几内亚比绍独立战争正式开始于 1961 年 8 月，几乎在同时，在安哥拉也爆发了民族独立战争。葡萄牙因此开始调动军队，其空军也派兵增援比绍的比萨兰卡空军基地，以加强原本驻扎在那里的 T-6“德克萨斯人”教练攻击机中队。最先卷入战争的葡萄牙空军部队是第 52 分遣队，该部队装备了八架 F-86F“佩刀”战斗机，原本驻扎在葡萄牙国内的蒙特利尔空军基地。将 F-86F 战斗机从葡萄牙国内运送到几内亚比绍的行动代号为“阿特拉斯行动”，第 52 分遣队的主要作战任务是为葡萄牙陆军提供近距空中火力支援。
1963 年 1 月 23 日，由几佛独立党领导的一支游击队袭击了几内亚比绍南部蒂特市、布巴市、卡拉昆达市的殖民军警察局，打响了争取民族解放武装斗争的第一枪。当时，葡萄牙军队在几内亚比绍仅仅驻有两个连的部队，而且其空军第 52 分遣队的 F-86F“佩刀”战斗机和 T-6“德克萨斯人”教练攻击机正忙于在莫桑比克和安哥拉的战斗，因此在应对几佛独立党游击队的攻击时相当吃力。实际上，根据后来解密的资料看，葡萄牙政府从一开始就已经明白她将输掉这场战争。因为除了国际政治的大势所趋以外，从军事上看，几佛独立党游击队是一支组织严密的军队，其骨干成员在阿尔及利亚、古巴和苏联接受训练，主要的后方基地设在塞内加尔。几佛独立党游击队主要采取小部队作战的方式，机动性强并且非常灵活，具有很大的弹性。游击队员的主要装备是各种型号的卡宾枪、苏制 AK-47 步枪、意大利产布雷达 6.5mm 轻机枪、美制汤普森冲锋枪。到了战争的中后期，游击队的轻武器火力得到了提升，他们得到了古巴提供的火箭筒、82 毫米迫击炮以及无后坐力步枪。游击队员们一般随身携带自己的武器弹药以及补给品，但是，随着战事的白热化，游击队对后勤运输的需要愈发强烈起来，为了应对越来越大的后勤压力，几佛独立党游击队甚至建立起了自己的海军力量，其基地设在几内亚共和国境内。面对着游击队咄咄逼人的攻势，葡萄牙殖民军队疲于应付，但是他们不敢撤退，因为葡萄牙人害怕在几内亚比绍的军事失败会在各个殖民地引起连锁反应。
葡萄牙空军的 F-86F
1964 年初，几佛独立党游击队解放了科莫岛，葡萄牙殖民军迅速展开反扑，但这并不管用，即便其空军的 F-86F“佩刀”战斗机从比绍起飞赶来助战对这次战斗的结局也没有丝毫影响。经此战以后，葡萄牙在几内亚比绍的军事行动能力渐渐萎缩，只能在各个据点的堡垒内据守，而无法对游击队发起反击；只能将殖民官员转移到安全区域内以保卫他们的人身安全，而无法控制广大人民，更不用说切断人民与游击队的联系了。从一开始，葡萄牙殖民军就没有打胜这场战争的希望。
然而葡萄牙人却并不甘心就此失败，他们仍在积极筹划反攻，目标当然是科莫岛。这是一个庞大且复杂的计划，代号“三叉戟行动”，是一次葡萄牙陆海空三军联合作战。战斗的过程很激烈，但葡萄牙殖民军队的进展却很缓慢，由于战斗、疾病以及营养不良，很多葡萄牙殖民军士兵在这个西非的小岛上受尽煎熬，最后慢慢死去。经过长达 71 天的激烈战斗，付出惨重代价的葡萄牙殖民军终于重新占领了这个岛屿。值得一提的是，在“三叉戟行动”中，葡萄牙空军总共出动了包括 F-86F“佩刀”战斗机和 T-6“德克萨斯人”教练攻击机在内的各种作战飞机总计 851 次，以支援地面部队的战斗。
