Ba 349 的前期试验在 1944 年 11 月进行，其原型机在亨克尔 He 111 的牵引下进行了滑翔飞行，基本达到了设计要求，但火力试验则遇到了问题。12 月，西姆莱的兴趣开始减低，同时航空部要求取消所有不必要的计划，以保证 Me 262 和 Me 263 的生产，但巴赫姆并没有理会这一命令，因为气动试验相当成功，首次动力发射也在准备之中。但由于位于基尔的赫尔穆特•瓦尔特公司受到严重破坏，直到 1945 年 2 月 25 日，Ba 349 才得到发动机来进行载有假人模型的垂直发射，试验结果十分成功，飞行员和发动机动都安全地降落地面。受此鼓舞，航空部要求立刻进行载人试验。但在 2 月 28 日的首次载人试验中，Ba 349在发射后不到十秒就坠毁了，23 岁的志愿试飞员洛塔尔•西贝特（Lothar siebert）当场死亡。之后又进行了 3 次载人发射，都取得了成功。
Ba 349 总共生产了 36 架，包括 3 架 B 型（换装了推力更大，续航时间更长的瓦尔特 HWK 109-509C 型发动机，使用两组固体火箭助推器替换了四个斯密丁 533 固体助推火箭）。Ba 349 共进行了 25 次发射，包括 7 次载人发射。
1945 年 4 月，10 架 Ba 349A 早期型蝮蛇被部署在斯图加特附近，等待盟军的空袭。但由于盟军地面部队的逼近，德军不得不在这些截击机被虏获之前将其摧毁。
但盟军仍至少发现了 3 架蝮蛇。其中一架被苏军得到，另两架（包括一架 Ba 349B）于 1946 年运到美国，A 型在加州的莫洛克陆军基地（现在的爱得华空军基地）进行了发射，但在发射后三分钟就在空中爆炸，残骸落在拉斯维加斯附近的一架杂货店里。B 型则被运到印第安纳州的福里曼试验场（Freeman Field）解剖，1949 年美国航空博物馆接收了这架蝮蛇。另一架现存的蝮蛇是 A 型，在慕尼黑的德意志博物馆。
慕尼黑博物馆的 Ba 349A-1，复制品
有人常将 Ba 349 称为德国的神风特攻队，这多半是由于人们认为其空中解体的回收方式是为了使机身前部撞击轰炸机。但事实上这并不可行，因为如果 Ba 349 以高速接近目标，飞行员就很难逃脱。但如果以低速接近目标，Ba 349 在撞击前可能就已经被打烂了。当然，如果飞行员更本就不想逃脱，那就另当别论了。不过即使是撞击，木制机身的 Ba 349 对 B-17，也只有以卵击石的效果。
Ba 349 之所以采用空中解体的回收方式，主要是为了节省燃料，并适应“全民”作战的需要。当时的“老鸟”已经是十分稀有，当然不可能派他们去驾驶如此危险的截击机。党卫军希望让大批只受过最基本训练的“菜鸟” 飞行员来驾驶 Ba 349，起飞和着陆自然是最棘手的部分，Ba 349 正因为不需要起飞和着陆的技术，而受到党卫军的青睐。但让“菜鸟” 来驾驶 Ba 349 看来并不是明智的做法，这种几乎是自杀的做法甚至还不如神风特攻队。
虽然垂直发射对于要求在短时间达到攻击高度的截击机来说是巨大的优势，但在 Ba 349 在技术及性能上仍有许多问题，比如无线电导航的抗干扰性，发射场的隐蔽问题和真正的实战效能都值得推敲。但无论如何，Ba 349 光以其独特设计思想就足以傲视当时所有的区域性截击机，以至于在战后的许多飞机上仍可以见到它的影子。