中央情报局从未正式承认自己在进行一场无人机战争，因此我们只能侧面的对无人机为中情局反恐行动带来的变革进行了解。美国空军首席科学家梅伯里表示，无人机是911事件之后军事装备方面最为重要的发展，对延长美军在战场执行作战任务的持久能力非常有帮助。显而易见，与有人作战飞机相比，无人机能够在更长的时间里对更广阔的地域进行监视，从而能够更有效的对更多的目标实施探测和攻击。无人机使得美军控制人员能够长时间的对计划中要针对的目标进行观察，同时又能更加有效的发现突发的事件和目标。更为重要的是，上述特点能够让无人机获得美军更多用于有效识别目标的宝贵时间，而这在过去常常是十分欠缺的。携带先进观测设备、通信设备和空地武器的作战无人机的出现，将搜索、监视、识别和攻击等原本分离的环节融合在了一起，大大增加了应对时间敏感性目标的能力。
因此，在基地组织、塔利班转向广阔的偏远地区分散行动，与平民混杂，以至于藏身在美军不便发起正规作战行动的巴基斯坦境内的背景之下，无人机对美军以及中情局有效的进行探测、识别和攻击目标起到了非常重要的作用。最终无人机在 2010 年代后半期成为了美国最高当局、包括了中情局最高负责人直接参与和控制的一个重要工具，收集的信息常常直达总统率领的领导班子，而总统做出的作战决定也多次由无人机直接实施。例如，虽然本拉登是被美军特种兵击毙的，但整个过程中无人机参与了监控及指令传递，而直接由无人机独立完成的空袭任务则更是多不胜数。
这些作战能力和实战战果，并不是一夜之间就获得的，而是美军与中情局经过深刻而痛苦的改革才获得的。在 911 事件之前，美军早已开始了使用无人机进行直接作战的探索和尝试，但这些尝试处于非常初期的阶段，实际作战中无人机很大程度上局限于执行监视任务，而不是空袭任务。直到 911 事件发生前的几个月，RQ-1“捕食者”无人机才首次完成了发射“地狱火”空地导弹的试验。到了 911 时，美军无人机没有成规模的实际空袭作战能力。在此后的几年里，无人机的空袭作战能力才逐步发展起来。曾任美国空军参谋长（空军最高指挥官）的张普尔将军在 2005 年曾向国会表示，因为作战需求非常紧迫，如果可能的话，他想买下每一架通用原子航空系统公司制造出来的“捕食者”无人机，而且在几年之内空军都想这么干。这当然不是现实状况，因为中情局的无人机部队要走了相当一部分的“捕食者”及其改进型号。
就在同一个场合里，张普尔道出了无人机战争给包括中情局在内的美国武装力量带来的显著变化，特别是情报收集与实际作战相互关系的变革。他说：“这（指无人机战争）造成了情报部门和作战部门之间的‘一点’‘文化冲突’，但我们已经获得了正确的结果。现在当我们找到高价值的、能够逃跑并消失的目标时，我们有能力使用携带实弹的作战平台（指无人机）做出相应的行动。”这句话道出了两个重点，一，到了2 005 年，经过几年的努力，美武装力量终于获得了较为完善的无人机作战能力；二，在这几年里，美军和中情局理顺了情报收集与实际作战之间的关系，改变了这两个领域相对独立的状况，将情报获取与实施攻击之间的时间差大幅压缩。这也反过来印证了中情局大幅度改变内部架构，以更好的实施其无人机战争的决策与努力。张普尔还谈及了在这一变革之中遇到的阻力。他表示部队和其他部门里有不少人认为无人机是飞行员的敌人，但真正懂得作战的人都被无人机的能力迅速的折服了。
加特林，原创于空军世界网站
美国武装力量发动的无人机战争中的一个亮点是联合特种作战司令部（JSOC）与中央情报局的紧密合作。跨部门的合作是不容易的事，而联合特种作战司令部与中央情报局实现了非常紧密的合作。原本联合特种作战司令部司令部是实施特种作战的部门，但近年来其人员深入的参与了各种类型的情报收集行动，包括了臭名昭著的对嫌疑人的酷刑逼供，这就好比把一只脚踏进中情局的地盘上。而中情局方面，如前所述建立了直接实施行动的作战单位，其作战内容很多是以往联合特种作战司令部负责的范畴。在 911 事件之前，双方不时为这些“交集”发生争论乃至摩擦。但是，911 之后双方出于反恐战争大环境下的共同利益，乐于进行深入合作，从中共同获益，不仅越来越切实的进行着情报共享和联合实施作战行动，在职能上也主动的进行了融汇乃至互为替补。
这种情况的出现有很多原因，最主要的原因是反恐战争的大局需要，但也有一些内在的因素，例如联合特种作战司令部在美军里是一个规模较小的单位，他们的预算与资源有限，还经常被公众舆论、国会政治斗争所掣肘，无法仅靠自身在世界各地大打出手。即便是在集中精力对付伊拉克、阿富汗和巴基斯坦三个热点国家里的作战任务的前提下，他们也还是需要一些伙伴进行合作，例如中情局。而中情局卷起袖子大打出手也只是短短几年里的事，有了联合特种作战司令部这个掌握着“海豹”、“三角洲”等经验最为丰富的实战部队的伙伴，很多作战行动会变得容易一些。此外两者之间能够获得的授权和活动范围互不相同、互为补充，当需要绕过繁复的授权过程时，合作就成为了最佳的选择。再就是为了对付美国国内日益高涨的反对无人机战争的舆论浪潮，双方可以交替执行任务，利用各自所在的决策、保密体制中获得的保护，分担相关压力。
双方愈发紧密的合作还有一个值得一提的原因。在伊拉克战争及其后几年的美军占领时期，美军缓慢的情报收集和决策过程在与伊拉克反美武装力量交战的进程中暴露无疑，特别是闹出了不少酷刑逼供的丑闻，对政府和武装力量造成了非常负面的影响。在这种情况下，美武装力量各个方面都不得不对传统的情报收集的方式进行反思和改革，而无人机战争显然提供了全新的技术手段与潜在机遇，这必然拉近联合特种作战司令部和中情局在无人机研发、使用事项上的距离。技术上的互补也促进了双方的合作。在击毙本拉登之前，联合特种作战司令部所拥有的定位与分析中心通过刑事法医常用的一些技术，分析了本拉登住处附近获得的一些物品，从生化分析的角度提供了可信的依据，通过分享结果，直接帮助了中情局最终做出了关键的判断。
中情局的无人机部队有不少职员和外包承包商人员有着特种作战部队的背景，曾任职于联合特种作战司令部的人数量不小。这些人事上的特殊关系，使得双方的合作又有了一种独特的默契。中情局长期以来一直从特种部队以及其他军种，特别是退役人员里招募情报及作战人员。在反恐战争的背景下，在巴基斯坦、阿拉伯及非洲国家，联合特种作战司令部不便大打出手，挑起这一重担的中情局需要具备特种作战经验的人来在这些国家执行任务，而进驻这些地区的无人机部队当然也配备了很多这一类型的人员。假如一个退役人员在联合特种作战司令部部队中参与过空地特种作战任务，例如参与特殊改装的 C-130 间谍情报飞机、或者无人机任务，那么他在中情局找到一个工作职位的机会相当的大。