1932 年 8 月 25 日，汉莎公司的首架 Ju 52/3m D-2201 号装备了供氧装置后参加了环阿尔卑斯山脉的飞行。汉莎公司用这种方法来比较当时现役的三种主要机型：道尼尔 Do K，福克 F XII 和容克 Ju 52/3m。Ju 52/3m 成为绝对的获胜者。
汉莎航空公司现存完好的 Ju 52 3m 起飞中
在接下来的几个月中，汉莎还演示了 Ju 52 飞行慕尼黑——罗马——米兰航线，这段艰难的航线中间要飞越阿尔卑斯山区，在同时代的运输机中，只有 Ju 52/3m 能飞这条航线。后来 1937 年 8 月汉莎公司在开辟柏林到中国的航线时，Ju 52/3m D-ANOY 号飞越了海拔 7,000 米的尼泊尔帕米尔山脉。
汉莎公司的巨大成功是 Ju 52/3m 最好的广告，全球的航空公司纷纷购入这种性能卓越的 Ju 52/3m 客机，其中有南美的阿根廷，巴西，乌拉圭，厄瓜多尔，秘鲁，墨西哥，还有南非，丹麦，挪威，意大利，英国，比利时，匈牙利，爱沙尼亚，希腊和西班牙……大量的 Ju 52/3m 在芬兰，西班牙，瑞典作为民用班机用，在中国运送邮件，装上浮舟后又在加拿大拖运木材。
军用型
雨果.容克
二战前容克公司一共销出 400 架 Ju 52/3m 客机，赚得了大笔的利润。但是就在 Ju 52/3m 大获成功时，雨果.容克却要面对突如其来的厄运。1934 年，纳粹政府把反战的雨果赶出了自己的公司，一年后雨果郁郁而终。容克公司最终被纳粹政府接管，在一片扩军备战的浪潮中，Ju 52/3m 的发展完全转向军事目的。
1935 年，纳粹宣布成立独立的德国空军，这时德国航空技术局（RLM）正在寻求足够数量的轰炸机来装备空军。但是德国多数现有的飞机都达不到 RLM 的要求，因此 RLM 决定在新式 Do 11 重型轰炸机出厂前，使用 Ju 52/3m 的改型作为过渡的轰炸机。
1934 年，军方向容克公司订购 1,200 架 Ju 52/3m 轰炸型。为此辛多重新设计了 Ju 52/3m，在后部机舱内安装了用于自卫的机枪转塔，机腹下还增加了可收放的机枪吊舱。客舱被改成炸弹舱，可以容纳 32 枚 50 公斤炸弹。Ju 52 轰炸型公司代号 K45/3m，由于 Ju 52 轰炸型是在 Ju 52/3m ge 客机直接发展而来，所以正式型号为 Ju 52/3m g3e。Ju 52/3m g3e 保留了运输能力，机腹的炸弹舱在短时间内就可以拆除。
军方的订单数量巨大，容克在德索（Dessau）的工厂产力不足，无法完成 RLM 在 1935 年 9 月止得到 450 架 Ju 52/3m g3e 的要求。雨果的第六个儿子克劳斯.容克（Klaus Junkers）和生产经理西德曼（Thiedemann）为此引入了美国式生产流水线并重新组织了全部生产工序，但是德索工厂仍然达不到 60 架/月的生产能力。
西班牙 Ju 52/3m 侧视图
1934 年 Ju 52 生产速度才 18 架／年。在 RLM 的支持下，威瑟飞机厂（Weser Flugzeugbau）开始按照许可证生产 Ju 52，并且容克在伯恩堡（Bernburg）兴建了一座新工厂。德索工厂总共生产了 70 架Ju 52/3m g3e，剩下的飞机是由伯恩堡工厂和不来梅-恩斯沃丁工厂（Bremen-Einswarden）生产，1935~36 年起也在来比锡（Leipzig）工厂生产。
机腹下可收放的机枪吊舱
1936 年 7 月 20 日，首批 20 架改装过炸弹舱的 Ju 52/3m ge 参加西班牙内战，成为德国空军参加实战的第一批飞机。表面上这些飞机属于西班牙马洛宣运输公司（Hispano Marrocian Transport AG）。一开始这些飞机用于运输任务，Ju 52 曾经运送过超过 10,000 人的摩洛哥军队和他们的装备进入西班牙。1936 年 8 月起开始执行轰炸任务。随着战争规模的升级，越来越多的 Ju 52/3m g3e 轰炸型进入西班牙，并轰炸过马德里，令人难堪的是这时汉莎公司的民用 Ju 52/3m 也停放在马德里机场。
1936 年 11 月 4 日，在马德里附近，首架 Ju 52 被苏联战斗机击落。在接下来的几个星期又损失了 6 架。由于 Ju 52 速度太慢，损失很大，1937 年 4 月在西班牙的全部 Ju 52 停止执行轰炸任务。在德国秃鹰军团撤回国内后，佛朗哥获得了剩下的 14 架飞机。
RLM 根据在西班牙的实战经验，停止了 Ju52/3m g3e 轰炸机的生产。但是 Ju 52 在西班牙作为运输机来说表现是杰出的，因此 RLM 宣布 Ju 52 成为德国空军的标准运输机。
Ju 52/3m ge 系列军用运输型宽大的客舱适合于任何改装，曾作为侦察机、救护机、海上巡逻机、滑翔机牵引机、轰炸机飞行员训练机来使用，还可以把起落架机轮换成滑橇、浮舟，以适应战区地形的需要。g7e 扩展了机身货舱门，并增设了自动驾驶仪；g9e 增设了尾钩以作短距着陆；g14e 开始又增加了装甲保护的座舱；gxe（MS）安装了环形磁性探针可以引爆海面的磁性水雷，还有一些 Ju 52 改装的扫雷机则通过向水中投掷炸药来引爆水雷。
二战德国空军涂装的 Ju 52/3m
在 1940 年 5 月德军入侵荷兰和比利时的战役中，Ju 52 实施拖曳滑翔机突袭埃本.埃马耳要塞和鹿特丹空降都成为历史上经典的空降作战。但是作战中 Ju 52 和它所载的空降兵本身也伤亡惨重，在荷兰投入的 430 架 Ju 52 有三分之二未能返回，或受了重伤不能继续使用。在荷兰曾发生激战的各机场上，无数架 Ju 52 被击落、击毁，飞机残骸比比皆是，这些飞机大多是由空军航校提供的，飞行员都是训练飞行学员的教官，所以损失就更为惨重。
Ju 52/3m g7e
1941 年 5 月克里特岛之战中，德国空降兵与他们的 Ju 52 再次遭到了重创，元气大伤，在二战的剩余时间里再也无力发动大规模空降。在为北非隆美尔的非洲军团运送给养时，由于马尔他岛被英军占领，Ju 52 不得不飞越危险的地中海，速度缓慢的 Ju 52 成为喷火战斗机极好的目标，惨遭屠戮。1942 年以后 Ju 52 的损失速度超过了生产速度，在 1942 年至 1943 年冬为被困在斯大林格勒的德军空投物资中，就损失了 450 架 Ju 52，德军的 Ju 52 机队规模逐渐缩减。盟军也使用过 Ju 52 运输机，包括俘获的和征招民航的。