无动力的 Ho IX V1 及试飞员 Heinz Scheidhauer
1944 年 3 月 1 日，第一架无动力的原型机 Ho IX V1（"V"代表"versuchs"即"experimental"）被拉出位于哥廷根的厂棚，由一架亨克尔 He 45 牵引升空进行滑翔试验，在 V1 上负责操纵的是 Heinz Scheidhauer，5 天后换用更大的双发 He 111 作牵引机。由于缺乏座舱增压系统，当时曾为飞行员专门设计了一套特殊的高空增压服，但实际上没有使用过。数次的成功试飞验证了这项前卫设计的可行性，此后 V1 被运到柏林附近的奥拉宁堡（Oranienburg）继续进行测试，结果也相当令人满意，德国航空测试机构（Deutsche Versuchsanstalt für Luftfahrt - DVL）在 4 月份的报告指出这是一具不错的武器平台。受此鼓舞，计划装上动力系统的第二架原型机 V2 也在紧锣密鼓地建造中，但由于原定选用的 BMW 003 型喷气发动机因各种原因未能及时提供，只好改为 Me 262 上使用的容克斯 Jumo 004 型发动机。不过当第一对 Jumo 004B 运到时，霍顿兄弟发现其直径比机体上预留的大了 200 毫米，不得不改动相应的设计，翼展也从 16.1 米扩大到 21.3 米，以尽可能保持原有的气动外形。
作为历史上第一架喷气动力的飞翼机，Ho IX V2 的安全使用过载为 7G，其座舱位置相当靠前，两侧各安装一台发动机，尾喷管突出在机翼后表面上。翼身中部采用传统的焊接钢管结构，整机基本以多层胶合板作蒙皮，当然在发动机喷口附近位置用的是金属以承受高温。机翼外段部分则是全木结构，其重要边缘用由薄木片与树脂压合而成的特殊强化材料制成，只有翼尖是全金属的。尽管最初就有人怀疑木质机身能否承受强大的喷气动力，但试验的结果表明这样的设计在减重的同时完全能满足强度要求，而且由于战时重要金属资源的缺乏，以木为主也是有些不得已而为之，再说木工对人力的要求也比较低。而看起来相当粗大的前三点式起落架用的都是现成货，其中前轮是从一架损毁的 He 177 轰炸机上拆下的尾轮，两个主起落架则是借用 Bf 109G 上的。
地面上被牵引的 Ho IX V1 飞行中的 V1
Erwin Ziller V1的座舱 造型夸张的“太空服”
由于在发动机配置等方面上的延误，Ho IX V2 直到 1945 年 2 月 2 日才在奥拉宁堡进行了公开的处女航（据霍顿兄弟后来的回忆，在 1944 年 12 月 18 日 V2 机就进行了非正式的升空试验，这应该算是纯飞翼喷气机的首次飞行记录），试飞员是 Erwin Ziller，此前他已经飞过 V1 滑翔机，并有多次驾驶 Me 262 的经验，这使他很快掌握了飞翼机及喷气发动机的操纵特点。此次飞行持续了 30 分钟，最高时速接近 800 公里，其间发现飞机的横向稳定性还有些问题，这是无垂尾飞机的一个固有缺陷。第二天的试飞项目则完成得比较成功，但着陆时刹车太快造成主起落架损坏，导致第三次试飞拖后了半个月才得以进行，然而却没有人想到这会以更糟糕的悲剧收场。2 月 18 日，初春的天气还比较阴沉，但能见度尚能满足要求，Ziller 驾驶 V2 机升空 45 分钟后报告左发动机熄火，必须返航，并试图用爬升－俯冲的方法重新启动发动机但没有成功。当他接近机场在 400 米低空时因液压装置失效使得起落架突然放下，飞机变得难以控制，尽管到最后一刻 Ziller 仍在作紧急着陆的努力，但飞机还是翻滚着冲出跑道，最终机毁人亡。V2 的飞行时间总共也就 2 小时，而事故的原因似乎一直没有定论，也许天气不佳、机械失灵、跑道湿滑等都是罪魁祸首。
厂房中尚未完成的 V2 Ho IX V2 试飞前接受检查
Ho IX V2 的失事倒没有给整个 Ho IX 项目造成太大影响，由于盟国的空中优势越来越明显，戈林已迫不及待地要求更先进的机型尽快上马，另一方面 V1 的试飞成绩也让军方相当满意，因此早在 V2 升空之前的 1944 年 9 月，就与曾有制造霍顿飞翼机经验的戈达公司 （Gothaer Waggonfabrik）签订了 40 架生产型的合同，按照工厂名称将型号定为 Go 229。霍顿兄弟没有直接介入生产过程，他们的主要精力已经转到 Ho X 等后续机型上了，另由专门的工程小组改进原有的设计以适应批量生产，包括重新设计座舱、增大发动机室的空间、调整进气口几何形状和起落架结构等。生产型的单座 Go 229A 将在两侧发动机外的机翼上对称安装 4 门 Mk 108 型 30 毫米机炮，机腹中部可挂载两枚炸弹或副油箱，除了必需的航电系统外，还可装上各种航空相机使其具有一定的侦察能力。另外，配备雷达的双座全天候型 Go 229B 也被提上了议事日程。
当戈达工厂忙于做投产准备时，Ho IX 其它原型机的研制也没有停止。按照计划，经过改进的 V3 将作为生产型 Go 229A-0 的样板，但仍未配备武器，采用 Jumo 004C 型发动机，而 V4 和 V5 属于双座型，V6 是在 Go 229A 的基础上用 Mk 103 型机炮代替 Mk 108，V7 则将作为双座教练机。由于霍顿兄弟分心于其它更超前的研究项目，V3 号机直到 1945 年 3 月份才开始组装，然而留给纳粹德国的时间已经不多了。4 月 14 日，长驱直入的美军第 9 装甲师部队冲入了戈达公司位于弗雷德里奇斯洛达（Friedrichsroda）的工厂，散落在他们面前的是约 20 套正待组装的 Go 229A 部件，正准备试飞的 V3 和已进入最后装配阶段的 V4、V6 等也落入了盟军之手。神秘“幽灵”终于大白于天下。