早于二战前，英国已计划在香港成立一支包括空军在内的本土防卫军，并开始训练飞行员，但由于当时在建的英军石岗机场已在日军火炮射程范围内，而启德机场又未铺上混凝土跑道，使皇家空军的作业受阻，而本地飞行员训练更加缓慢。1941 年 12 月 8 日日军派出 31 架飞机轰炸启德机场，炸毁机场内所有飞机。二次大战皇家空军和本土防卫军在香港的飞行活动就告一段落，一直到 1945 年 8 月 29 日才有皇家海军航空队的战机重临香江。而香港防卫军空军也于同年重组，直到香港辅助空军成立为止。
香港辅助空军于 1949 年 5 月 1 日成立，用作协助英国执行对香港的防卫任务。1949 年 12 月 22 日，香港辅助空军的第一架飞机，Auster AOP Mk5 以散件方式运抵启德机场的香港辅助空军机棚。而两架 Mk6 亦于稍后扺达。1950 年 1 月 7 日，刚组装好的 Auster AOP Mk5 进行了香港辅助空军的首次正式飞行。香港辅助空军从皇家空军及英国陆军接收了 15 架 Auster AOP 系列飞机，但同一时间最多只有六架处于可飞状态，余下的会被存起或拆解成零件使用。Auster AOP 系列虽然是观测机，但早期机上除了飞行员最可靠的 Mk1 眼球观测系统（^^）及少量飞行仪表外，就没有其他器材了！电台及其他观测仪器都是后来才加上的。Auster AOP 系列飞机除了被用作观测外，也会执行陆上及海上目标标定训练，空投军方急件、政府宣传单张及报纸等。不论训练还是执行任务也会偶尔发生意想不到的事，如在海上目标标定训练时错误地把面粉掷到洋行大班的游艇上，空投政府报纸击穿民房等。而由于飞行员飞行时数低（部份参加过二战的除外），飞行意外也偶有发生。总共有七架 Auster AOP 系列飞机于训练或执行任务时失事。1972 年所有 Auster AOP 系列飞机退出现役。
1950 年末及 51 年初，香港辅助空军从皇家空军驻新加坡部队中接收了三架北美 Harvard MkIIB 型教练机。此机是香港辅助空军第一批有武装的飞机，配有白朗灵 12.7 毫米囗径机枪，也可挂上航空炸弹。除了其原有的训练功能外，此机亦会执行武装侦巡任务，在香港边界监视大陆的一举一动。香港辅助空军总共接收了 11 架北美 Harvard MkIIB 型教练机，但只有四架保持可飞状态，当有现有飞机报销时才把存库的机拖出来用。1958 年所有北美 Harvard MkIIB 除役，总共有六架于训练或执行任务时失事。
1951 初年香港辅助空军从皇家空军第 80 中队接收首批喷火式 Mk18 型战机，到 1952 年末又接收了 6 架喷火式 Mk24 型战斗机。它们是香港辅助空军成立以来接收过的火力最强的飞机（四门 Hispano 20 毫米机炮），但也是最短命的，主要是由于飞行员不熟习战机操作，也没有喷火式的双座教练机作过渡训练。51 年四月，首架喷火式 Mk18 失事了，飞机和飞行员都找不回。到 1954 年，六架 Mk24 中有三架已报销了，于是皇家空军从第81中队借出两架 Mk19 型侦察机给香港辅助空军。1955 年 3 月 8 日，喷火式于香港上空作最后一次飞行。1989 年，皇家香港辅助空军把唯一一架剩下的喷火式 Mk24 借给英国的帝国战争博物馆，直到现在。
1958 年 2 月，香港辅助空军接收首架直升机，就是从英国购入的 Widgeon 直升机。此机不但是香港辅助空军的首架全新的飞行器，也促成了香港辅助空军从一支武装准军事组织转化为一支专业搜救组织。由于是香港的首批搜救直升机，所以在当时吸引了大量传媒的注意，也成了外宾到访的选定交通工具。1962 年 5 月 18 日至 25 日，所有香港辅助空军可出动的飞行器都要出动以应付大量中国偷渡客入境。Widgeon 直升机会在观测机的指示下飞到偷渡客躲藏的山头拘捕他们。1965 年一架 Widgeon 直升机失事，另一架亦于同年退役。它们在服役期内总共进行了过百次伤患救援任务，亦迎接了数个小生命的诞生。
Widgeon 直升机的替代者是二十世纪中自由世界最畅销的云雀 III 型直升机。此直升机的购买计划曾在英国的议会引起争议:为什么大英国协的殖民地不买英制直升机？后来英国国防大臣指出英国根本没有合适的直升机（Wessex 太大，Scout 性能不符），才避过了一场危机。1966 年香港辅助空军的直升机在第一次应付暴动时有极佳的表现。两架云雀 III 型直升机于夜间在市区上空巡逻，并用强力探照灯寻找并指示暴徒位置让警察执行拘捕行动。云雀 III 型直升机通常于屋顶高度执勤，但后来由于被暴动掷花盆攻击而改到较高高度执勤。而 1967 年的更大规模暴动中云雀 III 型直升机首次联同皇家空军，驻港英军及皇家香港警察对北角区三座楼宇进行机降。1970 年香港辅助空军购买第三架云雀 III，首次接载罗马教皇 Pope Paul 从启德机场到跑马地，这是罗马教皇第一次也是唯一一次乘坐单引擎直升机。1971 年香港辅助空军获得“皇家”封号，同年十月运送了五名修船工人到触礁的美国海军运输船 USS Regulus（AF-57）解困。1973 年 6 月在一次搜救任务中曾误进中国领土，被拘留一晚。1978 年海丰号货船带来了数千名越南难民，云雀 III 直升机飞抵其上空侦察，并机降了一批飞虎队员到船上。1980 年云雀 III 直升机以双倍价钱出售。
1971 年至 1988 年皇家香港辅助空军曾分别使用 Beechcraft Musketeer 及 Scottish Aviation Bulldog 教练机，而 1988 年到 1993 年曾使用 Slingsby Firefly T67M200 教练机，随后便把初级飞行训练工作交到外国飞行训练学校。教练机则全部出售。
