试飞中的 XF-88 46-526，由于安装了加力燃烧室，导致尾部突出
XF-88A 还要面对 USAF 穿透战斗机招标的激烈竞争，洛克希德 XF-90 和北美 XF-93A 都是强劲的对手。XF-90 是 1949 年 6 月首飞的双发设计，YF-93A 是 F-86“佩刀”的重大改进型，最初的编号是 F-86C。在穿透战斗机竞标中，USAF 最初因与“佩刀”的共通性而青睐北美的设计，1948 年 6 月 USAF 授予北美 118 架生产型飞机的合同，补充合同 2 架。1948 年 12 月麦克唐纳被指示停止 F-88 的进一步研发，但允许继续试飞两架原型机。
洛克希德 XF-90A 原型机
北美 YF-93A 没有笑到最后
看起来 XF-88 似乎已经谢幕，但是 1949 年 2 月 USAF 突然取消了 F-93A 的生产订单。原因有几条，也许最重要的一条是当年军费开支的大幅削减。预算受限后 USAF 决定优先研制截击机和战略轰炸机。此外一个高官委员会认为在三种竞争机型间展开对比试飞决出胜者后先不签订任何生产合同。
1949 年麦克唐纳团队在庆祝 XF-88 的第 100 次飞行
1950 年 6 月 30 日~7 月 8 日间，洛克希德 XF-90、麦克唐纳 XF-88 和北美 YF-93A 之间进行了对比试飞。1950 年 8 月 14 日评估委员会宣布 XF-88A 胜出。但是由于朝鲜战争的爆发，USAF 需要优先生产已有的战机，麦克唐纳的胜利并没有使其获得任何订单。此外随着远程高度的 B-47 和 B-52 这类的喷气式轰炸机的出现，军方对穿透战斗机的兴趣已经不大了。
XF-88 双机
在装备司令部（AMC）的要求下，1949 年 10 月在完成了爱德华兹空军基地（AFB）的I阶段试飞后，第一架 XF-88（46-525）返回麦克唐纳进行 XF-88B 的改装——一架超音速螺旋桨研究机，用于测试艾利逊 T38 涡桨发动机和 27 种螺旋桨组合。XF-88 在机鼻偏左位置安装了一台 2,740 马力的艾利逊 XT38-A-5 涡桨发动机，为此前起落架被移到右侧。非加力的 XJ34-WE-13 也被 XJ34-WE-15 取代，机翼内增加了软式油箱。为了安装试飞设备，内油容量减至 2,056 升。为了平衡机鼻的涡桨发动机重量，后机身增加了 109 千克的配重。
艾利逊 T38 涡桨发动机
XF-88 三面图
改装先从安装加力发动机开始，但是在安装涡桨发动机之前，1950 年 6 月 16 日 XF-88A（46-526）受损，46-525 只能回 USAF 接手试飞工作。1952 年初 XF-88B 46-525 才安装了涡桨发动机，1953 年 4 月 24 日首飞。XF-88B 多数时间在兰利航空实验室试飞，1955 年损坏的 XF-88A 被用于向 XF-88B 提供备件。试飞一直持续到 1956 年，该机是 USAF 序列中最后的螺旋桨战斗机。
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在依靠涡喷飞行时，螺旋桨处于顺桨状态
正在降落的 XF-88B 46-525
尽管 F-88 从未投产，但该机为后来的 F-101 奠定了基础，后者在穿透、护航、战术打击、核打击、照相侦察、换装训练等任务上表现出色。