台湾空军自 1997 年开始接装该型飞机至今，在日常飞行训练中，已经损失了 4 架飞机，并导致 5 名飞行员死亡、1 名飞行员重伤。具体情况如下：
①1998 年 3 月 20 日，6828 号 F-16B 双座机在澎湖外海进行飞行训练时失踪，事故调查认为是失事坠海，但飞机残骸及飞行员温进嵩少校和章嘉成上尉的尸体至今尚未找到；
②1999 年 1 月 25 日，6813 号 F-16B 双座机在进行塔康导航穿降考核任务时，坠毁于台东太麻里山区，飞行员戴维康少校、张嘉鲲中校当场死亡；
③1999 年 6 月 1 日，6638 号 F-16A 单座机在进行夜间仪表飞行重复航线训练时，在绿岛附近失踪，事故调查认为是失事坠海，但飞行员许君威少校的尸体与飞机残骸至今也未找到；
④1999 年 8 月 18 日，6680 号 F-16A 单座机伴随起落架发生故障的僚机返场，执行着陆航线通场复飞时，因发动机意外停车而坠毁于嘉义基地南端跑道 2,000 米附近的草地上，飞行员林更生少校于 49 米高度弹射落地后双腿粉碎性骨折。
从这几次飞行事故的分析中不难发现，台空军飞行人员素质不高、训练不足，飞机的加工质量和可靠性上仍存在的较大问题以及机务维护质量不高等因素已成为遏制该型飞机迅速形成有效战斗力的关键。
在 F-16A/B Block20 战斗机的装备使用过程中，装备质量和人员训练一直是困绕台湾空军的两个重要问题。首先也是最突出的就是装备质量问题。一方面，美国出售的该型飞机在制造上存在严重的技术缺陷，主要表现在飞机的飞行控制软件和部分新装设备尚不能稳定工作，故障率居高不下，而且在台方的接收检测中，也屡次发现数架飞机的机内线路过长，极易与机体摩擦产生短路而成为严重影响飞行安全的事故隐患。另一方面，美国对于台军该型飞机装备保障问题漠不关心，甚至还发生过将大批老旧零件充当新品出售台湾的严重事件，这些问题的存在，从一定程度上也大大限制了台军该型飞机的正常使用。另外，由于台湾高温潮湿的海岛性气候的特殊性，对飞机的完好率和出动率也有较大影响。其次，在人员训练问题上，美国方面对于台湾空军 F-16 飞行员的训练也存在着相当大的顾忌，甚至近乎到了不闻不问的地步。从原本承诺让台方受训人员参加“红旗”演习，后因为政治原因而变卦一事也可见一斑。
4、关于台湾空军的 F-16 极有可能加装防撞地自动回避系统（AGCAS）的有关问题
美军历年的 F-16 失事研究报告显示，F-16 视野宽阔的座舱盖设计，可能是易导致空间错觉类飞行事故的主要原因；目前，美国空军爱德华空军基地第 416 飞行测试中队正在进行防撞地自动回避系统（AGCAS，Automatic Ground Collision Avoidance System）的测试工作，这项测试计划从 1998 年开始进行至今；测试顺利的话，美国空军将考虑将这个设备加装到所有现役的 F-16 飞机上。
AGCAS 的功能在于降低因为空间错觉、机外状况不明、大过载昏迷等原因造成意外事故的几率。多年来，这三个因素一直困绕着美国空军。空间错觉成因于身体的感觉无法正确显示飞行员所处的空间位置，发生空间错觉时飞行员只能信任仪表，直到错乱的感觉消失。
美国海军航医中心的研究报告显示，美军用飞机飞行事故中，因空间错觉所导致的事故占事故总数的 4-10%；在所有一等事故中，空间错觉导致的则超过 10%。以美国空军为例，1980 年至 1985 年间，飞行员人为因素导致的事故中，空间错觉占了 34%；1989 年至 1994 年间，空间错觉共导致了 85 次意外事故。
启动 AGCAS 之后，其可以监视飞机飞行时的状况，例如飞机的速度、高度、俯仰角以及飞机与地球的相对位置等，如果 AGCAS 判断飞机朝地面撞去，则会启动自动驾驶仪，将飞机拉出俯冲或即将撞山的飞行状态；要做到这种程度，需配合复杂的导航系统、雷达及全球卫星定位（GPS）等装备，以便计算出飞机本身真正的位置。
AGCAS 还综合了语音信息，当飞机处于坠落状态时，语音系统会提醒飞行员“爬升！爬升！”（Fly up！Fly up！）；当飞机恢复正常状态时，语音系统便发出“你做到了！”（You’ve got it）的声音；为了配合别的状况，语音系统可以加入不同的警告话语。语音警告只会持续5秒，如果飞行员没有做出修正动作，自动驾驶系统便会接管手控驾驶飞机的工作。
F-16联合测试小组在 1999 年进行了3种状态下的测试任务，包括：
1、机头直接瞄准地面，以 90 度夹角、902 公里的时速向地面垂直俯冲；
2、 未放起落架降落；
3、 戴夜视镜进行夜间撞山测试。
经过美国空军格瑞格雷-马丁（Gregory Martin）中将、佛朗西斯-吉登（Francis Gideon）少将以及詹姆斯-布雷恩（James O’ Bryon）博士亲身测试后，一致认为 AGCAS 是一套值得信赖的系统，可以切实保证飞机及乘员的安全，而且在低空飞行时，不会传来令人厌烦的警告语音，这才是 AGCAS 先进的地方，即自主辨析低空飞行与飞机即将坠地的动态差别。
如果美国空军的 F-16 战斗机决定安装 AGCAS 系统，则台湾空军极有可能也步其后尘，毕竟，这套装备对飞行人才越来越缺乏的台湾空军而言，也是一项充分保全战斗力的极其有效的措施。
5、F-16 系列战斗机的实战使用情况
台湾空军新装备部队的 IDF、F-16、幻影2000 三种飞机中，F-16 家族是参加实战次数最多、使用频率最高、作战效果最为突出的一种。
F-16 家族的成员第一次投入实战是在 1981 年 6 月 7 日，以色列的 8 架 F-16 战斗机在 6 架 F-15 战斗机的掩护之下，保持超低空、密集编队，飞越四个敌对国家领空，长途飞行约 2,000 公里，成功摧毁了伊拉克原子能研究所的核反应堆的“巴比伦行动”；而 1982 年的以色列、叙利亚的贝卡谷地大空战中，以色列空军的 F-16 更创下了 45：0 的辉煌战绩。后来，1985 年以色列轰炸突尼斯境内的巴解组织指挥部以及 90 年代以来轰炸南黎巴嫩境内的恐怖分子阵地的作战行动中，均可见 F-16 的矫健身影。