第 74 中队的“闪电”F.1
“闪电”F.1A 于 1960 年 12 月装备给驻沃茨汉姆的第 56 中队，1961 年 4 月装备了驻在同一地区的第 111 中队。空中加油装置使“闪电”具备多用途能力，因为早期型号航程较短，一般的留空时间只有五十五分钟。现在驻海外的空军也开始装备“闪电”，由“勇士”或“胜利”式加油机或美国空军的 KC-135 加油机提供全程加油，德国、马耳他和塞浦路斯都成为“闪电”部队的活动地区。海军航空兵的“海雌狐”式飞机也能提供伙伴加油。随着这两个中队的成熟，在利比亚的埃尔•阿德姆空军基地进行了空对空和空对地武器试验，不但使用机上的“阿登”机炮，还使用了挂装在导弹挂架上的两英寸火箭弹。F.1A 一共生产了 24 架。
第 56 中队的“闪电”F.1A
直到此时，飞行员的改装工作一直都是在双座的“猎人”式飞机上进行，按“闪电”的飞行包线进行训练。这当然不是好办法，因此早在 1959 年英国电气公司就开始发展双座型的“闪电”，T.4。由于前机身尺寸较宽，T.4 采用并列双座形式。第一架原型机编号 XL628，在爱尔兰海上空进行试飞时失事。当时速度超过了 1 马赫，但垂直尾翼的效能低下导致飞机滚转。试飞员约翰尼•斯奎尔不得不在发出求救信号前跳伞逃生。他靠自己的力气爬上海滩之前在水中游了 28 个小时，这期间一直有求援飞机徒劳地进行搜救。第二架原型机 XL629，完成了其余的测试，生产型于 1961 年 11 月开始装备部队。这些教练型“闪电”装备驻米德尔顿圣乔治的 OCU（教练中队，全名作战转换单位）和所有的前线中队。由于教练型装备有雷达和武器，也能用于作战。T.4 型生产了 18 架，后被改进型号 T.5 取代。
第 226 OCU 的 T.4
“闪电”的进一步改型是 F.2，发动机加装了新型加力燃烧室。其它改进包括可转向前轮和液氧系统，取代了以前的空气调节装置。同时这一型也改进了电子设备，加装了自动驾驶仪。首架 F.2 于 1961 年 7 月 11 日首飞，1962 年 11 月装备驻康菲尔德的第 19 中队，随后于 1963 年 4 月装备了同一驻地的第 92 中队。F.2 的产量为 44 架，其中 1/3 为 A 型，具有较大的截角垂直尾翼和弧型翼边条，增加了载油量。这些飞机最后在德国的古塔尔索勒退役，被称为“闪电”系列中最好的型号。
第 92 中队的“闪电”F.2
装备早期型“闪电”的“火光”导弹严格来讲是尾后攻击型导弹，只能追逐目标的尾喷管进行攻击。改进型的“红头”导弹服役后，提供了有限的对头攻击能力，从而增加了攻击范围。装备这种导弹和费尔雷公司的“阿尔巴斯”AI-23B 雷达的新型号为“闪电”F.3，作战能力大大提高。不断改进的“红头”导弹，公认为强于美国“响尾蛇”导弹，使“闪电”成为令人生畏的对手。改进的发动机，埃汶 301 能够产生 13,500 磅的净推力，16,000 磅加力推力。但是装备于早期型号上的两门“阿登”机炮被取消，机翼内增设了油箱。尺寸较大的“红头”导弹导致垂直尾翼进一步加高，并切掉了顶部一角。共有 62 架“闪电”装备了 23、29、56、74 和 111 中队。
第 74 中队的“闪电”F.3，注意垂尾的平直顶部
从本质上讲，T.4 教练机只是 F.1A 的简单双座型，因此在 F.3 的基础上发展了改进型号 T.5。这些教练机保持了 F.3 的操纵能力，装备了第 226 OCU。全部的前线中队都配备了 1 至 2 架 T.5。首架 T.5 由 T.4 改装而来，新的教练机由布里斯托尔的费尔顿生产，而非原来的沃顿。第一架生产型 T.5 编号为 XS417，于 1964 年 7 月 17 日在沃顿首飞，共生产了 20 架。
“闪电”T.5
由于 1957 年的国防政策检查，发现了现行政策的一些偏差，因此英国财政部增加了飞机制造的款项。英国电气公司，现在已经成为英国航空公司的一部分，开始对“闪电”的性能做进一步的改进。改进计划包括新的边条翼，增加载油量，改进电子设备。原来取消的两门 30 mm “阿登”机炮又回到了机身上，新设计了机腹油箱。英国航空公司很早就提出这些改进计划，但没有获得政府的批准。1964 年，禁令取消，沃顿公司立即投入了“闪电”的狂热生产当中。
英国皇家空军“闪电”战斗机的最后一行型号是 F.6。F.6 最初被称为 F.3A ，显示是由 F.3 改进而来，相应地 F.2 的改进型称为 F.2A。由于生产线尚处于调整状态，所以批准生产的最后的一些 F.3 并命名为 F.6（过渡型）。F.6 设有新的机翼和机腹油箱，但没有安装机翼整体油箱和 AI-23S 雷达。首架 F.6 编号为 XR752，于 1965 年 6 月 16 日试飞，并于 1965 年晚些时候交付给第 5 中队使用。
“闪电”F.6
第一架完全按标准生产的 F.6 型于 1966 年 8 月交付给第 74 中队，早期的 F.6 过渡型则返回英国航空公司按标准型进行改装。“闪电” F.6 型装备了第 5、第 11、第 23、第 56 和第 74 中队。