兴一线（即“制令线”）以东。而日军战地指挥官却强烈要求进攻南京：15日，柳川平助的第10军无视参谋本部的命令，决定趁中国军队溃退“独断敢行”地“全力向南京追击”；22日，方面军司令官松井石根鼓动参谋本部放弃“不扩大”方针，称“为了使事变迅速解决，乘现在敌人的劣势，必须攻占南京”。11月下旬，日军上海派遣军和第10军全面越过“制令线”，分别沿着太湖的南、北两侧开始向常州、湖州进攻。鉴于前线进展迅速的既成事实，24日东京大本营废除了“制令线”，并在12月1日下达了攻占南京的正式命令。
进攻南京的作战开始后不久，疯狂前进的作战部队就把辎重部队远远抛在身后，由于日军原本没有深入内陆作战的后勤准备，部队立即面临着粮食供给中断的严重问题，日本军司令部于是下达了实际是要部队抢劫的“就地征收”命令。日军在抢劫中通常伴随着奸淫妇女的暴行，为了掩盖自己抢劫和强奸的罪恶，日军除了杀死受害人，还经常放火烧毁整个村庄，还把孕妇肚子里的孩子用刺刀挑出来。
12月8日，日军全面占领了南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋介石通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相机撤退”。12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在中国军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使中国军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封日军进攻南京中华门锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的中国守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的中国士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。13日晨帝国主义者攻入南京城。
1937年12月13日，日军占领南京城，在华中方面军司令官松井石根和第6师团师 团长谷寿夫等法西斯分子的指挥下，对手无寸铁的南京民众进行了长达6周惨绝人寰的大规模屠杀。
12月15日，日军将中国军警人员2000余名，解赴汉中门外，用机枪扫射，焚尸灭迹。同日夜，又有市民和士兵9000余人，被日军押往海军鱼雷营，除9人逃出外，其余全部被杀害。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。
16日傍晚，中国士兵和难民5000余人，被日军押往中山码头江边，先用机枪射死，抛尸江中，只有数人幸免。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。
17日，日军将从各处搜捕来的军民和南京电厂工人3000余人，在煤岸港至上元门江边用机枪射毙，一部分用木柴烧死。在放生寺、慈幼院避难的400余中国难民被集体射杀。
18日，日军将从南京逃出被拘囚于幕府山下的难民和被俘军人5.7万余人，以铅丝捆绑，驱至下关草鞋峡，先用机枪扫射，复用刺刀乱戳，最后浇以煤油，纵火焚烧，残余骸骨投入长江。大方巷难民区内日军射杀4000余人。令人发指者，是日军少尉向井和野田在紫金山下进行“杀人比赛”。他们分别杀了106和105名中国人后，“比赛又在进行”。重新比赛谁杀满150名中国人。
在日军占领南京后的一个月中，全城发生2万起强奸、轮奸事件，无论少女或老妇，都难以幸免。许多妇女在被强奸之后又遭枪杀、毁尸，惨不忍睹。与此同时，日军遇屋即烧，从中华门到内桥，从太平路到新街口以及夫子庙一带繁华区域，大火连天，几天不息。全市约有三分之一的建筑物和财产化为灰烬。无数住宅、商店、机关、仓库被抢劫一空。“劫后的南京，满目荒凉”。
后来发表的《远东国际法庭判决书》中写道:“日本兵完全像一群被放纵的野蛮人似的来污辱这个城市”，他们“单独的或者二、三人为一小集团在全市游荡，实行杀人、强奸、抢劫、放火”，终至在大街小巷都横陈被害者的尸体。“江边流水尽为之赤，城内外所有河渠、沟壑无不填满尸体”。据1946年2月中国南京军事法庭查证：日军集体大屠杀28案，19万人，零散屠杀858案，15万人。日军在南京进行了长达6个星期的大屠杀，中国军民被枪杀和活埋者达30多万人。1946年2月17日的上海《大公报》第二版，标题是《南京大屠杀案首期调查工作结束 惨死同胞约三十万》。
日军以严格纪律、打骂、生活干扰、个人尊严之摧残，呆板的阶级制度造成无条件的服从，使下级或士兵接受任何命令，不仅来自上级或直接发号施令者，更认为所有命令皆来自大帝国的最高峰，最高统帅天皇本人。日本之残酷和轻生与其地理环境、文化、及封建制度也是不可分的。“ 大和魂”（日本民族精神）的思想灌输了每个士兵，培养其使命感及为“大和民族”的自负感。中国受帝国主义数十年之凌辱，尤其是甲午战争，使日本人对中国人普遍轻视。
30年代，日本以纳粹希特勒为师，增强大和民族的优越感。在“南京大屠杀”中，很多日军官兵称中国人为“清国奴”，任意杀戮。正如宫崎县的一位士兵记录所说：“杀一个支那人，在我们就如杀一只猫或狗一样”；梅奇牧师所说：“日军像猎取兔子一样在街上射杀中国平民”；郭岐营长所说：“敌人视我同胞之生命简直不如一虫蚁了！” 复次，掠夺与征收也与“南京大屠杀”有关。日本对华的七十年侵略就是抢掠。在战时国家有计划的侵略掠夺与个人犯罪的抢劫就混而为一了。日军20万自上 海和杭州湾向南京进攻，交通破坏，部队分散，粮食无法补给，乃实行“就地征收 ”。如日军一排长曾根一夫所述，他们的部队自距上海三十公里的太仓开始即“就地征收”维持生命。征收成为各部队的主要活动，经常进行，迅即演变成为抢劫、强奸、焚烧及屠杀。曾根并说：那时已有一部分部队采取“三光作战”，即“对敌人不分军民全部的杀光，将财物资源全部抢光，将人民居住的市街、村庄全部烧光。                           
中华民族在经历这场血泪劫难的同时，中国文化珍品也遭到了大掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人，从1938年3月起，花费一个月的时间，每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，超过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。
抗战胜利后，指挥南京大屠杀的刽子手松井石根被远东国际军事法庭处以绞刑，谷寿夫被引渡给中国政府处死。