但是仅仅只过了两个月，几佛独立党游击队就重新夺回了科莫岛上的阵地，这是因为葡萄牙殖民军还要在别的地方对付游击队，无法把主要兵力集中部署在科莫岛上的缘故。几佛独立党游击队在几内亚南部建立了新的根据地，特别是在康坦赫兹和奎塔芬半岛的根据地，对驻扎在卡迪奥和贝丹达的葡萄牙殖民军形成了合围之势，葡萄牙殖民军急忙调动兵力解围，几内亚比绍独立战争的焦点转移到了这里，科莫岛因此失去了战略上的重要意义。
葡萄牙在殖民地战争中使用的“云雀 III”直升机
在焦头烂额地应对游击队攻势的同时，葡萄牙政府还有另外一个更让他们头疼的问题。原来美国人觉得葡萄牙空军把 F-86F“佩刀”战斗机部署在非洲并将其用于与游击队作战感到不满，认为这样做削弱了北约在欧洲大西洋沿岸地区的防卫力量。因此在 1964 年 10 月，葡萄牙空军被迫将全部 16 架 F-86F“佩刀”战斗机撤回国内。有意思的是，华盛顿抱怨葡萄牙在几内亚比绍部署 F-86F 战斗机，但是却对葡萄牙空军部署在安哥拉的 F-84G 战斗轰炸机却不闻不问，其原因很有可能是因为 F-86F 可以用于防空拦截作战，而 F-84G 主要用于对地攻击作战。
将 F-86F 撤回国内以后，葡萄牙空军在几内亚比绍面临着没有喷气式战斗机可以使用的窘境。为了解决这一问题，里斯本很快就与德国和意大利展开接触，讨论购买替代 F-86F“佩刀”的喷气式战斗机的问题。德国——有意思的是德国很支持战后非洲的民族独立运动，特别是支持阿尔及利亚的民族独立运动——很快作出了反应，表示愿意向葡萄牙出售一些德国空军使用过的二手菲亚特 G.91R-4 战斗侦察机，但是附带条件是这些战斗机只能在葡萄牙的领土上使用。里斯本非常爽快地同意了这个条件，但是在得到这些菲亚特 G.91R-4 战斗侦察机之后，立刻在1966年将其用于殖民的战争，理由是这些殖民地是“属于葡萄牙的领土”。
菲亚特 G.91R-4 战斗机很快成为葡萄牙空军在非洲最重要的武器，这种战斗机可靠性非常好，维修保养简单，可以在距离短、条件差的机场跑道起降，最重要的是其对地攻击性能非常良好。菲亚特 G.91R-4 战斗机装备了四门 12.7 毫米机关炮，而且在经过特别设计的机首部可以安装三架照相机，因此具有相当出色的战斗侦察能力。
菲亚特 G.91R-4 战斗机
到了 1967 年，几佛独立党游击队宣布总共对葡萄牙殖民军的军营发起了 147 次袭击，22 次袭击了机场，并且组织了对殖民军军队的 476 次伏击行动。他们还宣布总共控制了几内亚比绍超过三分之二的领土以及超过一半的人口。在南部，他们建立了比较巩固的解放区，东南部的解放区已经连成一片。在东北部，爱国武装不断压缩敌人的据点。在北部，爱国武装的活动逐渐扩展到殖民统治中心至比绍市的周围。在解放区内，已建立起区、分区、乡、村委会四级政权组织，还建立了经济委员会、商业机构，发展农业生产，粮食基本可以自给自足。随着实力的增强，几佛独立党逐渐改变了武装斗争的形式，将以游击战争为主的作战改为以大规模正面作战为主，在全国范围内对葡萄牙殖民军发起攻击，并将游击队改组成立了人民革命武装部队。