MH-53E的数字飞控系统为拖曳扫雷载具进行了优化，“海龙”除了安装RH-53D的反水雷系统外，还具有两挺机枪、现代化AN/ALQ-160水声对抗系统、AN/ALQ-166磁性扫雷水翼载具、诺斯罗普机载激光雷达水雷传感器（ALARMS）。
第一架YMH-53E原型机改装自一架预生产型CH-53E，没有超大短翼，该机在1981年12月23日首飞。第一台预生产型MH-53E于1983年9月1日首飞，该机在1986年6月开始交付，1988年4月开始服役。美国海军共获得46架“海龙”，装备该机后，大多数剩余RH-53D也被改装回运输直升机。
Mk 105扫雷载具和MH-53E“海龙”
陆战队为总统支援项目购买了6架基于CH-53E的VH-53F VIP专机，用于取代VH-53D。
西科斯基为出口市场准备了S-80E改型，但只有日本海上自卫队购买了11架MH-53E的出口型S-80M-1。日本在1983年就下了订单，但由于政治原因直到1989年才开始交付的。日本“海龙”与美国海军型基本类似，只是没有空中加油能力。日本“海龙”能执行次要运输任务，是自卫队的最重型直升机。
S-80M-1