B-21的最大挑战在于成本控制，否则真会成了B-2加1。中型、长航时、超远程在气动上提供了良好的降低成本的基础，但复杂的ISR和电子攻击要求将极大地增加软件挑战。在这里，同样以成本控制为主要考虑的F-35是一个很好的参照点。F-35在气动上相当于简化、缩小的F-22，并无悬念，最可能造成问题的垂直-短距起落技术由DARPA的JAST计划对比试飞先行验证，即使现在事后诸葛亮，也看不出F-35的技术路线有什么明显的重大失误。F-35采用了众多看似接近现成的技术，这并不奇怪。在研发中带来的问题就单个系统来说都不是太了不起的大问题，但系统的高度复杂性和关联性使得众多研发偏差互相放大，最终成为研发过程中的千山万壑。在基本飞行系统之后，软件研发正在成为最大的技术问题，软件版本严重落后于进度要求弄得F-35连最终能在空中发射航炮都成了新闻。B-21的态势感知、电子战和ISR要求远远高于F-35，遇到成数量级增加的软件挑战将没有悬念，可能成为成本与进度的最大障碍。
美国军方在成本控制上可算是走过好几道弯路。合同定价有固定价格和固定利润两种基本方式。固定价格和通常购物差不多，最适合现货购买，也具有预算明晰的好处。但对于因为原料或者研发而具有浮动成本特点的产品，有时采用成本加固定利润的方式。卖方成本要对买方透明，买方对不必要成本有权力拒付，但保证卖方的基本利润。两种方式都可以在卖方成本控制成功的情况下加以奖励。美国军方两种方式都试过，但都是问题大大。F-14就是固定价格合同，但格鲁曼在报价的时候钓鱼，研制中途要求追加，美国海军拒绝后，格鲁曼威胁宣告破产，那样不仅美国海军的先期投资全要泡汤，下一代战斗机也将没了着落，最后只得追加。
KC-46也是固定价格合同，这还不像F-14那样具有高度研发风险，结果波音还是超支了，这一次波音自己吃下去了，但有说法将在后续合同中通过提价“追回”损失。美国空军已经咬钩，现在再改主意已经晚了，而美国空军需要至少179架KC-46，现合同只包括18架。F-35是另一个固定价格合同，而且规定以成本主导，出现超支时，不惜降低性能以控制成本，最后也没有做到。
B-21改用固定利润合同，希望反应研发风险和成本浮动的特点。参院军事委员会主席麦凯恩坚决反对，认为成本只有向上浮动的，而且会因为方便之门而大举上浮，威胁要否决B-21的拨款。但不开方便之门不是没有试过，前车之鉴很多，麦凯恩能怎么样呢？
B-21当然是以21世纪命名的，这也肯定能在21世纪形成战斗力，但到时候很可能就需要换个名字、换个气象了。美国海军的DDG-21级驱逐舰就改称DDG-1000级，也就是“朱姆瓦尔特”级。无独有偶，“朱姆瓦尔特”级本来准备替代“伯克”级，大批建造，也是因为成本控制失败，建造数量最后削减到3艘，如果不是因为3号舰已经开始前期工程准备，本来是可能削减到2艘的。